虽然进入20世纪后半期以来秦始皇的行情一直看涨，尤其是近20年来直接对中国普通百姓历史观产生巨大影响的电影和电视剧把秦始皇描绘得英雄盖世，千古无双，人格也越来越高大，任何反抗秦始皇的人似乎都成了反对历史进
《辨》文说秦始皇下令焚书“不难发现其目的确实不在灭绝儒学，而在禁止私学。”这话没有抓住要害。
《史记・秦始皇本纪》李斯奏道：
……异时诸侯并争，厚招游学。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异趣以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪……
学问家出身的李斯上奏充分表明，他深知书籍和文人对于政权的重要性。夺取政权一定要争取知识分子，巩固政权必定要控制知识分子。李斯之言讲得非常直白，一点空话套话的虚饰都没有：当初为了夺取天下，秦国不但要笼络人才，把各地游学的士人尽可能多地“招”来，还要“厚”待他们，使其心甘情愿地乐于为秦所用而不让他国用。现在天下统一了，这些人已经没有从前那么大的利用价值，用不着再厚待。可是这些士人还要以自己的学问来责难当世，蛊惑百姓，破坏当今的统治。因此李斯认为现在应该只许他们老老实实，不许他们乱说乱动，这样百姓就不会思想混乱，只知道傻乎乎卖力气干活，不会有任何反对朝廷的想法和行为了。李斯显然不是主张杀尽儒生，而是要杀尽那些不听话的敢于“非上”者。也不是主张秦国绝对不许有《诗》、《书》之类的书籍，不过只能保存在皇家的官方藏书室里，民间不许留哪怕一点。也不是绝对不许别人读《诗》、《书》之类的书，只是必须按照官方口径解释，不得越雷池一步。为什么要禁绝《诗》、《书》之类的书籍？就是因为这些书读了会使人产生对于已经被朝廷定于一尊的思想的怀疑和不满，不但“心非”，还会在公共场合“巷议”，批评朝政。于是“异”就成了“谤”。只有禁止私学，才能禁止这些与官方口径不同的学说影响扩散，从而可能危及统治者的宝座。儒生只要乖乖地听话，按照官方口径解释《诗》、《书》之类，在教化百姓服从统治和按照官方正统理论来统一大家的思想方面还是可以大有作为的。所以禁止“私学”只是手段而不是目的，真正的目的不仅是要垄断办学权力，“回到官学”（《辨》），归根结底是要垄断思想，独霸话语权。非但不允许公开议论，连想都不让你想，从根本上给你彻底洗脑。总之，只要是“非”的、有可能危害“一”的，有可能“乱”的，敢于“议”朝政而影响“一尊”的，都要禁，都要杀。这就是焚书坑儒和不让办“私学”的要害。
《辨》文将“坑儒”事件定性为“故事”，说“故事原型见于《说苑》卷二十《反质》”。《辨》文引唐刘知己《史通・杂说篇》批评西汉刘向《说苑》“广陈虚事，多构伪词”，于是就得出结论，“《说苑》属稗官野史之流，坑儒一事，本不足信。”从而否定历史上曾经有秦始皇坑儒之事。刘向的《说苑》虽然有刘知己指出的毛病，但刘知己只是说它“广陈虚事，多构伪词”，而没有使用全称判断说它“全陈虚事，皆构伪词”，全盘否定《说苑》的价值。而《辨》文却由此就否定它对于“坑儒”记载的真实性，这在逻辑上是站不住脚的。更令人不解的是，《辨》文说司马迁“基本上因袭《说苑・反质》的传闻”。司马迁为西汉中叶人（公元前135――前93年），他去世十六年后刘向（公元前77――前6年）才出生，《辨》文也说刘向是“西汉末叶”人。但是司马迁居然会“因袭”一个当时还没有出生者的内容，那不也成了关公战秦琼了吗？这反而证明《说苑》起码在“坑儒”这件事情的记载上没有“陈虚事”、“构伪词”。
《辨》文否定坑儒事实的理由之一是，若有此事，“秦末汉初非孔姓的儒生肯定有人会讲述此事”。他举了伏生等四人之例后说，“这些人谁也没谈论过秦始皇坑儒的事情。特别值得提出的汉初儒学巨子贾谊，他写的那篇脍炙人口的政论文《过秦论》，专门批判秦始皇的过失，里面说秦始皇‘废先王之道，焚百家之言，以愚黔首……’根本没谈坑儒之事。”其实不然。两千年来许多司马迁当年尚存的文献已经湮灭，现在所见伏生等四人的片言只语不能代表其讲过的全部。《过秦论》像当时一些政论文一样爱用对偶句式，这里的“百家”就指代焚书坑儒两个方面的事实。何以见得？李斯的原话是“非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。”藏《诗》、《书》要烧，语《诗》、《书》要杀，可见李斯是将儒家典籍《诗》、《书》作为“百家”的代表的，李斯和秦始皇对儒家的恐惧与仇视要超过百家中的其他任何一家。如果按照《辨》文的逻辑，那贾谊就等于说只焚了“百家”书而不包括儒家典籍了。所以“焚百家”就是对待儒家的态度，何况下文“杀豪杰”已经用了个“杀”字，不但文字不宜重复，而且所杀“豪杰”中就包括了敢于对秦廷非议者。
曾任秦博士的伏生得以藏《书》被《辨》文认为“秦博士官是允许收藏《诗》、《书》的”，从而为秦始皇没有坑儒做铺垫。从李斯说“非博士官所职，天下敢有藏……杂烧之”可知，当时在职的博士官伏生藏书是合法的。汉文帝（公元前179-前163年在位）时“欲求能治《尚书》者，天下无有，乃闻伏生能治，欲召之”。可见公元前212年秦始皇焚书坑儒时儒学受打击之大，仅仅过了三四十年就已经几乎找不到能够讲解《尚书》的人了。汉文帝欲召伏生时他已九十多岁，在秦始皇三十五年（公元前212年）焚书坑儒时他已五六十岁，有丰富的社会经验，不会那么血气方刚。他在官学中肯定没有任何“非当世，惑乱黔首”的言行，从而得以全身。“秦时焚书，伏生壁藏之。”（《史记・儒林传》）由此可知“焚书”与“壁藏”之间有明显因果关系，因此《辨》文说“可见秦博士官是允许收藏《诗》、《书》的”判断模糊不清，容易混淆：焚书令前当然谁都可以，令行禁止，否则就要问罪了。
《史记》中多处记载了焚书与坑儒这两件事，按说这应当成为焚书坑儒确有其事的证明。但是《辨》文却得出了“口径并不一致”的结论。“依照《秦始皇本纪》的说法……这里坑杀是一色的儒生。《儒林传》里却说的是‘坑术士’。……《封禅书》中讲‘焚《诗》、《书》，诛戮文学’。为什么又没说‘坑儒’呢？”其实关键就是李斯所奏，“非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。”连偶语《诗》、《书》者都要杀而且还要暴尸街头不许收尸，可见李斯和秦始皇对于《诗》、《书》及其信奉者恐惧仇恨到了何种程度，打击矛头自然首先和主要对准儒生。因此导火线虽然是侯生、卢生等术士，但是坑杀的却主要是儒生。何况术士从广义上来说也可算做儒生。至于《封禅书》中讲“焚《诗》、《书》，诛戮文学”，两个动宾结构，前一个指书籍，后一个显然就是指人。事《诗》、《书》的文学，可不就是儒生么。《辨》文给人的印象是，先拿定了没有“坑儒”的结论再来着力论证，就难免有些捉襟见肘了。
于是《辨》文认为“‘坑儒’的故事说不定就是（孔子八世孙）孔鲋编造出来的”，转瞬之间就把这个只表示有可能却不大有把握的推测语气“说不定”急剧放大，一口咬定“秦始皇坑儒的故事十有八九是孔鲋编造的”。这个论断是没有根据的。“孔氏有古文《尚书》”，当时立于学官的则是今文《尚书》。所以司马迁“从（孔）安国问故”的当然就是古文《尚书》。《汉书・儒林传》指出，《史记》中的《尧典》、《禹贡》、《洪范》等多篇“多古文说。”司马迁素来以博学多才和治学严谨著称，他既然会取当时不占主流地位的古文《尚书》而舍今文，也足以证明他对孔安国学识与为人的信任，从而也就可以佐证孔氏在坑儒这样重大的问题上不会妄言。
至于《辨》文说“司马迁写人叙事注意细节。”令读者有“面对其人，身临其境”之感，但是由于《史记》“基本上因袭”《说苑・反质》，“缺少细节，如被坑杀儒生首要人物的姓名、坑杀儒生的具体办法、详细地点等”都没有交代，这可真让人啼笑皆非了。《秦始皇本纪》将焚书坑儒的前因后果说得明明白白，侯生、卢生等怎么得罪的秦始皇，李斯如何进言，侯生、卢生等如何商议并且逃跑，后来秦始皇怎么大怒，并将四百六十余人坑杀于咸阳。事件、人物、时间、地点一应俱全，言语生动，细节丰富。难道还要指出坑杀于咸阳哪个村子，描写如何挖坑，是一个一个推下去还是统统打落坑内然后军士填土不成？那还是太史公的文笔么？
问题并不在于“焚书坑儒”四字连用这个词语是什么时候出现，秦或西汉初年有没有用过，而是秦始皇时究竟有没有发生过“焚书”和“坑儒”这两件事。重要的是事实，不是用语。《史记》中已经多处明确记载了“焚书”和“坑儒”两件事情，西汉前期人孔安国上距秦始皇焚书坑儒时间不足百年，把这样两件事连成一词，不足为奇。司马迁家学渊源，治学十分严谨，不但充分利用皇家藏书极其丰富的有利条件博览群书，而且足迹遍及南北各地，实地考察，访逸问学，所以《史记》才被后世学人奉为史学圭臬。20世纪以来的许多重大考古发现和重要史学研究也证明《史记》的可靠。因此司马迁不可能随便听信某个人的“编造”就采纳其说，他既然如此明确地一再记述“坑儒”之事而且为后世所信，就是这个道理。
无论是自然科学还是人文社会科学研究都不可能完全离开“猜测”、“推测”，重要的是去设法证实或证伪它。当然也可以在材料不足时用“大概”、“也许”之类的或然判断，不把话说死，作为一种看法也有一定的存在价值。但是却不能在众多“大概”而没有铁证的基础上得出完全肯定性的结论，尤其是不能随便推翻社会上已经存在多年的共识，除非你拿出足够的证据来。《“焚书坑儒”辨》中有大量“猜测”、“说不定”、“大概”、“十有八九”这样表示不确定的词语，却要得出秦始皇坑儒是背“黑锅”的结论，这哪里还有“实事求是是史学工作者应当永远尊奉的圭臬”的影子？
尽管《“焚书坑儒”辨》的作者很想彻底推翻秦始皇“坑儒”这个铁案，其实内心深处也还是虚得厉害，要不然就不会小心翼翼地声称“……坑儒，此事疑窦丛生，恐属子虚乌有”，而是坚决把那个“恐”字拿掉了。
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