成书于乾隆年间的《四库全书》，共缮写七部，分藏于北京宫内文渊阁、圆明园文源阁、奉天文溯阁、热河文津阁、镇江文宗阁、扬州文汇阁和杭州文澜阁。前四者称“内廷四阁”或“北四阁”，后三者称“江浙三阁”或“南三阁”。北四阁中，文源阁本毁于1860年英法联军的焚火，文渊阁本在20世纪40年代移至台北故宫博物院，
杭州文澜阁始建于1782年，在1861年太平军攻占杭州时倒塌，所藏库书散落民间，后由杭州著名藏书家丁丙、丁申兄弟的努力，抢救回了一部分，于1881年再度存入修复后的文澜阁。1911年浙江省咨议局议决，将阁书拨归浙江图书馆，遂移藏于该馆在孤山的新馆址。1915－1925年期间，又先后组织过两次规模较大的补抄，使全书基本补齐，总册数已有36278册。再至抗日战争爆发，文澜阁四库全书（下简称“阁书”）开始了漫长的漂泊岁月。
竺可桢在抗战时期的日记保留得很完整，其中屡屡提及阁书之事，据其文字可以理清阁书的迁徙历程，亦可了解他本人在参与库书迁移、救护过程中未为人知的重要贡献。
抗战爆发后，浙江大学师生先由杭州西迁本省的天目山和建德，1937年12月又离开建德迁往江西吉安、泰和，大批仪器则径由杭州入赣。关于阁书，在其日记中首见于本年12月22日：“陈叔谅来，据谓省立图书馆运《四库全书》及省志、英文书籍至建德。”1938年1月22日（在吉安）又记：“电教［育］部陈立夫，报告运仪器近况，并报告文澜阁四库全书硕果仅存，虽由浙大帮同运严［建德县为古严州府所在地］，似更运内地为是。”
陈叔谅，即陈训慈，陈布雷之弟，1923年毕业于南京高等师范学校史地部，与竺有师生之谊。陈时任浙江省立图书馆馆长，对文澜阁库书有直接管护之责。
综合两日所记，可见是由浙大协助省图书馆将四库书运往建德，而竺可桢认为库书至为宝贵，以险恶形势藏于建德不妥，因此在向教育部部长陈立夫汇报浙大情况的同时，建议将库书移往更为安全的内地。
1938年2月8日再记：“余前月二十边致教育部一电，报告文澜阁四库全书留建德实不安全。教部韪其议，拟迁贵阳，由浙大协同运迁。但昨接陈叔谅回电，知浙省府拟将其移处州［丽水县为古处州府所在地］。”一个半月之后，3月25日：“叔谅来，知文澜阁《四库全书》于日内可由龙泉起运赴湘。”
这就是说，在将库书迁移何地的问题上，中央教育部与浙江省府之间发生了分歧。教育部提出迁至大后方的贵阳，省府不愿将书运出省外，先欲藏于丽水，结果是运到了龙泉。最后，不知是省方认识到了在龙泉的不妥，还是拗不过教育部，最终还是决定长程内迁了。
按竺后来所记，库书于4月14日左右到了长沙，又于4月28日“至教育部晤陈礼仁（逸民），知李?非已抵湘并来汉，于二十五号运文澜阁书赴黔。”由此可知，文澜阁四库全书迁移一事，一直是在教育部的领导之下。由竺可桢派去的浙大史地系教授李?非也在一路参与护送工作，直到贵阳。
库书抵贵阳之后，先藏于西门外张家祠堂，1939年2月，竺可桢从广西宜山赴重庆参加第三届全国教育会议，于26日途经贵阳时曾专门抽出时间到张家祠堂去察看过。张家祠堂本来由贵州省教育厅以2400元购入，另外花了1600元进行修缮。原厅长在卸任之前报称张家以原价赎还了祠堂，但张家后来告发原厅长并未赎还，而是被他以1万余元的高价售与他人了。按此，原厅长从中贪污了7600元，官司打到了省府与教育部。很可能是出于这个原因，不管谁是谁非，张家祠堂是呆不住了，库书不得不转移到了条件较差的地母洞。
地母洞，在贵阳城外，出威西门向北至官溪镇，须步行十里，路很难走。这一年6月23日下午，竺可桢偕贵州省教育厅三科科长杨克天等人至地母洞察看库书存放情况，看到只有两名工人看守。打开一箱验视，发现其中书已略有潮湿。他们当即商定，屋顶须以瓦代木，箱中书籍须晾晒，看护工作必须有人主持，为此要向有关部门申报经费。
1940年2月，浙大从广西宜山再迁贵州遵义。在此后几年中，他心中一直担心着潮湿对库书的威胁，日记中对此常有涉及，如1942年10月11日：“谭其骧来，渠眼力不佳，愿代方翥人去贵阳晒四库全书，即在地母洞之文澜阁也。但贵州只六、七、八各月多见阳光，九月以后则暗无天日，此时晒曝殊不相宜。”
1943年11月24日又记：“八点晤［贵州省］教育厅欧愧安厅长。与谈文澜阁四库书放在地母洞潮湿，于库不相宜。且浙大派戴明扬本年晒库书，回校报告认为有移回之必要。”
谭其骧、方翥人、戴明扬都是浙大人员，这说明竺可桢始终在安排浙大专业人员参与库书的具体管理。
另一方面，他也不断向有关高层反映情况，建议采取有效措施保护好库书。
例如，1940年12月19日在遵义参加警备司令就职典礼时，见到了贵州省政府主席吴鼎昌，“膳后一点，吴主席即偕吴夫人一行回贵阳。临行前余曾告以文澜阁《四库全书》放地母洞之不妥”。1942年4月，竺可桢赴重庆参加教育部第二届学术审议会大会。19日下午受到蒋介石接见：“四点偕［蒋］梦麟、正之［吴有训］、冯芝生［友兰］、马约翰及邹树文、茅唐臣［以?］、胡春藻［庶华］共八人至中四路103号德安里晤委员长，先由布雷引至寓所，四点委员长出见，谈半小时，大概每人皆询数语，尤注意于中国教育哲学史及大学之应注意德育二事。余曾提及文澜阁《四库全书》事。”这是借机把库书问题反映到了权力最高层，当然，对杭州文澜阁四库全书的关注，其中亦含浙人的乡情乡愿，竺蒋之间于此当有特可沟通之处。
1944年12月10日，文澜阁库书迁出地母洞，北上重庆青木关。此后，浙大不再参与护书工作，但竺可桢依然关注着库书的存藏安全，关注着后来复员返杭的行程。从日记内容可知，文澜阁《四库全书》于1946年5月7日由6辆汽车载运离开青木关，押运员有教育部徐伯璞科长、浙省图书馆夏定域等八人，护送警察有十二人，费时近两个月，于7月5日抵杭州。
文澜阁《四库全书》从1937年8月4日离开杭州起，至1946年7月5日回到杭州止，经历了长达9年的“抗战苦旅”。
笔者此前曾见有文忆述文澜阁《四库全书》西迁东返事，但多语焉不详，或有与史实不合之处。竺老当年录于日记，脉络清晰，当可为这一文化事件历史记录之拾遗补阙。
