中科院南京地质古生物研究所（以下称南古所）的首任所长是我国著名地质、古生物学家李四光，研究所成立50多年来人才荟萃，如今，这个在职仅100多人的研究所，院士就有7名。1998年8月，南古所成为中科院首批知识创新工程试点单位。创新工程实施以来，南古所进行了建所以来空前的体制机制改革，按照中科院新的办院方针要求，勇攀世界科学高峰，面向国家战略需求。几年来，南古所凝练科技目标，培养创新人才，营造适于知识创新的文化环境，出了一批堪称一流的科研成果，为国家经济建设作出了贡献。
在今年国家自然科学一等奖《澄江动物群与寒武纪大爆发》项目中，南古所陈均远研究员是三位领衔科学家之一。陈均远做出成绩不是偶然的，记者到南古所采访时，发现这里有一批优秀科学家做出了堪称世界一流的科研工作，用所长沙金庚的话说，南古所科研瞄准的是世界一流目标。
——早期生命演化与寒武纪大爆发。陈均远、肖书海、袁训来等近几年连续在国际知名刊物上发表论文，这个项目在国家“九五”攀登专项和“973”项目支持下，已取得一系列国际瞩目的研究成果。
——全球年代地层系统。全球地质年表是全球地质学家的“共同语言”，是研究地球各种物质和生命过程所必须的统一时间框架。南古所经过几代科学家的努力，近年在浙江常山黄泥塘剖面获得了中国第一个“金钉子”（全球界线层剖面和点被地质学家称作“金钉子”），使最新出版的全球地质年表中首次出现以中国地层剖面作为标准的地层单位（二叠系乐平统），在寒武系年代地层研究中取得重要成果。
——重要植物类群的起源与演化。2003年6月，英国《自然》杂志刊登南古所周志炎院士等的研究成果“银杏演化史中一个缺失的链环”。周志炎等在含“热河生物群”地层中发现银杏化石和真正的被子植物（十字中华果），填补了银杏演化历史中一段长达1亿多年的空白历史。
——能源古生物学。古生物学和地层学研究涉及国家资源调查，能源勘探开发。南古所科学家利用自己在这一领域中的专业优势，参加了许多国家的攻关项目研究，特别在生油层和储油层、找煤找矿的确定方面作出了重要贡献，多年来解决了我国能源勘探开发中许多疑难问题，为国家战略需求作出了贡献。
再有，南古所在地史时期生物起源、辐射、绝灭和复苏，古生态学、古地理学和古气候学，分子古生物学等研究中，在“现代古生物学与地层学国家重点实验室”建设和古生物博物馆建设中都取得了重要进展。
南古所近年在国际学术交流方面非常活跃，在学术上的成果得到国际同行广泛认同。由此，近年来由南古所作东道主举办的国际学术会议越来越多，如第十届国际孢粉学大会、第六届国际古生物学大会、第十一届国际轮藻大会、中德国际合作项目双边研讨会、第七届国际寒武系再划分野外现场会、二叠系乐平世地层和事件国际工作组会议等。
仅2003年一年，南古所科研人员参加各种国际学术会议和合作研究的出访人数为94人次；在国际学术会议上作报告的有40多人次。
现在已确定未来几年由南古所主办的国际会议有：第十六届国际石炭、二叠系大会；第十届国际奥陶系和第三届志留系大会；与古脊椎所主办第二届国际生物学大会。
南古所现有40多位科学家在国际学术组织中担任主席、副主席、执委等重要职务。
体制改革、机制创新、分配激励、人才培养等等固然重要，但建立一个科研单位的文化氛围才是更深层次的带有全局性的工作。南古所的创新文化有着自己的传统，由老所长李四光等老一辈科学家树立的严谨求实、勤奋开拓和耐得寂寞、甘愿清贫的优良传统，被南古所人继承。在此基础上，南古所又根据新的时代特点，通过全所人员的认真讨论，确定了所风所训。所风：务实、求真、严谨、创新。所训：求真求实，争创世界一流。提出“脚踏实地、深化改革、协力创新、再攀高峰”的奋斗目标。在全所提倡“管理人员讲正气，科研人员讲学风，支撑人员讲服务”和“用心善良、处事大度、待人大方”的做人准则。这些基础性的文化氛围，营造了一种有利于知识创新的科研环境，这应该是南古所出成果出人才的更深一层原因。
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