当前学界对黄宗羲思想的研究存在某种“简单化倾向”：或单纯彰显其启蒙色彩而忽略了其他方面，或表现为以时代背景的述说来代替学理的探究。上述两种倾向实质上是方法论的外在表现。程志华近年来正是从方法论入手展开对黄宗羲的研究的，其近著《困境与转型》试图摆脱传统的对黄宗羲研究的“简单化倾向”，从而重新诠解黄宗羲的哲学文本。在此书的“绪论”部分，作者专门讨论了中国哲学史研究的方法论以及如何运用于黄宗羲哲学研究的问题。作者认为，治哲学史者往往有不同的切入点和诠释维度，综括起来可以概括为两种不同的诠释进路：一种是“外在诠释”方法，“它要求解释者跳出对象的理论义理框架，探究时代背景对这些观念或义理所造成的影响，并揭示对象的意识形态功能和社会影响。”传统的阶级分析方法就属于一种“外在诠释”方法。另一种是“内在诠释”方法，作者说：“‘内在诠释’不热衷于种种大而无当的理论体系和‘宏大叙事’，而更加重视文献、文本和思想、问题本身的细致学理分疏；它一般要求研究严格控制在思想的对象内进行，它重在系统内的概念、义理探讨，意在寻求概念间的联系、义理间的递进以及格局结构的迁延。”通过与“外在诠释”的对照，作者意在强调和突出“内在诠释”，主张学术思想的生发与变化自有其内在的理路，外在的原因最终还是要通过内因发生作用，因此学术探讨的重心应在内因方面。
就《困境与转型》一书的内容来看，与其说“诠释”纯粹作为一种方法出现，不如说“诠释”具有“本体”的意味，或者至少可以说具有“主体性”意味。在这一点上，作者受到了从海德格尔（Heidegger）到迦达默尔（Gadamer）“本体诠释学”的深刻影响。因为依照中国哲学的传统理路，“诠释”并不是一个可以独立成立的哲学话题，即使在现代中国哲学中至多它也只不过是“反映论”的一个侧面而已。基于这样的思想，作者把中国哲学史上的经学思想演变为“内在的诠释”，并且从这一新的诠释角度对黄宗羲的哲学文本做出了一种新诠。作者认为，在哲学上，“黄宗羲是接着中国儒家哲学讲，而不是照着西方启蒙哲学讲的，而且黄宗羲还讲出了新意。”黄宗羲在承继阳明心学精髓的同时，也察觉到了儒学形上学中所包含的理论张力。如何化解这些张力，进而走出儒家形上学的困境，从而实现儒学形态的转换，遂成为黄宗羲哲学研究的出发点。从这一视角出发，作者把黄宗羲所致力的儒学转型之努力分殊为五个方面：在生成论方面，实现了“由支离到圆融合一”的转换；在本体论方面，实现了“由实体形上本体回归道德形上本体”的转换；在人性论方面，实现了“由率性任情到无欲而天理纯”的转换；在工夫论方面，实现了“由致良知到功夫所至即其本体”的转换；在圣王论方面，实现了“由内圣到内圣外王并举”的转换。基于这五个方面的转换，作者认为黄宗羲不仅走出了宋明儒学形上学的困境，而且开拓了一种新的儒学形态，从而“确定了明末清初儒学的大方向”；这种形态被作者叫做儒学的“形上道德实践形态”。
顺着“内在诠释”的理路，作者还凸显了对中国哲学史应进行“本土化理解”的主张。作者认为，要研究中国哲学史，所不同于西方哲学史的重要方面，就是要必须关注中国哲学的地域性传统问题。这是作者使用“本土化理解”这一概念的重要意蕴。作者认为，与西方哲学相比，中国哲学史上的学派具有显著的地域性传统：不仅自先秦中国哲学诞生以来，诸子就有着不同的地域性传统，而且直至宋元明诸朝兴起的理学和心学地域性传统仍贯穿其间，甚至还表现得更为突出。到了明末清初，黄宗羲的哲学本身也具有鲜明的地域性特征。章学诚在《文史通义・浙东学术》中曾指出顾炎武和黄宗羲的“浙西之学”和“浙东之学”的地域性特征：“浙东贵专家，浙西尚博雅，各因其习而习也”，“顾氏宗朱，而黄氏宗陆”。之后，黄宗羲哲学的这一浙东学派传统不仅影响到章学诚，而且还影响到章太炎。因此，重视地域性传统的分析，对中国哲学进行“本土化理解”，是作者透过黄宗羲哲学研究所要表明的重要观点。
近几年，有质疑中国哲学“合法性”的讨论。这一讨论的合理性，主要是提出了中国哲学史研究需要深入的一个重要课题，即如何体现中国哲学特有的学术理路和民族智慧。程志华在这里以“本土化理解”、“本土思维”为关键词给予了回应，并努力贯彻于黄宗羲哲学的研究中。作者特别强调：“对中国哲学史作本土化理解，从而使中国哲学史成为‘中国’哲学史，而不是西方哲学史‘在中国’。”要实现这一目标，“我们应超越以西方哲学为蓝本‘解构’和‘重构’中国哲学的模式，而应在一般哲学学科的观念和规范下，以中国哲学的‘本土思维’来开展中国哲学史的研究。”
以“内在诠释”为方法，在进行“本土化理解”的基础上，作者力图把黄宗羲哲学放在整个儒家哲学的发展史中去考察和定位。作者认为，构成一种理论形态从而也是区分不同理论形态的要素有三个方面，分别是核心论题、经典文本、理论和现实功能。基于这样的理论预设，作者把整个儒学史的基本形态分为以原始儒学为代表的“实存道德描述形态”、以宋明儒学为代表的“形上学形态”和以黄宗羲为典型的明末清初儒学的“形上道德实践形态”。依作者的分析，这三种不同的形态不仅有不同的基本概念和核心论题，而且还有着不同的话语体系甚至不同的理论和现实功能。在这样一个大语境下，作者给出了黄宗羲哲学的定位：黄宗羲是儒学由宋明儒学“形上学形态”到明末清初儒学“形上道德实践形态”过渡的代表人物。基于此，作者进一步认为，现代新儒家并非像他们自己所说是“接着宋明儒学讲”的，实际上现代新儒家是对明末清初儒学“形上道德实践形态”的丰富和展开。当然，从儒学形态的如此历史嬗变来探讨黄宗羲哲学的理论推进，也许尚有可商榷之处，但从中能够看到作者对黄宗羲哲学的研究确有相当深入的理论分析和不拘泥于成说的新颖之处。
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