近几年来，河海大学党委坚持以邓小平理论为指导，全面贯彻“三个代表”重要思想，进一步深化干部制度改革，拓宽选人用人渠道，建立并逐步完善选贤任能的用人机制。学校加大了校内处级干部公开选拔、竞争上岗的力度，一批坚持党的基本路线，德才兼备、群众公认、政绩突出的干部进入中层领导班子，增强了领导班子的凝聚力、工作活力，逐步形成了一支高素质的干部队伍，为将学校办成高水平的特色大学，为深化教育改革培养创新人才提供了坚强的组织保证。
多年来，河海大学党委坚持聘任制、选任制、公开选拔、竞争上岗以及民主推荐相结合的原则，做到多渠道选拔任用干部。1996年学校在选任干部的基础上，就拿出保卫处、学生处等7个副职岗位在全校范围内进行处级干部的竞争上岗。2000年校内管理机构改革过程中，对全校行政处级干部岗位，实行校内公开选拔、竞争上岗为主的聘任方式，共收到民主推荐表395份，自荐表206份，干部的责任意识、竞争意识明显提高。
在公开选拔、竞争上岗的实践中，学校坚持程序一步不缺，履行程序一着不让，严守程序一点不偏，任职的基本条件和基本程序不破，逐步使之制度化、规范化，使推荐报名、笔试、面试、考察预告、公示等有章可循。
公开选拔、竞争上岗，一些踏踏实实，勤勤恳恳，不事张扬的同志被选拔到了中层领导岗位的同时，也转变了一些同志的认识。一位参加竞聘的同志在面试时说，通过竞聘，迫使自己去考虑积极奉献与体现自身价值，觉得不应等组织挖掘，自己应该扎实工作，积极争取。2000年至今，报名参加校内处级干部公开选拔的有223人次，参加校外副厅（局）级干部和处级干部公开选拔的有38人次，有66人应聘到了处级岗位，其中部分岗位还采用了试用期制，时间为一年。规定试用期满经考核合格后，正式聘用，如不适任，则继续担任试任前同职级的工作。
河海大学在干部推荐、考察、讨论决定中扩大了民主，也就是要过好“三关”：推荐关、考察关、讨论决定关。通过这“三关”，既强化了党内民主，又扩大了广大群众在干部工作中的民主权，使群众有了更多的知情权、参与权、选择权和监督权，使党管干部的领导权和党委讨论干部的任免权建立在有广泛党内外民主和更加牢固的群众基础之上，为学校进一步选好人，用好人提供了保障。
近年来，河海大学坚持从学校事业出发，从大局出发，打破条条框框，不拘一格，克服了在机关里“挑”，在领导身边“选”，在熟面孔中“找”的弊端，大力选拔了一批年轻干部。学校扩大了选人的范围，做到“讲台阶不抠台阶，看资历不唯资历”，适当在任职年限上降低门槛。比如对特别优秀的年轻干部，学校将其聘到副处级岗位，享受科级干部待遇，列入中层干部管理，现已列入中层干部管理的科级干部有10人。
因为干部岗位与职数均有一定的限额，要达到选拔一批年轻干部的目的，必须适时、设法挪出位置，保证年轻干部“选得好，用得上”。河海大学主要做法是：对一些业务型干部，特别是学院的干部，担任了一段行政工作后，再回到教学科研工作岗位上去，让其他年轻同志有锻炼的岗位；安排一些超过一定年龄或健康状况不佳的同志改任非领导职务，列入中层干部管理，对那些一时难以挪出来的岗位，则临时突破岗位职数为年轻干部增设位置，保证其及时上岗锻炼。
河海大学有意识地将一些年轻教师、干部放到艰苦的岗位锻炼培养，压担子，给任务，促使年轻干部迅速成长。近几年，先后有4位教师到西藏工作，近100位教师到水利部珠江水利委员会、太湖流域管理局等水利单位以及宿迁市等地方政府部门挂职，这些同志回校后绝大多数得到了任用，一位同志还被提拔到了副校级岗位工作。同时，学校还逐步实行党务干部和行政业务干部岗位轮换制度，加大了校内中层干部交流的力度，力求建立一支高素质、复合型的干部队伍。
现在，河海大学中层干部的平均年龄44岁，与2000年相比，平均年龄减少了4.3岁，其中40岁以下的占41.23％，35岁以下的中层干部有31人，占中层干部总数的15％，最年轻的中层干部28岁；50岁以上的干部有43人，占20.38％，初步建立了一支充满生机和活力的中层干部队伍。
学校事业的发展，迫切需要提高师资队伍和干部队伍的整体素质，必须解决干部只能上不能下的问题。干部队伍出不去，新人进不来，整体素质就很难提高和优化。上世纪90年代初，河海大学就打破了干部选拔任用的终身制，近几年，又对干部的“出口”进行了一些尝试。在2000年学校干部聘任工作中，为了拓宽干部的出口，学校规定党政管理人员45岁以上同志原则上不再提拔为副处级，55岁以上的男同志、50岁以上的女同志原则上不再晋升为正处；后勤、产业经营服务部门的负责人不再列入中层干部序列，保留原档案工资，实际工资按实体、企业效益情况确定。对极少数接近退休年龄的同志保留原工资待遇不再列入中层干部管理。根据工作需要，聘任少数年龄较大的同志任非领导职务，并严格控制职数。对竞聘未能上岗的原任中层干部按实际工作岗位干部管理。对于业务干部，普遍实行竞聘上岗，比如学院院长、副院长，基本做到了能上能下。在竞聘中，有些中层干部落聘了，有些曾经落聘的中层干部在新岗位招聘中又重新上岗。
干部的能上能下，改善了干部队伍的结构，激发了干部队伍的活力。目前河海大学中层干部中，具有本科以上学位人员占到89.09％，其中硕士45人，博士29人；具有高级职称的人员占67.3％，其中副高91人，正高51人。民主党派的中层干部有9人，女同志有36人，学校干部队伍的年龄、学历、性别结构更趋合理。
在干部工作中，河海大学将“用”与“育”相结合，努力做到干部既要“有本事”，又要“靠得住”。首先，学校多方面提供学习条件，提升中层干部的学历教育。另外每年学校都要举办2期以上中层干部学习班，对干部进行教育培训。在2001年～2003年中层干部校内教育培训计划中，对干部的马克思主义理论、管理知识、现代科学技术、岗位专业知识进行专题培训，并采取撰写学习心得、写理论研究论文、现场操作、面试答辩等考核形式，考核结果记入《河海大学干部培训结业证书》，作为干部年终考核和干部任用的重要依据，没有经过培训或考核不通过的，一般不再聘用或提拔。学校还结合年终考核、民主评议党员、民主生活会、干部述职、任前谈话等机会以及请服刑人员现身说法等主题教育形式，多方面对干部进行教育，要求干部在学习上有新进步，在做人上有新境界，在做事上有新成效，在做官上有新形象。
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