军统局的组织系统之庞大与繁杂，犹如一张巨大的蜘蛛网，层层叠叠，非局内人根本不得其要领。
自军统局正式成立后，局本部设在武昌本关路，迁到重庆后，局本部分散在重庆二路罗家湾十九号、二十九号、缫丝厂
郑介民仍然是戴笠的副手，任主任秘书，他还是像以前一样郁闷，一切由戴笠说了算，平时极少到局本部视事。他的这种散淡，倒也合戴笠的胃口，所以两人相安无事。
秘书毛人凤才是戴笠的头号心腹和助手，军统局的大部分文件都由他起草，戴笠不在时，一切信件也都由他代拆代行，是军统局名符其实的内当家。用句当今时髦的词来形容此时的毛人凤，那就是“不事张扬，只顾埋头干活”。毛人凤还有一个特点，就是不论大事小情，都要亲力亲为，细致周到，每天不到深夜十二点是难得下班的。你什么时候看到他都是伏首案前，对这一点，戴笠特别欣赏，毛人凤也因此官运亨通，很快就升至代理主任秘书，几乎取代郑介民的地位。难怪有人说他的前程是“坐”出来的，故被称之为“毛座(坐)”。
毛人凤的性格深沉阴冷，这一时期正是他“隐晦韬光”的阶段，“藏锋收芒”，人们还一时未能领教其毒辣。
军统局还有位关键人物，即帮办唐纵。唐纵是正宗的黄埔生，任职于蒋介石侍从室，戴笠将其搜罗进军统局，对加强与蒋介石的联系有很大帮助，况且唐纵为人沉稳，在军统局影响非常之大。
军统局的主要部门有：
一、军事处，也称第一处，主管军事情报及国际情报，下设军事科，负责对汪伪武装进行军事策反工作；国际科，负责国际情报，布置搜集有关中国抗战的国际情报兼及国统区外事活动；考核科，负责核派军事人员；档案科；收发科。
二、情报处，也称第二处，这是军统局最为重视的部门，主营项目是党政情报和中共情报，先是摘报研究，而后进行处理分类，逐项分析，并提出处理意见，分别报送甲乙丙丁等，报甲是送给蒋介石，报乙是送给何应钦，报丙是送戴笠，报丁是交秘书处存档备核。情报处下设中共科、经济科、警务科、考核股、档案股、收发股。中共科负责搜集共产党抗日情报，以及共产党在国统区的活动，并策划对中共组织进行破坏活动；经济科为战时经济制定政策，搜集有关经济动态的资料，进行研究和报送。
三、行动处，也称第三处，负责军统特务行动板块，每逢有任务执行，都由行动处事先进行策划和部署指挥。行动处下设行动科、航检科，其中行动科是军统局内部最重要部门，各地行动队、爆破队的成立都要经该科研究决定，各地外勤组织布置暗杀、纵火等行动，也要由该科具体计划安排。航检科则负责航空检查和发放搭乘飞机通行证，控制航空乘客。
四、电讯处，也称第四处，负责电讯传递、监听、侦察、破译，下设业务科、工务科、电检科、材料科、考核股、文书股、档案股、事务室、译电室、特技室、重庆总台、息烽总台、兰州总台、监察台、侦察台等等。其机构颇为庞大，电台分布相当密集，遍布全国，并跨洋过海建到国外，总数在三百处以上。其中特技室是戴笠最引为“骄傲”的资本，他一向注重破译电码。早在1937年，译电科长姚敦文就在西安破译了共产党的一份密电，内容属军事问题，戴笠大喜过望，上报蒋介石，被着实“夸奖”了一番，姚敦文也因此得到五百元法币的“奖励”。为了再接再厉，戴笠对破译工作花了一番大力气，还请来两位美国破译专家，但破译是一项极为“艰辛、枯燥、乏味的工作”，并具有相当难度，不是一日之功。戴笠呈请蒋介石批准，专门成立了特技室，从事专业破译工作，特技室主任由电讯处中将处长魏大铭兼，但实际负责人由组长姜毅英担任。姜毅英是戴笠的同乡，也是军统局唯一的女少将，业务上没话说，是一直拿双薪的。二战时期，日本政府对美国是表面逢迎，暗中却在等待时机，准备给予重创。由于姜毅英早就成功地破译了日本政府的密码，所以对日本军方的阴谋通过日本驻美国大使白乌敏夫与国内的密电往来内容中了如指掌。蒋介石得知后，曾不止一次提醒美国政府，对日本要加强警惕。但是美国政府对中方的情报不以为然，对中国的破译水平不屑一顾，甚至认为这是中国政府有意挑拨美日关系。
直到珍珠港事件爆发前夕，姜毅英通过破译，获悉日军近期内将有针对美国的重大军事行动，经戴笠转报蒋介石，蒋闻之大喜，吩咐“速通知美国政府”。于是，该情报由军统局美国站站长肖勃转中国驻美大使馆武官郭德权通知美国五角大楼海军司令部，但是美国方面再一次以为中国破译工作落后，该情报缺乏可信度而置之一边，最终导致珍珠港大惨剧的发生。这件事对美国情报部门震动很大。于是，有了美国海军准将梅乐斯的中国之行，并积极开始筹建中美合作所，加强中美之间特务的合作，这也就成了日后戴笠最值得吹嘘的资本。
就是这么块“宝贝疙瘩”，却差点毁于一旦，有一位名叫李开峰的谍报员后来化名余?投靠了汪精卫，将特技室的秘密作为进身之阶，一股脑地都献给了汪伪，还当上了汪伪特工总部电讯处处长，这让戴笠恼怒不已，立即命令军统在上海的行动总队长予以肉体上的消灭。1943年春节，毛森趁李开峰给已经落水做了汉奸的原军统上海站站长陈恭澍拜年之际，说服陈警卫员刘金德相机行刺。就在大年初一那天，刘金德在开车送李开峰返回寓所的途中掏出手枪，当场置李开峰于死地。对此，戴笠大为开心，晋升毛森为少将，刘金德也得到了十万元赏金。
五、总务科，总务科是军统局的后勤部门，负责购买分配办公用品，修建房屋，保管各种器材，对外交际、职工伙食等等，下设庶务股、保管股、文书股、交际股、汽车队、电话队等等，后扩大为总务处，也称第五处。
六、人事科，后扩大为人事处，这是军统局本部油水最为丰足的部门，主管局内外全部人事，包括吸收、任免、调派以及组建等等。人事科原设秘密人事股、公开人事股、注册福利股、档案股、收发股、文书股，改为人事处后只设行政科、考铨科，科下设股。凡是想进入军统者，首先要经过人事处的核定批准。通过后，还要由人事科主持，举行一次秘密宣誓，其仪式过程为：宣誓者进入宣誓室中，由司仪宣布仪式开始，监视人就位，宣誓人就位，对着蒋介石像行三鞠躬礼，监视人讲话，宣誓人读誓言：“余誓以至诚奉行三民主义，服从领袖命令，保卫安全，绝对遵守团体纪律，尽忠职守，并以终身贡献团体，虽赴汤蹈火在所不辞。如有泄露秘密及违反纪律之处，愿受最严厉制裁。”誓言读完后，监视人讲话，礼毕，监视人握宣誓人之手，口称“同志”，表示从此以后就是自己人了。然后誓词由人事科存档。而考铨科则负责局内人员铨叙、考核，也就是说掌握着军统特务的升迁和晋级、加薪诸事。军统局不仅是个铁饭碗，而且升迁也快，军统局属军事部门，军统特务中凡有军校学历的，则可额定军阶，无军校学历或军队经历者，则以军用文官来界定级别。比如凡参加军统组织已有七年者，一律从少尉开始，以后每过两年晋升一次；在军统组织里工作的年限确定为军阶晋升的军龄；凡军事院校毕业者，概按进入军统时原军阶起叙；凡军统局各训练班毕业者，大学生从少校起叙，高中生从中尉起叙，初中生从少尉起叙。军统特训班毕业生的特训学历，作为正式学历看待；参加军统组织后，凡立有“特殊功绩”者，根据学历从优起叙。抗战中期，军统特务人数大约有三四万之多，基本上都是尉官以上，处长、副处长多挂少将衔，科长多挂上校衔，股长多挂少校衔。
七、第七处，也称经理处，设综计、审计、预算、财务等科和现金出纳股。
八、训练处，负责军统几十个训练班的训练工作，并负责编辑军统局出版的局机关刊物《家风》月刊，领导各大专院校内的职业特务学生和一个从华北撤退到四川的，旨在高等院校中从事特务活动的所谓“抗H除奸团”。
九、警务处，设警务科和稽查科，主管公开控制的警察机构和稽查处等方面的工作。
十、布置处，1945年添设，专司对沦陷区的各项工作的布置和安排之事。
局机关本部除上述各职能部门外，属于内勤编制的还有设计委员会、策反委员会、惩戒委员会、考核委员会，以及1946年初成立的财产清理委员会、设在重庆磁器口缫丝厂的办事处和特种政治问题研究室、特种技术研究室、督察室等等。特种政治问题研究室，是特别为中共叛徒张国焘设置的科室，由张牵头，根据戴笠旨意，目标针对中共组织，研究如何打进拉出的阴谋活动。特种技术研究室是从事研究如何提高杀人、放火、绑架等具有直接破坏性作业技术水平的科研单位，如研制毒刀、纵火器、定时炸弹、地雷等。
督察室是掌管内部人员和公开单位特务人员的业绩考核工作的专职配置。军统的督察考核制度极其严格，并且分公开督察和秘密督察两种方式，轮流担任的“周督察”时刻监督考察每个特务的一言一行。自跨进军统大门之日起，每个人都慎言谨为，小心行事，稍不注意，就有被检举、受处分的可能，轻则挨骂，重则关禁闭。为了严密监视投靠军统的中共叛徒，并防范中共派人打入军统内部活动，该室还特设了一个直属股――“防奸”股。一旦发现嫌疑，立即不问青红皂白，先行扣押，然后再审讯调查。据说，训练班有个女学生，其男朋友在中共方面的机关工作。两人在通信过程中被发现后，关了一年多的禁闭。
在军统局本部的这些庞大的基本建制外，还陆续设置和恢复了包括各省站在内的外勤单位。如渝特区、川康区、北方区、西北区、陕晋区、华南区、粤桂区和沿海区，以及滇缅办事处、桂林办事处、东南办事处、华北办事处、五原办事处、青海办事处、衡阳办事处、贵阳办事处；抗战胜利后增设上海办事处、武汉办事处和北平办事处等。
于本土以外，国外地区的组织有，印度站和德里、孟买两个分站、缅甸仰光站、腊戍站、曼谷站、新加坡站、菲律宾站、海防站、西贡站、美国站、伦敦站和巴黎站等。
总而言之，军统内勤和外勤最多时人员达5万之众，从事内勤工作的特务就有一千四百多人，大部分都集中在重庆罗家湾局本部和磁器口乡下办事处。
不仅如此，军统局及戴笠本人还掌握或控制着若干单位。
（摘自《黑蜘蛛：国民党特务网黑幕》，吉林文史出版社出版，定价：15.00元）
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