作为国家新药筛选中心和药物及代谢产物研究中心的中国医学科学院药物研究所，堪称知识密集、人才济济，全所300多名科研人员中，有正副研究员100余人，院士5名。尽管人才资源丰厚，但是研究所几年前的日子并不好过，日常运转靠国家提供的有限事业经费，搞研究靠申请到的科研基金，难免捉襟见肘、入不敷出。如今，药物研究所景况大为改观，论财力，成为中国医科院19个研究所中的首富，新药研发步入良性循环。何以出现这样的变化？所长、药理学博士王晓良研究员说，这主要得益于管理机制的改革和创新。
近几年，在内部管理机制改革方面，药物研究所进行了多方位的创新性尝试。
引进企业化运转模式。过去，一种新药的临床前研究往往要做上10年甚至20年。为缩短新药研发周期，1999年，药物研究所投资设立了新药基金，借鉴企业化管理，组织多学科参与新药研发，对研究进度实行量化管理，使科研人员的时间约束感和工作紧迫感大大增强。
建立竞争激励机制。参与新药研制的课题组和个人，都依据承担的任务量和任务完成情况，从新药转让或是销售后企业给予的回报中提取相应报酬。为进一步打破大锅饭、激励竞争，自2001年9月起，该所借鉴高校教授分级的做法，结合业绩，实行科研人员九级岗位津贴制，一级为每月500元，九级为每月5700元，科研人员的收入差距明显拉开。
打造研发产业链。研究所将完成前期研究、具有良好市场开发前景的项目直接转入下属北京协和药厂，进行后期开发；药厂将销售收入的10％以上回报研究所，作为研发费用，形成研究、开发、生产、销售一条龙的研发产业链。
管理机制创新带来一系列良好效应：
科研人员观念转变。以前，多数科研人员只注重理论研究；现在，他们开始关注市场，根据市场需求调整研究方向、选择研究项目。
经济实力壮大。药厂销售收入逐年上升，2001年突破1亿元，返回研究所的研发经费增至每年1000多万元；通过向国内外企业转让科研成果，研究所每年获得数千万元回报；购置了许多先进科研设备，其中包括几十万美元的大型分析测试仪。
吸引来优秀人才。近几年，在老一代科研人员大量退休的情况下，研究所凭借自身优势引进一大批优秀年轻人才，目前全所40多个课题组，几乎都由中青年骨干担纲。
新药研发提速。该所研发的百赛诺（双环醇片）已在15个国家和地区获得药品发明专利保护，并于2001年上市，成为我国第一个拥有自主知识产权并在国际上享有专利权的治疗肝炎新药；有三种新药正在申请国际专利；全所每年都有十多项新药研究成果实现技术转让。
王晓良所长为药物研究所确定的“十五”发展目标是：成为真正代表国家实力、与国际接轨的大型创新药研发机构。
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