高等教育研究学科于1983年被国务院学位委员会列入学科专业目录，确定为教育科学的二级学科；此后，出版了不少以知识体系（经验体系）或教材体系（课程体系）形式出现的高等教育学学科专著，对高等教育事业的发展起到了一定的积极作用。1992年起，全国高等教育学研究会在筹备至成立期间，连续三次召开以学科建设为主题的学术研讨会，试图构建高等教育学的理论体系。研讨虽有进展，但终无结果。原因在于构建高等教育学理论体系的理论准备不足，尤其是方法论准备不足。
高等教育作为社会的一个子系统，是一个复杂的、多层结构的开放系统，是在与社会的经济、政治、文化、科技等子系统的相互作用中不断发展的；同时，高等教育由各种专业组成，每一专业都是一门学科，并且联系着其他相关学科。高等教育必须通过各门学科的教学与科研，促进各学科的发展。从高等教育学的学科性质看是一门多学科交叉的教育科学，高等教育的基本理论涉及到多种学科领域。必须从不同学科的视角，运用多学科的方法来研究高等教育，从方法论上开拓构建高等教育学理论体系的新路子。我们以往的高等教育研究，一般是从教育学的视角开始的；哲学和心理学，也被看成是高等教育研究的两大支柱。这样的视角对研究是必要的，但还不能满足作为多学科交叉的高等教育领域研究的特殊需要。因为，从中小学教育实践发展而来的教育学原理，无法解释和指导专业教育；哲学与心理学重视学生的世界观、伦理观和年龄特征，却还不能把握高等教育与经济、政治、文化、科技等系统的复杂关系。只有从哲学、心理学、历史学、文化学、科学学、经济学、社会学、政治学、管理学、系统科学等学科的视角审视高等教育，才能全面深入地探索高等教育的本质、价值，把握高等教育的内外部关系规律。
通过高等教育学研究会三次年会，多学科高等教育研究方法在某种程度上得到认可，并在一定范围内得到尝试。潘懋元教授主编的我国第一本多学科高等教育研究专著——《多学科观点的高等教育研究》于2001年9月由上海教育出版社出版。作为全国教育科学“九·五”国家级重点课题——《多学科高等教育研究》的研究成果之一，该书从历史学、哲学、心理学、文化学、科学学、经济学、社会学、政治学、管理学、系统科学、比较教育学等11个学科，结合世界高等教育发展的新趋势、新理念和中国高等教育发展的实践经验，对高等教育进行审视；同时，各学科视角均以潘教授在学科创建之初提出的教育内外部关系规律为主线，以高等教育的本质、功能、价值和发展规律为研究重点，使各学科观点间体现出内在的逻辑顺序，使该书成为一本初具体系的具有中国特色的高等教育学学科专著。
在西方，伯顿·克拉克（Burton R.Clack）最早把多学科的研究方法应用于高等教育研究领域。1984年，他在《高等教育的观点：八个学科的比较观念》中提出，在多学科交叉的高等教育领域，没有一种研究方法能揭示一切，全面的论述必须是多学科的；“各门社会科学及其主要的专业所展开的广泛的观点，为我们提供了了解高等教育的基本工具，不管这个学科是历史学、经济学或政治学，还是其他社会科学，都给我们提供了考察世界的方法，我们可以把他应用到高等教育部门。”
多学科的高等教育研究，对于高等教育理论体系的构建，是一项重要的准备工作。应该说，从一门社会科学的观点审视高等教育，都只能看到高等教育的一个侧面；哲学的观点，也不能代替高等教育诸多方面问题的研究。诚然，对高等教育的某些问题，可以着重就某门适当的学科观点进行深入研究，但是，研究过程中，必须牢记同其他学科观点的相互联系。只有从多学科的视角，才能对高等教育获得比较全面的认识。总之，多学科高等教育研究方法，对研究领域广阔的高等教育具有特殊的意义；它在高等教育学学科建设中的方法论意义是十分重要的。它的有效运用，将把学科建设提到一个前所未有的新高度，由此带来的理论创新对21世纪中国高等教育事业的发展将起着极大的推动作用。
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