高校科技企业运行机制由相互作用、相互联系的规划、指挥、组织、协调、监督等功能的有机活动组成，是一个多因素、多层次、多功能的综合体系。这个体系的总目标是使科技企业在清产核资、界定产权、明晰资产占有量及其归属的基础上逐步确立企业法人财产权，实现企业的投资主体多元化，构建产权多元结构，使企业成为享有民事权利，承担民事责任，依法自主经营，自负盈亏，对出资者承担保值增值责任的独立法人实体和市场竞争主体。使企业建立起主动适应市场经济和社会发展需求，适应教育规律，服从高校科技企业管理体制需要和社会发展需求，适应教育规律，服从高校科技企业管理体制需要的自我激励、自我发展、自我约束的运行机制。
高校科技企业的存在目的，是要用高科技产品服务社会，并不断提高产品的市场占有率。而决定和调整供求关系的是市场机制，高校科技企业开发的产品只有满足市场的需求，得到市场的承认，其价值才能真正实现。高校每年都有很多科技成果，但并不是每一项成果都有良好的市场前景，高校应在市场调查、分析和预测基础上，通过充分论证，从中选出一批适合市场需要的科技成果进行开发，实行产业化。树立以销定产的市场导向观念，把市场机制贯穿于技、工、贸一条龙全过程中。
高校科技企业是教学、科研、生产三结合的产物，与教学、科研密不可分。它担负着将科技成果向社会转移和实行商品化、产业化、国际化的重任；反过来又为教学、科研提供基地和经费等支持，不断地向教学、科研反馈来自社会的需求和信息，推动教学、科研的改革和发展。高校科技企业的生命力就在于依靠学校的技术和人才优势，同时又能结合科技开发和生产经营活动，积极承担各层次学生的培养任务。高校科技企业区别或优于社会企业的标志，就是教学、科研与产业的有机结合，这种结合能使高校科技企业在激烈的市场竞争中立于不败之地。
产权，是指建立在一定生产资料所有制基础上的财产归属权利和运营权利。产权的单一化，形不成现代企业制度所必需的权力制约机制及其运行机制。党的十五大明确要求，在企业中建立现代企业制度，对国有企业实行规范的公司制改革。公司制是现代企业制度的一种有效组织形式，而公司制应尽可能做到投资主体多元化，实现产权多元机制。它有利于所有权、法人财产权、经营权、占用权的有效分离，从根本上实现政企分开；有利于筹集资金，分散风险，出资者只承担投入企业资本额的有限责任；有利于解决高校科技企业负盈不负亏，吃学校大锅饭的问题。产权多元化的另一个重要作用是能够在高校科技企业内部形成有效的监督制约机制，避免造成权力无限和滋生腐败。事实说明，来自外部的监督并不是非常有效的，必须从企业内部解决监督制约问题。在一个企业是由多个产权主体而不是一个产权主体构成的情况下，企业内部各个产权主体之间就形成了相互制约的机制，并且由于这种制约机制来自企业内部，因此它比来自企业外部的监督要更为有效。因此，产权多元机制是构建高校科技企业诸多机制的关键。
高校科技企业应以高校的技术优势为后盾，把基础研究的成果有效地进行技术转移，源源不断地把高科技成果转化成产品，这就可以使自己在与社会一般企业的市场竞争中立于不败之地。然而，科技企业的技术优势并不等于市场竞争的优势，这种优势必须是转化成商品，即通过技、工、贸一条龙来实现商品的转化。如果没有科技成果的二次开发，没有中试、生产、销售和售后服务的一条龙，没有市场的检验，这种优势只能存在于理论之中。
高校科技企业激励机制的作用在于激发企业主体的积极性和潜能，使之产生巨大的工作热情和工作效益。它是以表彰、奖励、评估和各种支持手段相结合的一种激励体系、规范和办法。建立有效激励机制的关键，在于企业主体的利益与他们对企业的投入之间建立起直接的联系。对投资人的激励表现为吸收他们增加对企业的投资，其中包括吸收和稳定投资者（股东）。投资安全和投资收益是影响投资人的决定性因素，因此，建立合理的投资利益分配机制和投资避险机制，是激发投资人投资的关键。激励机制对员工的主要作用就是要激发员工的工作热情，稳定队伍。而稳定队伍要做好物质和精神两方面工作。然而，在有效地解决物质方面（住房、社会保险等）和精神方面（自我实现等）的问题时，高校科技企业由于机制、规模、实力等原因，与其它企业竞争处于劣势状态。改变这种劣势状态的途径，还应通过股份制改造和上市，让企业的骨干及员工拥有本公司股票（或股份），首先使他们成为股东，这样可以将职工与企业、国家利益统一起来。建立报酬与企业经营成果相联系的报酬制度，使企业员工努力工作，实行劳动报酬与贡献直接挂钩的分配办法，有效地克服分配上的平均主义。实行技术入股收益制，经营者年薪制
和实行股票期权制，把经营者的利益与企业的长远发展紧密地结合在一起，使经营者克服短期行为。由于高校科技企业多数未能改制的现实，各校对校办企业的经理层应将激励机制的分配奖励制度具体化，实行经济目标责任制，实行全额成本核算，按照“先费后利”的原则，在经济指标完成的前提下，学校予以确认并按企业章程和规定进行收益分配。
竞争给校办企业带来强大的外在压力，促使企业提高管理水平，开源节流，努力降低成本，提高劳动生产率。校办企业只有引进竞争机制，才能在内部打破长期的“铁饭碗”和“大锅饭”体制的桎梏。干部实行聘任制，靠实力和政绩竞争上岗，能者上庸者下，对所经营的资产不能增值，就应将其撤换。职工实行全员聘任或合同制，实行“老人老办法，新人新政策”，对于“老人”（由学校事业编制转入或派入科技企业的人员），基本工资和福利由学校按原渠道代为管理，原职务和职级学校可以保留，可参加学校的职称评审。同时，高校科技企业还可以有自己的职称评审权，所评职称在产业系统有效。对于“新人”（即由科技企业直接从社会上招聘和调入的职工），完全由产业管理，不再与学校发生关系，依据《劳动法》实行劳动合同制。在科技企业工作期间，企业和个人严格执行所签定的劳动合同。一旦解除或终止劳动合同，即终止任何关系。
高校的科技成果大多数是实验室的小试成果，这些小试成果在到企业进行批量生产并形成规模经济的过程中，会遇到许多诸如产品的设计、加工工艺、专用设备和模具、材料检测以及生产规模扩大后产生的复杂技术难题。所有这些难题只有通过中试才能得到圆满解决，而进行中试需要巨大的资金投入，失败与成功交织，高利润与高风险并存，高校高科技成果转化资金缺乏的困难，造成“中试”空白。由于以高新技术向生产转化为基础的中、小型企业绝大多数处于国家的发展计划之外，无法从国家财政和银行借贷中得到经费支持。在这种状态下，由政府出面组建以高新技术成果转化为支持对象的风险投资机构、创业基金，或建立多渠道融资方式已势在必行。随着中国加入WTO，国内现有企业面临的竞争必将越来越激烈。而提高自身竞争力的关键因素之一，就是要建立适应国际要求的、适合自身发展的运行机制。高校科技企业要想在新的竞争中取得发展，建立科学的运行机制势在必行。
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