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我科学家独立完成第四号染色体精确测序

2002-11-22 来源:光明日报 记者 谢军 我有话说

本报上海11月21日电 科技部、中国科学院、上海市人民政府今天在此间联合宣布:中国大陆科学家完成了所承担的国际水稻基因组计划第四号染色体精确测序任务,对国际水稻基因组计划测序工作的贡献率达10%。这是我国迄今为止完成的最大的基因组单条染色体的精确测序,研究论文发表在今日出版的英国《自然》杂志上。这标志着我国在大基因组测序方面已经具备构建完成图的绘制能力,成为基因组学研究强国之一。

测序专家工作组组长、中科院国家基因研究中心主任韩斌博士等人,采用克隆步移法完成了对水稻粳稻基因组第四号染色体全长序列的精确测定,拼接后总长为3500万碱基对,精确度为99.99%,覆盖染色体全长序列98%(仅留下7个小的空洞),达到了国际公认的基因组测序完成图的标准。他们据此在《自然》杂志上发表了题为《水稻基因组第四号染色体序列及分析》论文。

我国科学家同时还对水稻第四号染色体进行了结构和功能分析,鉴定了4658个基因,并注释在染色体的准确位置上,为进一步鉴定这些基因的功能奠定了基础;完整地测定了水稻第4号染色体的着丝粒的序列,这是迄今首次完成的高等植物乃至整个高等生物的染色体着丝粒序列,为研究着丝粒的功能、染色体的稳定性和染色体的复制提供了必要的结构基础,也为开发可转化的“人工水稻或植物染色体”提供了基础;发现并鉴定了一些重复序列在染色体上的特异分布规律及与基因的位置关系;鉴定了第4号染色体上基因簇的分布,预测了基因与基因之间潜在的协同关系。

据韩斌博士介绍,今年初,他们与日本同行一起,率先完成了水稻单条染色体的测序工作,并同时向英国《自然》杂志投递了论文。此次《自然》杂志同时发表中国科学家完成的第四号染色体精确测序和日本科学家完成的第一号染色体精确测序结果,对国际基因组研究计划起到了巨大的带动作用。

《自然》杂志审稿人称:“水稻第四号染色体测序的论文和Sasa-ki博士等人完成的水稻一号染色体完整序列的文章,是紧接着水稻基因组草图完成后,水稻基因组测序项目里程碑性的事件”。国际基因组测序计划坚持全部、公开和无限制将测序数据及时递交到公共数据库,这本身就是对科学的很大贡献。

此外,我国科学家还对水稻的另一个亚种籼稻“广陆矮四号”染色体序列进行了测定,首次通过对两个品种连续长度达230万个DNA碱基对相应序列的同源比较,报道了水稻两个主要栽培稻(籼、粳亚种)间在基因组成、顺序及DNA序列水平上的一些异同,揭示了栽培稻之间的一些亲缘和进化关系。《自然》审稿人认为,这是“第一次在整个植物染色体水平上,对两个亚种的基因组成、重复序列分布、单核苷酸多态性(SNPs)及插入和缺失(indels)的差异进行了比较分析。这些数据为将来整个基因组水平上的比较提供了一个良好的示范”。

 

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