在我国高等教育大变革的新形势下，学校的定位、发展的重心选择和战略取向的明确十分关键。华东船院认识到：特色就是生命！学院必须抓好自己的品牌专业、精品课程，走特色发展、内涵发展之路，才能增强自己的比较优势和错位发展的竞争实力，真正做到人无我有、人有我优、人弱我强。
2001年以来，华东船院以学科建设为龙头，把省部级重点学科建设、硕士点和博士点建设、师资队伍建设、学科梯队建设作为学校发展的关键，已初步形成了多科性大学的框架。目前，商科包括工商管理等7个本科专业，分属3个一级学科；理科包括信息与计算机科学等7个专业，分属6个一级学科；工科包括船舶与海洋工程等18个专业，分属9个一级学科。
在商科建设方面，学校充分发挥属国内最早开展商科教育学校之一的优势，加大投入，创办了经济与管理学院，使商科的专业数由5个增加到7个（另有3个专业方向），学生数由1607人增加到2866人。同时，积极开展对外合作办学，与美国美中教育机构国际商学院建立了长期合作关系，与澳大利亚拉筹伯大学签订了培养国际商务本科生的合作协议，全面引进国外的优秀教师、教材和先进的教学模式。
在理科建设方面，学校始终坚持注重基础理论教育的办学特色。近几年来，理科专业数增加到7个，学生人数达1335人。同时，积极筹办理学院，成立了理科建设指导委员会，并结合学校实际认真编制理科专业发展规划，做到理工融合，注重应用，相互支撑，共同提升。
在工科建设方面，学校已经形成了专业比较配套的工科学科布局。近两年来，工科专业从14个发展到18个，现有5485名学生。学校进一步加大了投入，着力提高办学水平，注重内涵提高。
目前，学校有两个省级重点学科和四个省部级重点实验室，有1个博士培养点、15个硕士点和2个工程硕士领域，36个本科专业，涵盖工科、商科、理科、人文、管理、农科等六大学科门类，其中工科、商科、理科为主干学科。学校现有在校本科生10443名，研究生288名。到2007年，力争博士点达到2－4个，硕士点达到20－25个，工程硕士领域达到4－6个。
中外许多高校的办学经验证明，任何一所高校都必须有自己办学服务的主要面向。华东船院70年的变迁，可以说都没有离开“船舶”二字，这是因为一代代船院师生员工都拥有解不开的“船舶”情结。近几年来，学校非常注重抓好自己的品牌专业、特色专业，注重创造自己的独特优势，在船舶与海洋工程、轮机工程、热能与动力工程、电子信息工程、焊接技术与工程等专业上加大了投入，并与国内两大船舶集团公司和舰船研究院达成长期合作协议，为中国船舶事业的发展提供更多优秀人才，学院学校每年的毕业生中有60％以上在船舶行业就业。
在船舶情结不断增强的同时，船院人的国防情结也与日俱增，在培养军地两用人才、加快海军现代化建设等方面继续发挥其独特的作用，使船院真正成为中国船舶工业高层次人才和技术力量的依托，成为海军高科技人才培养、海军舰船研究的一支重要力量。2002年3月21日，海军与学校签订了“依托华东船院选拔培养后备军官”协议书，双方协定共同打造人才舰队，明确了6种培养方式：在普高毕业生中招收国防生；从在校生中培养国防生；直接接收毕业生入伍；军地联合培养；推荐本科毕业生报考海军院校研究生；选拔海军干部入船院攻读研究生，华东船院成了江苏省唯一的海军后备军官培养基地。在协议书签订仪式上，海军政委胡彦林中将的一席话给了船院的莘莘学子以极大鼓舞：“我相信，10年之后，我们华东船院学子中一定能出一位将军。”今年，华东船院又直接从地方高考生中招收国防生，为那些既想读大学，又立志献身海军现代化建设事业的同学铺就了一条绿色通道。
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