因为购置进来了珍籍善本，需要设专业部门正规管理，所以，商务在1909年“设图书馆，名为‘涵芬楼’”（《商务印书馆百年大事记》）。但据汪家熔说，商务图书馆最初拟定的名字是“涵芳楼”，直到1910年底吴曾祺编辑的《涵芬楼古今文钞》出版，“涵芬楼”之名才算确定，而在此前该书的预约广告上一直是称“涵芳楼古今文钞”的（汪家熔：《商务印书馆史及其他》，中国书籍出版社1998年版，页90）。
无论“涵芬”还是“涵芳”，明显都带有中国传统藏书楼的味道。但商务其实并没有专门构筑藏书楼，张元济所说的“辟涵芬楼以藏之”，只是在该馆编译所办公楼专设藏书室而已。其后，随着出版事业的日益发达，搜购书籍数量剧增，商务遂于1924年另筑高达五层的现代大厦，取名“东方图书馆”，于1925年对外开放，以供众览。其中，“宋元明旧刊和钞校本，名人手稿及其未刊者为善本”，则“另辟专室珍藏，颜曰‘涵芬楼’”（王绍增：《记张元济先生在商务办的几件事》，《商务印书馆九十五年》，商务印书馆1992年版，页26－27），由是，“涵芬楼”便由商务印书馆的图书馆转而成为东方图书馆内的善本室。据说，在1932年“一·二八”事变之前，东方图书馆的藏书数量已经达到五十一万八千册，超过国立北平图书馆（该馆当时的藏书量为四十余万册），居全国第一。1932年1月29日上午，侵攻上海的日本军队用轰炸机向商务印书馆连续投下6枚重达500公斤的炸弹，烈火燃起后，日机又继续轰炸，使扑救不能。火势蔓延，一连几天不止，商务的印刷厂、编译所、东方图书馆以及商务设立的尚志小学，统统都被焚毁。
涵芬楼，连同它所庋藏的善本珍籍，就这样化做了灰烬，成为不可复原的历史。现在，翻开《涵芬楼藏书目录》，我仍然感觉碰触到了历史的创痛。我现在看到的《目录》，共四册，分“初刊”、“续刊”两种，每种又分为“旧书分类总目”、“新书分类总目”两类。四册《目录》都没有标明编订和刊印年月，但“初刊”“新书分类总目”所收图书出版年份最迟者为民国三年，可推测初刊《目录》的编定当在1914年。两年以后，沈雁冰（茅盾）在北京大学预科毕业后就职商务，虽然不满意这里的工资待遇，却仍决心屈就忍耐，原因之一就是“贪图涵芬楼藏书丰富，中外古今齐全，借此可读点书”（茅盾：《我走过的道路·商务印书馆编译所和革新〈小说月报〉的前后》）。当时茅盾看到的涵芬楼藏书，应该接近初刊《目录》的记载。初刊和续刊《书目》前都印有“借阅图书规则”，续刊《书目》前所印的“规则”标明是民国八年六月的改订本，在最末页又以“编者识”方式注明“民国九年八月续刊至五六○○号为止”，可知续刊编定于1920年8月，恰在茅盾着手对《小说月报》进行“半革新”时期。
如果以东方图书馆设立为界，把涵芬楼划分为前后期，那么，从这两种《书目》大体可以看到前期涵芬楼的基本面貌。以往人们常常称道涵芬楼庋藏的善本珍籍，这固然不错，但它所收藏的新书，其实也有不可替代的价值。其中最值得一说的是教科书，商务本以教科书起家，编撰出版教科书一直是该馆最主要的业务，涵芬楼里不仅藏有商务版的各类教科书，还收罗了当时各家书局、出版社出版的教科书，是收藏晚清以来教科书最齐备的图书馆。此外，涵芬楼中收藏的英文、东文（日文）书刊，数量也相当可观。据茅盾回忆：“编译所图书馆里英文书很多，不过杂乱无章。它藏有全套的有名的《万人丛书》（Everyman's Library），里面收罗很多西方资产阶级的政治、经济、哲学、文学名著，以及英国以外的文史哲名著的英译本，从希腊、罗马直到易卜生、比昂逊等。另有一套美国出版的叫《新时代丛书》（Modern Library），性质与《万人丛书》同”《我走过的道路·商务印书馆编译所和革新〈小说月报〉的前后》。此外，涵芬楼还藏有大量地图、挂图、画报、照片和明信片。以今日的学术眼光看，前期涵芬楼的新书刊无疑都是珍贵资料，如果不遭“一·二八”战火，如果完整保存下来，我们的近现代教育史、出版史、文化史、中外交通史等方面的研究，也许会是另一番面貌。念思至此，真让人痛心而至无言。
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