在创建世界高水平大学过程中，南京大学利用“985工程”建设的契机，视人才培养为学校各项工作中的重中之重。近几年，南大推出一系列教学改革新举措，改变传统的教学模式，逐步形成了“融业务培养与素质教育为一体，融知识传授与能力培养为一体，融教学与科研为一体”的全新的人才培养模式。
厚实的基础理论和广博的知识面，是构建创新人才素质的基石。
1989年，南大率先创建了基础学科教学强化部，作纵向贯通研究生、本科生教育，横向打通学科分界的尝试：本科4年，一年级开设大文科、大理科两大类基础课；第二年按照人文、化生、数理和地学四大学科群组织教学；到了三年级按13个一级学科进行专业教学；第四年在导师带领下进入系统科研训练。许多学生在本硕阶段就在国内外核心刊物发表学术论文。据统计，化学化工学院近3年内本科生在读期间正式发表论文347篇，强化部学生近年在本硕阶段共发表SCI论文165篇，其中61篇为第一作者。这种纵横贯通的方式为学生打下了厚实的基础，有的学生虽然在开始成绩并不突出，但厚实的基础使得他在以后的研究和工作中后劲很足。如91级的唐睿同学，本科时发表的论文虽然不多，但由于这种纵横打通的学习方式给他打下了扎实的基础，所以后来他仅花了3年的时间就获得了硕士、博士学位，并发表了12篇SCI论文，其中4篇还在英国皇家化学会志上发表。目前，这种纵横打通、文理兼顾的教学经验已在全校推广。
这种方式除了让学生打下扎实的基础外，还给学生创造了许多自主选择学习研究方向的机会。南大鼓励学生跨学科、跨专业选课，学生在几年的学习过程中能够有多次自主选择学科领域、专业方向、专业导师的机会，充分激发了学生的创造力和潜能。中文系95级张晖同学本科三年级时撰写了学年论文《龙榆生先生年谱》，20多万字，融合了史学、年代学、考据学、词学等多方面知识，2001年该书由上海学林出版社出版。北大著名学者吴小如教授给予了很高的评价。他说：“以这部年谱的功力而言，我看即使其他名牌大学的博士论文也未必能达到这个水平。”南大基础教育学院近年来一直坚持在校庆周举行基础学科论坛，鼓励基础学院的学生跨学科跨专业写作，并在作者与作者之间、作者与读者之间实行开放式的交流和讨论。
在南大，这种学科交融式的培养方式并不仅仅局限在本科教育阶段和本校范围之内。学校针对研究生层次较高，研究能力较强的特点，鼓励一些院系和对口的研究所之间采取课程互选、导师互聘的做法。目前，南大拟与其他高校或科研单位进行全面的合作，实行课程互选、学分互认、导师互聘，以实现优势互补、资源共享，为研究生提供更为广阔的发展空间。这一课题，被列为江苏省研究生培养创新工程一类课题。
南大校长蒋树声把学校日益深化的教学改革精辟地概括为四个字：“新、宽、精、活”。他认为这四个字既是目标，又是方法，也是过程，是一个系统工程。对这四个字，他作了这样的阐释：
新：教材内容要新，要有新知识内容，反映新的学科发展趋势。
宽：跨世纪人才的知识基础内容一定要宽、厚，不管是搞科研，还是教书或是做别的，都能够很快地适应，而不是传统的隔行如隔山。
精：宽、厚不是简单地通过增加课时量，增加教材的厚度。宽、厚的实现，必须从过去的课程多、课时多转变为门类少、门类精、课时少。只有课时减下来，教材薄下来，才能达到精的要求，才能使学生有更多自主学习的时间。
活：方法要活，死方法培养不出创造性人才。教学内容和方法的改革，是教学改革的龙头，抓住了，抓好了，就能带动全局。
基于这一指导思想，“名课”建设一直被看作是南大确保教学质量生命线的关键环节。南大按照“重组基础、面向前沿、反映现代、综合交叉”的思路，开展教学内容和课程体系改革。“985工程”启动后，南大集中力量重点创建一批精品课程、核心课程和优秀教材。涌现出21门教育部“基地”名牌课程，38门省级重点课程和优秀课程，13门课被评为江苏省优秀研究生课程，14本教材被教育部列为“面向21世纪课程教材”，还有的教材获得了国家“五个一工程奖”。如卢德馨教授主编的《大学物理学》是我国推向海外的第一部教材，徐士进教授主编的《地球科学》是我国第一部完整意义上的电子教材，获得教育部首届全国高校多媒体教育软件特等奖。
一流的课程、一流的教材，需要有一流的老师。在南大，本科生聆听博导、院士等名师讲课成为平常事。自1993年起，南大就开始每学期选聘近30名博导开设本科基础课和主干课。1994年，又开始在文科学科群基础课教学中试行“首席教授制”，由学校聘请10位知名教授，主持并领衔主讲10门文科重点基础课。1999年，南大又在全校设立了89个教学重要岗位，由89位知名教授、博导承担基础课教学任务。
培养高素质、个性化的创新人才是南大人才培养的追求和目标。
南大先后建立了“化学—生物基地”、“数学—计算机”、“艺术工作坊”等7个学生创新工程基地，另外还专门设立学生自主科研项目基金，每年投入160万，挖掘“第二课堂”的潜力，鼓励低年级的学生在专业导师的带领下提早进入“三重”，即重点实验室、重点学科和重点科研项目，为他们将来进一步的研究打下良好的基础。如现为南大副教授的胡柏星老师，他在研究生阶段伊始，就进入重点科研项目“水煤浆添加剂”，1995年他的研究成果获第四届“挑战杯”二等奖，毕业后他将这一研究向应用发展，1999年“水煤浆添加剂”被列为国家科委火炬项目，进入工业化生产，并在一些大型企业广泛应用，直接经济效益近4亿元人民币。
此外，南大注重结合社会的实际需要来推行一系列计划、政策，以造就人才。如制定“南京大学富有创造能力学生培养计划”，设立“南京大学优秀博士学位论文培育基金”、实行“招生、培养、就业”三环相扣联动改革计划等等，鼓励学生把学习与兴趣结合，与前沿课题接轨，与社会需求挂钩。这一做法，硕果频结，外院93级刘欣和97级的蔡力分别获得第一届和第四届世界英语演讲比赛的第一名；在去年举办的第三届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛中南大获两金一银，名列榜首；在第三届“贸仲杯”国际商事模拟仲裁辩论赛中，南大法学院摘得桂冠，并参加在维也纳举办的第十届国际商事模拟仲裁辩论赛；今年，南大有5篇博士论文入选“全国优秀博士学位论文”，名列全国第二。
在强化学生专业素质的同时，南大始终将文化素质教育、心理素质教育、身体素质教育等贯穿于学生的培养过程中。近几年，南大学生在体育竞赛方面取得了优异的成绩：外国语学院学生王海滨为我国赢得釜山亚运会的首枚金牌，前不久又获2003年男子花剑世界杯波恩站的比赛男子个人冠军；新闻系学生孙海涛多次荣获残奥会冠军，并打破世界纪录；女子排球队多次获得大学生排球赛冠军；女子田径队在全国大学生运动会上连续5年获得冠军……在人文素质教育方面，南大通过举办各类文化艺术精品讲座、打造一批精品社团、美化校园环境等方式来为学生营造良好的校园文化氛围。迄今为止，已举办了200多期科学人文艺术讲座，杨振宁、丁肇中、王蒙等一批著名的学者均应邀前来作讲座。南大还为学生开设了200多门文化素质选修课，极大地开拓了学生的视野。
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