“三个代表”重要思想是中国共产党在新的历史时期的根本指导思想，是建设有中国特色社会主义和21世纪实现中华民族伟大复兴的重要精神动力。“两课”教学是我国高校教育的重要内容，其根本任务是对大学生进行正确的世界观、人生观、价值观教育，培养有中国特色社会主义的建设者。因此，“三个代表”重要思想对于高等学校的“两课”教育具有重要的指导意义，我们必须认真坚持和贯彻“三个代表”重要思想，以“三个代表”重要思想为根本指导，研究“两课”教学，进行“两课”教育。
在“两课”教学中坚持和贯彻“三个代表”重要思想，进行创新，就要以“三个代表”重要思想为根本指导，研究“两课”教学的重要问题，在“两课”教育基本理念、教育内容、教育方法等方面大胆探索，积极创新，加强“两课”的基本学科建设，充分实现“两课”教育的根本目的。
“两课”教育内容的创新是“两课”教育创新的重要方面和内容。教育的内容必须随着社会生活的变化和发展而不断变化，这是教育发展的客观规律，人类社会教育发展的历史充分证明了这个真理。因此，“两课”教育的内容也必须随着当代中国社会生活的变化发展而不断发展，不断创新。例如，当今的“两课”教育在内容方面必须涉及或面对知识经济、经济全球化、环境问题、科技与人文的关系等问题，这些问题都是以往我们所不曾遇到的。需要指出的是，“两课”教育作为我国高等教育的一个基本方面和内容，具有其特殊性，因而“两课”教育在内容方面的创新，要随着时代的变化和社会的进步，运用马克思主义的基本原理来研究、解释新的实际和实践，同时用新鲜的经验和生活的实际来说明、解释、发展马克思主义，从而更好地向学生展示马克思主义的科学性、真理性。当前，“两课”教育内容创新一个重要方面，就是把“三个代表”重要思想贯彻到“两课”教育当中，做好“三个代表”重要思想的“三进”工作，使学生通过“两课”教育深刻领会和掌握“三个代表”重要思想的基本内容，充分理解“三个代表”重要思想在当代中国社会主义事业和中华民族伟大复兴历程中的根本指导作用和重要意义，从而在学习和生活以及将来的生活和工作中坚决、忠实地实践“三个代表”重要思想。
“两课”教育创新也必须进行教育方法的创新。教育方法在教育活动中具有重要的地位，它是教育基本理念的体现，也是贯彻教育基本理念的根本保证。因此，进行“两课”教育的创新，必须重视“两课”教育方法的创新。传统的“两课”教育方法主要是在课堂上由教师教授，师生互动不够，具有“填鸭式”、单一性的特征，可以称之为“直线式的‘两课’教育方法”。实践证明，这种“两课”教育方法存在着很大的弊端，对于实现“两课”的教育目的有很大的消极影响，不能适应当代中国社会生活的变化和高等教育发展的要求，必须进行创新和改革。首先，要丰富和发展“两课”教育的方式，通过多种方式来进行“两课”教育，完成“两课”教育的目标。就“两课”教育来讲，理论灌输是必须的、基本的，因为任何理论教育都包含灌输的层面。但，理论灌输的方式则可以是多样化的，也应当是多样化的，把“两课”教育简单地理解为就是在课堂对学生讲授抽象的教条，显然是肤浅和错误的。因此，除课堂讲授方式之外，“两课”教育还必须积极运用其他的方式，如社会实践、研究社会问题、参观访问、参加社会公益活动等。其次，在“两课”课堂教育方面，要在保证教师必要的讲授的同时，积极采用多种教学手段，如讨论、观看教学资料片、主题辩论等等，特别是要充分利用现代教育技术提供的便利，运用多媒体进行教学。
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