新条例规定，使用他人作品的，应当指明作者姓名、作品名称；但是，当事人另有约定或者由于作品使用方式的特性无法指明的除外。使用作品的付酬标准，由国务院著作权行政管理部门会同国务院价格主管部门制定、公布。条例还规定，使用他人作品应当同著作权人订立许可使用合同，许可使用的权利是专有使用权的，应当采用书面形式，但是报社、期刊社刊登作品除外。对于专有使用权，条例规定其内容由合同约定，合同没有约定或者约定不明的，视为被许可人有权排除包括著作权人在内的任何人以同样的方式使用作品。结合著作权法的规定，今后凡涉及著作权专有许可或者转让的合同，必须采取书面形式。
对于图书出版合同中约定图书出版者享有专有出版权，条例规定，如果没有明确其具体内容的，视为图书出版者享有合同有效期内和在合同约定的地域范围内以同种文字的原版、修订版出版图书的专有权利。
新的《著作权法实施条例》对侵害著作权处罚有明确规定：对于侵害著作权同时损害社会公共利益的，行政处罚有了明确标准：发生著作权法规定的侵权行为，同时损害社会公共利益的，著作权行政管理部门可以处非法经营额3倍以下的罚款；非法经营额难以计算的，可以处10万元以下的罚款。这条规定，在于加强行政执法的可操作性。行政执法人员根据侵权人的主观过错程度、侵权行为时间长短、侵权范围大小等，在实施条例规定的幅度内，按自由裁量原则，确定个案的罚款数额。
条例还规定了合同自愿备案制度。不备案不影响著作权的效力，但由于著作权自动产生，著作权人在主张权利的时候往往需要付出巨大的代价证明自己的主体身份，在进行权利交易时也面临同样的问题。
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