公司治理结构中的内部控制，一般包括内部管理控制和内部会计控制两个方面。内部会计控制是企业管理者为保证会计记录与实物资产相一致，确保企业计划顺利完成与相关财务资料真实可靠而设立的一系列会计管理规章制度的总称。在公司治理中，完备的内部会计控制制度是减少会计信息失真，强化会计监督的重要保证。
完善的内部会计控制是进一步深化经济体制改革的重要条件，是市场经济条件下企业会计资料完整与真实的必要保障。第一，内部会计控制制度的建立有利于促进企业产业结构调整顺利进行，保证企业经营机制和管理体制的转变。第二，有利于促进企业经营活动合理化。第三，有利于维护企业资源的安全，保护股东和债权人利益。第四，有利于促使企业完善内部管理控制体系，保障会计人员行使职权，提高会计人员严格执法的积极性。
美国注册会计师协会审计准则委员会在《审计准则公告第55号》中，将内部控制结构分为三个方面，即控制环境、会计制度和控制程序。控制环境的影响因素包括经营计划、利润计划、内部审计及责任会计等，会计制度包括企业经济业务处理的各种会计程序；控制程序则是指企业相关交易处理，资产和纪录的实物控制等。现代公司治理结构中的内部会计控制，既是内部管理控制的基础，也是企业财务会计制度的重要组成部分。完善内部控制制度应考虑以下几个方面。
首先，内部会计控制与社会审计相结合。内部控制是管理现代化的产物，而内部会计控制制度的产生和发展可以促使审计工作从全面详细性审计发展为制度基础性审计。内部会计制度与社会审计的有机结合，有利于社会审计在评价内部会计控制的完善性和实际执行的有效性审计中提出积极有效建议，帮助企业完善会计制度体系。
其次，内部会计控制与内部审计相结合，提高公司内部审计的自觉性。一般情况下，企业内部审计带有很强的强制性，虽然机构齐全，但常常制度不完整，业务不规范。近年来在我国证券市场中因提供虚假会计信息而出现的大案要案中，多是在公司负责人的授意和强令下作出的，内部审计形同虚设。所以只有将内部审计与内部会计控制制度有机地结合在一起，才能避免内部审计失控。建立完备的内部控制制度有利于企业提高内部审计的自觉性。一个完整的内部会计控制制度，必须要有内部审计来监督执行，以及时发现问题，纠正偏差，修订并完善制度。
第三，内部会计控制与经济责任制相结合，提高企业经济效益。随着改革的进一步深入，搞活内部机制逐步成了一些企业的中心环节。而要搞活内部机制，一方面应理顺企业制度与国家经济制度的关系，另一方面应建立完善的内部控制机制。内部会计控制与经济责任制的有效结合，实际上是把衡量、考核、评价企业工作业绩与企业生产经营管理上的责任制紧密结合在一起，以此作为企业内部严密的管理系统，从而达到完善管理工作，提高管理水平和企业经济效益的目的。
第四，内部会计控制与物流相结合，提高对物流的控制能力。内部会计控制不仅是对会计机构、会计人员及相关记录报告的控制，而且是对物流的控制，即对物品的购、销、存全过程的控制。如产品的购销控制，物流成本、费用控制，收入与货币资金的控制，以使相应的会计记录与会计报表控制等等。内部会计制度与物流管理有机结合，针对企业资产流转设计会计控制制度，能有效地控制物流，提高对资产的管理水平及控制能力。
第五，内部会计控制与会计原则相结合，增强会计制度体系的完整性和严密性。一般认为内部会计控制属于责任会计范畴，方法和原则上与公认会计原则相差甚远。其实不然，内部会计控制体系的建立应与公认会计原则相一致。一方面减少内部会计控制与公认准则的方法、程序、原则上的偏差，从而达到制度上的一致性；另一方面内部会计控制重点在于财务数据可靠性和资产记录的安全性，如果控制不严密，财务报告就可能出现偏离公认会计原则现象，影响财务会计报告资料的真实性和完整性。通过对内部会计控制与公认会计原则的结合，可以提高内部会计控制的完整性和严密性。
随着改革的进一步深化，对企业管理结构和产业的调整要求更加迫切，如何有效地利用内部会计控制体系来保证会计资料的完整性、会计数据的真实性以及会计工作的及时性，都依赖制度的创新。而内部会计控制的创新对新形势下财务报告资料的真实性与完整性就显得更为重要。
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