自泡沫经济破灭以后，日本的经济发展已无长期规划可言，但有意思的是，作为引导经济发展动力的科技发展却有着明确的长期战略发展规划。
日本正在执行的第二次科学技术基本计划是2001年制定的，为期5年。目标是把日本建成一个“具有国际竞争力和持续发展的国家”，重点是生命科学、信息通信、环境、纳米技术与新材料等四大领域。
生命科学领域：基因研究，包括进一步认识蛋白质的构造和功能、推进基因信息工程研究和基因多型研究；大脑科学研究；生物的发生、分化、再生科学研究；植物科学研究；建立生物资源库研究；食物科学与技术研究；有关癌症的研究；有关免疫、过敏、感染症状的研究；其他相关研究等。
信息通信领域：建立“快速、高度可靠的信息传输系统”，在新的通信系统中引进人类接口技术、开发量子计算机及相关通信设备、开发与通信相关的宇宙技术、纳米技术等。力争实现能与作为下一代网络记录规定IPv6相适应的信息家电终端。
环境领域：包括地球温室效应、臭氧层被破坏、海洋污染、垃圾处理等；利用人造卫星对地球、海洋的观测技术、研究建立循环型社会构造以及公害预防等。
纳米技术及材料领域：纳米技术将成为支撑新世纪科学飞跃的基础，日本将纳米技术及材料研究作为今后科学基础研究的重中之重。
此外，还有能源领域的研究，包括核电、核燃料的循环使用，核废料处理等；新能源的开发与利用研究，包括氢的利用、太阳能电池、生物能源、煤炭与天然气复合发电技术、节能技术等；制造技术领域的研究；社会基础领域研究，含防灾科学、地震研究、航空技术研究等；边缘科学研究，含宇宙开发、海洋开发等。
为保证科学规划的落实，组织方面，在内阁设立综合科学技术会议，由内阁总理担任召集人，内阁官房长官、相关大臣、行政长官和有关专家参加，统管政策制定和协调。该会议下设若干委员会，按不同职能，分别担负确定研究开发重点与课题，分配科研资金和人才调配，协调各个部门合作，对科研成果进行评估等任务。
在资金方面，日本2002年的科研经费为35444亿日元，其中，直接用于科技振兴和相关研究的经费为18529亿日元；在国立大学名下的科研经费为16915亿日元。在已确定的科研经费之外，综合科学技术会议在选定重点科研项目后，可提出额外经费申请，并将其列入下一年度预算。在资金使用上，日本将研究课题分为S、A、B、C4个级别，然后按不同级别，安排科研资金投入的先后顺序。以2003年的研究大纲为例，属S级的有90项，约占整个研究课题的29％。凡属S级者，都是特别重要的研究课题，必须积极落实；属A级的有129项，约占41％。A级项目都是重要研究课题，应切实落实；属B级者有66项，约占21％。属B级者，应努力克服难点，有效落实；属C级者有27项，约占9％。对C级项目，要求对研究内容、计划和落实方法作出修改后落实。
为充分调动各方面的人才、科研资金和技术能力，日本一贯强调在基础科研领域，必须打破行政与行业界限，实现产（产业研究机构）官（政府研究机构）学（以国立大学为主的大学研究机构）三位一体的联合研究体制。
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