在“985工程”建设中，南大按照规模适度、内涵发展的办学指导思想，以学科建设为龙头，队伍建设为核心，办学水平和办学效益更上层楼。
一流大学需要一流学科。“学科群”和“学科特区”建设是南大“985工程”建设的亮点之一。
学科群的建设，旨在强化优势学科，带动相关学科，促进学科交叉，形成新的学科生理及其应用学科群，整合南大物理、电子、材料等学科力量，强化了凝聚态物理和理论物理的学科优势，带动了磁学、晶体、低温物理、原子核、表面物理等领域的发展，通过学科的交叉、融合，形成了磁性纳米材料、计算凝聚态物理等新的学科生长点，在原有两个国家重点学科的基础上，生长出两个新的国家重点学科。
通过10个左右“学科群”的建设，在没有合并其他高校的背景下，南大有28个学科入选新一轮国家重点学科评选，名列全国第四。据美国科学信息研究（ISI）2002年的最新统计，南大物理与化学两个学科的科技论文数的国际排名分列第59和41位，进入了国际先进行列。
南大“学科特区”的建设，始于哈佛大学分子医学实验室一次跨国界的“成建制”迁移。华人学者刘建宁教授所在的哈佛大学医学实验室，具有国际一流水准，其研究人员各有建树。1999年12月，一个主动把国外的人才、机制引进来的“学科特区”——分子医学研究所正式挂牌。该所成立后，在有一定政策倾斜的资金投入和按国际惯例运行的灵活机制下，先后承担了国家“十五”科技攻关重点项目、国家自然科学基金和国家杰出青年基金等多项任务。
今年10月，美国麻省理工学院首席教授田刚担纲“南大现代数学研究所”所长。至此，“985工程”建设期间，南大已拥有包括国际地球系统科学研究所、理论与计算化学研究所、模式动物研究所在内的5个学科特区，它们与校内相关国家重点学科、国家重点实验室互为呼应，互为支撑，激活了追赶世界先进水平的学科力量。
一流大学一流学科运行的主体是高素质的师资、一流的人才。以“985工程”为支撑，南大推出了快速凝聚海内外高层次人才和提高师资队伍素质的举措。
今年5月，南大向海内外发出公告：新增149名教授、149名副教授岗位，全部面向海内外公开招聘，今后所增高级职称岗位一律面向国内外公开招聘。此举一出台，421名海内外学者提出申请，其中17位海外学者已加盟南大。
4年来，南大引进教师340人，其中具有博士学位的186人，从国外引进的优秀人才100余人。目前，南大以25名院士、636名教授、510名博导、3名国家级教学名师、4名国家“973”项目首席科学家、25名“长江学者奖励计划”特聘教授、34名“333”工程第一、二层次培养对象、35名“跨世纪人才基金”获得者、59名国家杰出青年基金获得者为主干的教师队伍，已成为中国高校“人才高地”队伍建设中的一个亮点。
值得一提的是，该校人才高地中的学术团队已初露峥嵘。国家自然科学基金会公布的20个“2002年度创新研究群体”资助项目中，南大与清华各中二元，目前南大已拥有“国家创新研究群体”3个。
“985工程”实施以来，南大的科研综合实力、承担国家重点科研项目的能力大大加强，一批具有标志性、突破性的重大成果应运而生。
——从2000年至今，“尿激酶原结构与功能关系的研究”等5项基础原创性成果获国家自然科学二等奖。2003年南大获教育部科技进步奖一等奖8项，与清华并列全国高校第一。
——“离子型声子晶体的光学性质”研究取得突破性进展，被评为1999年度中国高校十大科技进展和中国基础科学研究十大新闻。
——“光学超晶格紫外—绿、蓝—红双波长小型全固态激光器”研究，被评为2001年度中国高校十大科技进展。
4年来，南大直接为企业和地方经济服务的科技项目达1258项。与此同时，“985工程”建设也推助了南大人文社会科学研究的繁荣和发展。
——“985工程”建设期间成立的“长江三角洲经济社会发展研究中心”，中心所属的江苏发展研究院，迄今主办了16次“江苏发展高层论坛”，被誉为地方经济社会发展的思想库。
——被称为20世纪最为浩大的中国传统文化研究工程的《中国思想家评传丛书》，迄今已出版150部，其总结中国优秀传统文化资源之功在海内外引起强烈反响。
4年来，南大承担省部级以上社科基金项目108项，出版文科学术著作913部，获得123项省部级以上奖。其中，《走进马克思》、《中国马克思主义理论的丰碑》两部著作获第13届中国图书奖。
“985工程”建设期间，南大在积极推广基础学科教学强化部人才培养成功经验的基础上，投入700万元建立了7个学生创新工程基地。4年来，化学化工学院的本科生在国内外发表论文400余篇，基础学院本科生发表SCI论文200余篇，其中60多篇为第一作者。强化部有3名本科生被哈佛等校录取，直接攻博，1位文科生在三年级时撰写了20万字的《龙榆生先生年谱》，得到北大吴小如先生的高度评价。计算机系高峰同学获IBM公司全球软件设计大赛优胜奖，是国内高校唯一的获奖者。物理系三年级本科生朱涵在老师的指导下，参与科研实践，已发表8篇论文，其中有4篇SCI论文。近年来，在全国大学生“挑战杯”竞赛、全国创业设计大赛等重要赛事中，南大学子连获佳绩。
目前南大在校研究生8685人，研究生创新能力的培养也壮大了学校的科研力量。南大物理、化学两大学科近年来所发表的论文中有50％左右的第一作者为在读博士生，今年有5篇论文获全国优秀博士论文，名列全国第二。
国际化办学是南大“985工程”建设的努力目标。校长蒋树声认为：面向世界办学是一流大学的必然选择。中国的大学要争取有高度的开放性和足够的国际竞争力，要扩大对外交流，拓展在国际上的发展空间，增强在国际学术界的影响力和知名度，真正立足于国际前沿。
目前，南大已与世界上170个国外大学签订了不同层次的合作协议。继成功开办中美两国最大的教育交流项目——中美文化研究中心后，中美中心的“国际问题研究所”于“985工程”建设期间挂牌，“中德法学研究所”、“中日文化研究中心”等实体也相继成立。
南大还积极“走出去”办学，商学院在新加坡办的MBA班已招收8届学员，继中国文学专业硕士班在新加坡开办后，马来西亚班也于2001年在吉隆坡开办。今年夏天，中美中心第18期学员班又开设在美国的夏威夷大学。南大伸向美洲、欧洲、亚洲等地的办学格局已成为探索中国大学教育国际化的成功范例。
“国际化”的努力提升了该校的国际影响力。去年，在南大百年校庆期间，联合国前秘书长加利、9位诺贝尔奖获得者、30多位海外院士，来南京大学参加了系列学术活动。
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