1999年年初，教育部发出了《关于进一步深化普通高等学校考试制度改革的意见》，以“3＋X”为标志的新一轮高考改革开始启动。这一改革彻底打破了建国以来高考文理分科、考试模式单一的传统格局，对传统的高校招生考试制度进行了前所未有的重大调整。2002年，科目设置改革已在全国范围内全面铺开，除港、澳、台外，31个省、市、自治区均实施了“3＋X”改革方案。
对这一改革取得的成绩，长期负责高校招生和教学工作的原南京大学副校长，现任澳门科技大学校长的全国政协委员许敖敖给予了充分肯定。与此同时，他坦言改革过程中也存在不少问题。以江苏为例，考试模式几乎每年都在变。由于高考指挥棒对中学教育起着决定性的导向作用，教材、课程设置、老师、学生都得围着高考转。不断变化的高考科目设置让许多师生感到有些无所适从，加之有的地方对会考重视不够，导致新的偏科现象，从而很难达到素质教育的目的。考试模式的不断变化从某种程度上也给大学的录取工作带来了新困难。不同的大学、不同的专业要选择不同的对口科目，这在实际操作中很难实现，也容易造成“没进大学先分专业”的现象。
“教育部应尽快总结近年来高考改革的成功经验，到2004年提出一个相对稳定、比较科学的方案来。”末了，许校长提出了自己的建议：“语文、数学、外语由全国统一命题考试，政治、历史、地理、物理、化学等课程由各省命题，在高三一年内考完，成绩计入高考总分，在其中占一定的比例。”
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