三峡工程开始蓄水发电后，库区的水质变化受到广泛关注。近日，国家环保总局三峡库区蓄水期水污染防治现场督察组负责人在接受记者采访时指出，尽管三峡水库蓄水期间水质基本保持良好，无明显变化，但不排除有恶化的可能性。三峡库区及其上游水污染治理任务仍很艰巨，污染防治进程还需快马加鞭。
三峡库区蓄水期间，国家环保总局派出污染防治现场督察组，从三峡大坝坝前区域溯江而上，沿江实时监测蓄水期库区水质变化状况，并现场检查了湖北省和重庆市污水处理厂、垃圾处理场等治污项目建设和运行情况。据督察组介绍，截至2003年3月底，国家已投入近40亿元用于三峡库区城镇生活污水处理厂和垃圾处理场建设，目前大部分项目取得了较大进展，清运出库的固体废物基本得到妥善处理。
尽管三峡库区水污染防治工作取得了较大进展，但是督察组在实地检查中发现，三峡库区及其上游在实施《三峡库区及其上游水污染防治规划》项目方面还存在诸多问题。有些建设项目没有按规划要求完成任务，有些项目本身的设计、选址等不够合理。工业污染源及船舶污染治理进展比较缓慢，目前在库区行驶的几万条船舶，每年排放的3000万吨污水，基本未经处理就直接排入库区。库区生态环境保护滞后，仅重庆市存在的水土流失，每年就有约1.85亿吨泥沙进入库区。另外库区环境监测、管理能力目前还相当薄弱，不能适应三峡水库成库后的形势变化。
随督察组同行的中国环境监测总站的专家们经过实时现场监测发现，目前三峡库区个别区域的水环境质量已出现变化，在坝区，漂浮物、磷等污染物有上升趋势，并发现了已经死亡了的蓝藻。另外库区水质粪大肠杆菌一直严重超标。专家们担心，随着流速减缓，自净能力降低，库区的水环境会发生变化，库区水质存在着恶化可能。
为确保实现《规划》所确定的“到2005年，库区及其上游主要控制断面水质达到国家地表水环境质量Ⅲ类标准；到2010年，主要控制断面水质整体上基本达到国家地表水环境质量Ⅱ类标准”的目标，督察组认为，各地首先应该按《规划》要求，加强对规划项目建设的监督管理，确保项目按期完成，并保证项目完工以后的正常运行，一定要切实削减污染物排放总量。各地要巩固三峡库区清库的成效，要尽快在资金来源、人员配置、设施建设等方面建立长效机制，确保对库区漂浮物和船舶生活污水、生活垃圾的管理。要按规划要求认真完成生态保护任务，如期完成三峡库区及其上游的生态环境建设项目。
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