“一所大学要有朝气”，这是东南大学校长顾冠群院士常说的一句话。这里的“朝气”，对内就是要在学科建设、人才培养、科学研究、队伍建设等方面，不断地涌现出新思维、新方法和新成果；对外就是要成为一个推动经济建设和社会发展的强大“动力源”。令人欣喜地看到，“985工程”实施以来，东南大学到处都呈现出这种蓬蓬勃勃的“朝气”。
学科建设是学校可持续发展的根本，也是直接影响国民经济建设和社会发展的重要因素。东南大学以“985工程”为契机，着眼于从深度和广度两个方面来发展、建设学科。该校坚持“扬优扶强、集成创新”的原则，一方面集中力量发展优势重点学科，创建“发展极—生长点”模式的学科新格局，形成一批标志性成果，建成若干个国内一流、国际有影响的“高峰”学科，强力构筑学校核心竞争力；另一方面，重点支持与国民经济发展密切相关的、理工医结合的新兴交叉学科。
依此思路，东南大学确立了4个“重中之重”学科建设项目，集中力争发展优势重点学科；组建了18个重点学科建设项目，加强学科建设与经济建设的结合；组建了一批新兴交叉学科，培植新的学科增长点。在新一轮国家重点学科评选中，该校10个学科入选；2002年该校有10个学科被评为江苏省重点学科。在传统优势学科建设取得累累硕果的同时，一些新兴交叉学科取得了突破，如“生物医学工程”学科被评为国家级重点学科，该学科的“吴健雄实验室”在2002年度国家重点实验室的评估中被评为全国6个优秀实验室之一。
与此同时，东南大学的学位授权点建设也得到快速发展，一级学科博士点增至15个，二级学科博士点增至59个，硕士点增至129个，博士后科研流动站增至15个。在“2002年中国大学研究生、本科生各专业第一名”评选中，“交通规划与管理”和“道路与铁道工程”研究生专业，以及“交通工程”本科专业的排名列全国同类专业的第一。目前，该校博士点学科已覆盖哲学、文学、理学、工学、医学和管理学六个学科门类，硕士点学科则已覆盖除历史学、农学和军事学以外的所有门类，以理工为特色、工理文管医协调发展的综合性学科结构已经形成。
一流学科需要一流的人才，高水平大学需要高水平的师资。“985工程”的实施，为东南大学师资队伍的建设提供了良好的机遇。该校采用校内培养选拔、校外引进和兼职借聘等多种灵活方式，建设了一支适应学科发展和科技创新的人才队伍。在“985工程”一期中，该校共投入近6000万元，用于高层次人才引进和建设。
启动“人才引进与培养基金”，加大对杰出人才的引进和对校内教师的培养。学校每年引进具有博士学位的教师及紧缺专业部分具有硕士学位的教师150人，专任教师队伍中具有博士学位的教师的比例大幅度提高。同时从有关高校和研究机构及海外聘请知名教授120人，有力地保证了学校高水平教学科研的发展，促进了学校学科建设的发展。
各类人才工程建设得到明显加强。如“院士工程”和“长江学者奖励计划”特聘教授培养计划，学校通过严格考核，遴选在科学研究、工程技术领域做出创造性成就的教授进行重点培养，拨出专款用于他们的学科建设，支持他们早出成果，多出成果。
在引进人才和加强各类人才工程建设的同时，该校还加大了师资培训力度，鼓励教师在职进修，到2003年12月止，全校在职人员在职攻读博士的有300多人；支持教师参加国际交流，2003年有400多人次教师以多种形式到国外学习。
该校特别重视培育“创新团队”，放手支持学科带头人自主地组建学术梯队和工作班子，建设高水平的“国家队”和“集团军”，在科研上形成一股团队合力。东南大学已经形成了若干支具有知识创新和技术攻关能力的精干团队，如该校的建筑土木、电子信息、能源交通、生物医学等学科的中青年学者群，享誉海内外。在国家首次一级学科整体水平评估中，该校电子科学与技术和生物医学工程两个学科的学术团队排名全国第一。
目前东南大学已形成了一支以院士、特聘教授为“领头雁”的结构合理的人才队伍，截至2003年，教师中有两院院士7人，长江学者特聘教授17人，国务院学位委员会委员1人，国务院学位委员会学科评议组成员9人，国家杰出青年基金获得者10人，国家级有突出贡献的中青年专家16人，国家“百千万人才工程”培养对象7人，教育部跨世纪优秀人才12人，江苏省“333工程”培养对象71人，他们在各自的研究领域里成就卓著。仅国家“863”计划一项，东南大学就显示出了卓尔不群的优势。在国家“863”十五计划主题专家评选中，该校有7名年轻专家入选，入选专家数与上海交通大学、哈尔滨工业大学并列全国高校第二。该校还有4位教授当选“863”十五计划专项专家组成员，4位教授当选十五国防科研项目专家组成员。
东南大学科技综合实力是全国高校十强之一，其科研经费位居全国高校前列，多年来稳居江苏高校之首。“985工程”的实施，又为东南大学的科学研究注入了新的活力和生机。该校科研立足创新，瞄准前沿，结出了累累硕果。
该校年度科研经费2000年为1.8亿元，至2002年超3亿元。截至2003年11月底，到校科研经费比去年同期增长28.23％。近三年来，该校申请国家自然科学基金项目由2000年的151项增加到2003年的277项；获资助数也有大幅增加。在“973”项目中，该校2002年获资助项目和资助金额与2000年相比，分别增长200％和331.8％。专利申请数和授权数多年来稳居全国高校前列，2003年该校专利申请已达到181项，其中发明专利135项，实用新型专利46项。2002年该校还被负责国际空间站上惟一大型物理实验（AMS）实验的丁肇中教授相中，成为大陆首家全面参与AMS（02）实验的大学。
在国家“863”计划项目中，东南大学发挥学科和人才优势，承担了信息技术、新材料技术、生物农业技术、先进制造与自动化技术、能源技术、资源环境技术等主题领域的众多研究项目，取得了一批具有世界水平的研究成果，突破并掌握了相关的关键技术，缩短了我国在某些领域同世界先进水平的差距，培育了一批高技术产业生长点。在信息技术领域，东南大学领导我国第三代移动通信（CDMA）系统的研制，该项目被分别列入科技部“863”计划重大产业化项目和信息产业部移动通信专项研究基金重大项目，2002年初通过验收，结束了我国在移动通信技术上受制于人的历史。这一成果被568名院士评为中国2002年度十大科技成果之一。该成果即将进入产业化阶段，将产生巨大的社会和经济效益。目前，该校已进军新一代移动通信系统（后3G）的研究开发；在新材料技术领域，该校承担的“863”计划重大专项34’荫罩式全彩色等离子体显示器（PDP）项目，在理论研究、结构设计优化、制造工艺和驱动系统等方面取得了创新和突破，申请发明专利15项，授权6项，开辟了低成本PDP的技术途径，成为跨国公司和国内大企业争先抢夺的技术。以上两项已成为我国“863”计划标志性成果。在其他技术领域，该校的功能基因组和生物芯片技术、光电子技术、集成电路设计技术、纳米技术、机器人技术、洁净煤技术等研究专项都取得了重要成果。这些项目的研制开发，极大地推动了社会进步和经济建设，推动了东南大学学科的发展，为该校创建知名的高水平大学奠定了坚实基础。
据统计，2002年该校“863”项目立项课题数为29项，共获课题资助经费达5000多万元，在全国高校中位居清华大学、国防科技大学、北京大学、浙江大学之后，排名第五。在国家“863”计划十五周年表彰决定中，东南大学4名专家榜上有名，其中顾冠群院士、尤肖虎教授等两人获得江苏省仅有的2个“863”计划突出贡献奖。
近年来，东南大学科研成果获奖级别逐年提高。2002年该校1项科研成果获得国家科技进步二等奖、1项成果获得国家自然科学二等奖；2003年该校又获得2项国家科技进步二等奖。
东南大学党委书记胡凌云认为，现代大学，只有与社会的发展紧密结合，为国民经济建设提供智力支撑和技术支持，才能真正体现其价值。东南大学要紧紧围绕“政府最关心的、企业最感兴趣的、老百姓最需要的”这三个“最”来开展教育教学和科技创新。
坚持走研究型大学的发展道路，坚持走与区域经济建设和社会发展相结合的建设道路，是新世纪东南大学新的办学方针。在这一方针的指导下，东南大学通过合作共建，促进转化，利用自身的学科优势和一流技术，努力为国民经济建设和江苏省“两个率先”发展战略作贡献。仅列举数例如下：
该校交通学院的“道路交通系统规划的成套技术研究与仿真设备开发”成果，已经在南京、郑州、合肥等30多个城市直接应用，并作为全国“畅通工程”的推广成果在全国600个城市推广，产生了巨大的社会效益和经济效益。
该校材料系“1860MPa级PC钢绞线用小方坯连铸连轧盘条的产业化研究”项目，成功地解决了相关技术难题，形成了具有自主知识产权的成套控制技术。目前，沙钢集团已经采用该技术实现规模化稳定生产，2001年和2002年两年的合计销售收入达7.32亿元，利税达1.81亿元。
该校交通学院、土木学院的“钢桥面环氧沥青混凝土铺装技术及应用”成果，填补了国内空白，达到国际领先水平，并在南京长江二桥工程实践中得到成功应用，仅节省桥梁结构造价就达3000万元。
该校化学化工系为红太阳集团公司研制的“5000吨／年吡啶工业化技术”，去年被列为国家“十五”重点扶持项目和国家重点技术改造项目计划，投资总额1.82亿元。该项目投产后将产生巨大的经济效益，年产值可达2亿元，利税7000万元。
该校机械工程系与南京依维柯汽车股份有限公司进行技术合作，开发出了依维柯26座和30座二款高档新颖客车，投放市场后2001年全年销售额达2亿元。该车型还参与军车招标成功，定货量一次超过2000辆，产值达10亿元。
2000年底，东南大学在南京成功举办了“首届科技成果展示会”，之后，该校又组织了以科技成果巡回展为主题的“大江南北行”活动，数百位专家学者带着他们研发的1000项科技成果，在该校领导的带领下，走遍了江苏省的镇江、苏州、扬州、徐州等13个地级市，签订了大批合作项目，三年来共签订合作意向648个，协议金额达8亿多元，涉及投资30亿元。
东南大学国家大学科技园的建设也取得了优异成绩，截至2003年4月，园内单位总数达93家，总注册资本金达4.3万元。2002年度实现销售收入4.2亿元，净利润3111万元，上缴税收1861万元。园内企业销售收入年均增长率达78.2％，实现利税年均增长率达106.1％，实现了高速增长。此外，还以科技成果作价入股组建13家科技型公司，共计形成总注册资本金价值2.2万元，转化国家“863”计划、“十五”科技攻关等重大技术成果17项，转让价值5956.5万元。在刚刚结束的国家大学科技园评估中，在全国22家国家级大学科技园中名列第八。
复合型、创新人才的培养是高水平大学的重要标志之一。东南大学在“985工程”的支持下，以知识能力素质协调发展，学习实践创新相互促进，教学科研服务紧密结合的思想为指导，改革教学内容、课程体系和教学方法，走出了一条具有东大特色的教书育人之路。
加强专业结构的调整，进行新一轮人才培养方案的修订，突出“宽口径、厚基础”和“强能力、高素质”。自2001年以来，该校新增了15个本科专业，使本科招生专业达55个。2002年，该校启动了省、校级品牌与特色专业建设计划，2003年已有17个专业被评为省级品牌、特色专业建设点。
积极进行教学改革，实现人才培养载体的创新。至2003年10月底，东南大学所承担的教育部“新世纪教改工程”8个项目已全部通过鉴定与验收，研究成果达到了国内领先水平。三年来，该校还承担了24项江苏省“新世纪高等教育教学改革工程”立项研究课题，其中重中之重和重点项目9项。该校承担的6门教育部新世纪网络课程也已经完成，其中《大学物理网络课程》被评为教育部优秀网络课程。“十五”期间将重点建设教材248本，其中国家及部重点教材52本。2001年国家级教学成果奖评选，该校有7项获奖；2002年该校获全国高校优秀教材共8种，2002年获江苏省高校优秀课程（群）14门。
建设科学合理的实践教学平台，注重学生创新意识和创新能力培养。近年来，东南大学的实践教学取得了令人瞩目的成绩，学生的综合素质得到全面提高。2001年捧得第七届“挑战杯”；在2002年第三届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛中获得两项金奖，与清华大学等4所高校金奖数并列第一；在2003年800多所高校参加的“大中华两岸四地高校资讯科技网上大赛”中获得亚军；三年来，该校学生在其他各类国际、国家级竞赛中，获奖人数近500人，其中国际特等奖3人，国际一、二等18人，国家特等奖2人，国家一等奖27人。
可以说“985工程”的实施，为百年名校东南大学创建高水平大学奠定了良好的基础，近三年来，东南大学的各项事业日新月异，突飞猛进，取得了跨越式的发展。新世纪的中国高等教育呈现出千姿百态、千帆竞发的竞争局面，东南大学在未来的发展中将发扬“争创一流、止于至善”的精神，扬帆急进，努力实现本世纪中叶建成世界一流大学的宏伟蓝图。
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