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新时期以来，中国现代文学研究学科不仅得风气之先，引入了大量的新方法、新理论，而且一直引领着整个文学研究领域的发展方向，成为一时的显学。
早在攻读硕士学位期间，杨剑龙就敏锐地注意到“中国现代作家与基督教文化”这一研究课题，并为之做了一些研究。1996年，杨剑龙考入华东师范大学师从王铁仙先生攻读中国现代文学博士学位，获得了系统、深入地研究这一课题的机会。1998年，他以《旷野的呼声——中国现代作家与基督教文化》这篇长达20多万字的论文获得了博士学位。杨剑龙在论文中梳理了基督教文化在中国的传布历史，研究了中国现代作家对于基督教文化的复杂态度，选取了现代文学史上15位与基督教文化相关的作家，试图以点带面全面地展示基督教文化与中国20世纪文学之间的关系，并分析这些作家在各自的思想、创作中所带有的基督教文化的影响。这篇论文后来由上海教育出版社出版，陈思和先生在序言中认为这部专著填补了现代文学研究领域的某些空白。
杨剑龙认为基督教文化与中国现代文学的关系是一个十分重要的文化、文学现象，并继续从事这一课题的研究。2001年12月，他在德国柏林举行的“基督教文化与中国文化相遇”国际学术讨论会上作了题为《在文化传播与影响下的深入研究与探索——评“基督教文化与中国现代文学”的研究》的报告，全面梳理并介绍了国内外关于该课题的研究历史与现状，进而指出：对于该课题的研究大多以作家作品分析为主，较少做宏观深入的研究；大多以作品的思想倾向分析为主，较少做文学本体的深入研究；大多以中国作家创作的背景为主，忽略了世界文化与文学的大背景；大多有较深的文学研究功底，而往往缺乏深厚的哲学根基、神学素养。他认为为了取得新的突破，该课题的研究必须注重宏观的研究、文学本体的研究、与其它国度作家作品的比照研究。
在先后从事过乡土文学、基督教文化与现代文学、当代文学的一些研究并取得丰硕成果之后，杨剑龙在世纪之交又将自己的学术视野投向了生于斯、长于斯的上海。他认为清理“上海文化与20世纪上海文学”的关系不仅有助于重新审视半殖民地、半封建的东方文化如何应对西方帝国主义殖民文化的侵略，而且可以为当代中国文化应对全球化浪潮的冲击提供有益的借鉴。1999年，他独立申报的“上海文化与上海文学”的研究课题获得国家社科基金的资助。目前，这一课题的研究已取得重要成果。
2002年，杨剑龙被上海师范大学聘为中国现当代文学专业的博士研究生导师。在展望新世纪的现代文学研究前景时，杨剑龙结合自己的学术历程强调：在当下的所谓“全球化”的信息时代，对于作为20世纪初中西文化融汇的宁馨儿的中国现代文学不仅要从中西文化的角度进行研究，还要打通古代文学、现代文学、当代文学、外国文学的学科界限，对雅、俗文学予以同等的重视，从全方位、立体化的角度进行全面的研究。不仅要重视现代文学的民族性、现代性、介入性，更要重视它的世界性、当下性、经典性。鲁迅、老舍、巴金、林语堂等一大批具有国际影响的现代作家已经为中西文化交流做出了重要贡献，中国现代文学研究也要正视全球化时代的挑战，并在整个文学研究领域率先做出相应的调整，从而为新世纪的中西文化交流做出新的贡献。
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