百年南大，一直是著名学者、科学家的荟萃之地。仅在最近20年，南大就有800多项自然科学研究成果获省部级以上奖励，获奖数目与等级多次名列全国高校第一……“985工程”一期建设使南京大学科学研究工作驶上高速发展的“快车道，一大批具有标志性、突破性的重大科研成果应运而生，基础研究、应用科技、人文社科等各项工作收成一片、硕果累累。
关注重大课题、高精尖课题和前沿课题，是南京大学基础科学研究的优良传统。“985工程”建设中，3年连得3项国家自然科学大奖，两项成果入选“中国高校十大科技进展”，“学术榜”一枝独秀，SCI论文被引用数8年蝉冠。
国家自然科学奖，是对我国自然科学研究成果的权威评价，2000年至2002年3个年度该奖评选中，南大“尿激酶原结构与功能关系的研究”、“KAM理论与极小轨道研究”、“自旋输运和巨磁电阻理论”3项成果连夺二等奖。尤其是前两项成果，在一等奖连年空缺的情况下，实际就是当时自然科学奖的最高奖项。“985工程”建设以来，南大还获得国家科学进步奖、技术发明奖以及省部级奖励50余项。
“离子型声子晶体的光学性质”研究，是在国家重点基础研究规划（“973计划”）首批实施的“光电功能晶体”项目支持下，在声子晶体研究方面取得的一项突破性进展。该成果在国际顶级学术刊物《Science》上发表后，被中科院《2000年科学发展报告》选定为“1999年度中国科学家具有代表性的工作”；同时被国家教育部评为“1999年度中国高校十大科技进展”之首，入选科技部“1999年度中国基础科学研究十大新闻。
“2001年度中国高校十大科技进展”之一的“光学超晶格紫外－绿、蓝－红双波长小型全固态激光器的研制，是一项以具有原创性和自主知识产权的应用研究成果；也是集基础与技术于一身的国际领先水平的成果。在微加工、激光模型成型、激光显示、军事等领域发挥着独特的功效。
2002年，南京大学与国际电讯业巨头摩托罗拉公司合作，在高介质材料研究中取得重大进展。揭示了两种薄膜材料铝酸镧和镧铝氧氮作为下一代金属氧化物半导体场效应管器件栅介质材料的优异性能。这类材料可望使半导体器件特征尺寸缩小到65纳米以下时继续遵从“摩尔定律”，从而生产出更小、更快的芯片。
学术研究是南大的另一重点。“985工程”实施以来，南大总计发表SCI论文2550篇、EI论文710篇。在历次国家公布的、最能体现科学研究综合实力和水平的“学术榜”排行中，南大稳居前三甲。2003年初，美国科学情报研究所每两个月发布一次的资料表明，南大的化学学科、物理学科分别被列为全球大学同类学科第41位和59位。
“985工程”建设，也使南大承担国家和地方经济、社会发展重大课题的能力大大增强，获得的各类科研经费总量连年增长，年增长率达27％，总额4亿余元，2002年一年的科研经费就突破2亿元。几年中，承担国家自然科学基金面上项目195项（其中重大项目11项、重点项目17项），国家杰出青年基金项目24项；3个研究群体获国家创新研究群体科学基金资助；南大学者作为首席科学家牵头承担“973项目”2项，作为“973项目”二级课题负责人承担13项；南大还承担了国家科技攻关各类课题13项，承担“863计划”35项。
在“985工程”的强劲支撑下，南京大学科学研究可持续发展能力得到极大加强，搭建了数个可进行综合性基础科学研究的平台。除原有的7个国家重点实验室外，南大还新增了3个教育部重点实验室，南大固体微结构物理实验室被评为国家重点实验室数理学部第一。
南大十分注重科技成果的转化及高新技术产业化，努力以一流的科研成果为基础，设立应用开发基金、预研基金等多种形式，力促产学研相结合。3年中，南大在电子信息、生物工程、环境工程、新材料、精细化工等五大领域形成了研发和产业化优势，每年签定几百项科技合作协议，横向科研经费总额达2亿元多人民币。
——2001年4月由江苏省政府和南大共同创立的苏富特公司在香港创业板成功上市，成为江苏高校第一家上市公司、江苏软件业的第一家上市公司，同时还是江苏第一家在境外上市的公司。
——南大与南京市鼓楼区政府共建南大——鼓楼高校科技园，这是一个集科研、开发、孵化、技术贸易和科技成果产业化为一体的开放型高新技术园区。2001年4月被科技部、教育部认定为首批国家级大学科技园之一。至今该园区已经拥有企业197家，开发自主知识产权产品150余个，销售收入达13.1亿元。
——2001年国家科技进步二等奖项目、科技部“科技成果重点推广计划指南项目”——“树脂吸附法处理有毒有机化工废水及其资源化研究”，以技术入股方式组建了江苏南大戈德环保科技有限公司，成为江苏环保产业的新军。
——首次将发明专利技术“降低卷烟烟雾中亚硝胺含量的添加剂”成功转让云南红塔烟草集团，目前正在实施产业化。
——以国家“863计划”新材料MO源研究开发中心的4项新成果为转让合作项目，与苏州工业园区合作成立“南大光电材料股份有限公司”。
——组建江苏省纳米科技研究与应用开发中心，基地设址无锡高新技术开发区，为纳米技术的研发提供了中试平台。
——瞄准海洋生物资源，组建“南大黄河药物研究所”。
——组建江苏南大表面与界面化学工程技术研究中心、江苏凹土工程研究中心，成立南大分离工程研究中心、南大光通讯工程研究中心等数十个研究中心。
“985工程”建设还紧密了南京大学与地方政府的合作，南大先后与南通市、泰州市、徐州市、马鞍山市等建立了全面的合作关系，一批科技成果已在各地安家落户，开花结果。
南大以地质工程、环境科学、电子工程等为代表的工程技术学科，主动参与江苏地方经济建设，在南京地铁、润扬公路大桥、苏通大桥等重点工程中，做出突出贡献。
以南大哲学社会科学专家为中坚力量的“江苏发展研究院”，自创立以来充分发挥高校的智力优势，承担了多项江苏经济、文化、社会发展的重大软科学课题，日益成为江苏省委、省政府经济社会决策的“智囊团”和“思想库”。该研究院主办的“江苏发展高层论坛”至今已成功举办15次，江苏省委三任书记陈焕友、回良玉、李源潮每次都以普通代表的身份与会，与专家学者、政府官员和企业界人士共商发展大计。
“985工程”建设中，南京大学文科建设“以代表中国先进文化的研究领域为主攻方向，以当代国际问题研究、当代中国发展问题研究、中华传统文化研究为重点，精心组织有重大理论价值和实践课题的研究”，取得了一批标志性的重大科研成果。
3年中，南大文科各个院系共获得国家哲学社会科学研究基金项目33项，教育部重大招标课题18项，江苏省社科课题及其他横向课题数百项。南大“中国现代文学研究中心”、“中华民国史研究中心”、“长江三角洲经济社会发展研究中心”等入选教育部百所人文社会科学研究基地，“国家信息资源管理南京研究基地”获批为国家信息产业部基地。
在承担重大科研项目的同时，一些长期性项目取得了重要的阶段性成果。被海内外学术界誉为世纪之交“规模最大的中国传统思想文化研究工程”、由已故名誉校长匡亚明教授主持的教育部专项研究课题“中国思想家评传丛书”现已出版150部，约3000万字。丛书精心梳理研究中国历史上“从孔夫子到孙中山”的200位思想家和思想精华。
《全清词》是1982年国务院确定的国家级大型古籍整理项目。“985建设”期间完成的《全清词》“顺康卷”计20册，1000万字，收录词家2105人，词作53400余篇，是继《全唐五代词》、《全金元词》等之后一部最大的断代总集。
南大与商务印书馆合作的重点研究项目《综合英汉大辞典》，现已完成阶段性成果“NULEXID双语词典语料库系统”。该系统充分利用联通广域网络和局域网络，扩展了操作平台和编纂环境，为词典编纂、语料查询、语言学数据统计、现代英语研究等多项工作增添利器。
1997年南京大学在全国率先提出了研制“中文社会科学引文索引”（英文缩写为“CSSCI”）的计划，“985建设”中正式实施，教育部将“CSSCI”列为重大研究项目，并将之确定为教育部评奖和评审项目的依据。
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