以军事斗争准备需求为牵引，有针对性地设置教学内容，是世界各国军队院校普遍遵循的法则。工程兵指挥学院作为培养全军工程兵部队军事指挥人才的主要基地，紧紧抓住教学内容改革这条主线，按照充实新理论、新知识、新技术、新战法等现代化教学要求，逐步建立起了能够反映时代特征、学科学术前沿、科学技术最新发展和
拓展了促进学科专业内容发展的新领地。以工程兵机械化、信息化建设和未来作战需求为牵引，不断拓展学科专业内容发展的新领地、新方向，以解决工程兵部队对指挥人才的培养需求和学院未来持久发展等重大问题，是学院党委一班人的共识。为此，学院着重抓了四件事：一是以军队重点工程建设为龙头，以研究生和工程兵中级指挥教育为重点，进一步拓展了作战工程保障、工程兵战术和作战指挥等优势特色学科的研究领域，在战术与技术的结合上发展了一些新的学科研究方向，在新的高度和起点对学科理论体系进行了重构；二是以工程兵部队建设为切入点，在军事思想学科增加了工程兵机械化、信息化建设理论研究内容，在军事教育训练学科加大了工程兵院校教育理论和部队训练理论的研究力度，在军队政治工作学科加强了对心理战的研究；三是以部队结构调整优化和武器装备发展为依托，从战术和技术两个方面对工程兵的一些传统专业进行了改造，调整了部分专业方向和内涵，并淘汰了一些陈旧落后的专业方向；四是以增强学院的发展潜力为着眼点，积极发展事军装备、军事运筹等新的研究生教育学科，同时筹备开办工程兵各专业指挥与管理、工程兵指挥自动化等新的专业方向。
建立了适应军事斗争准备需要的教学内容新体系。近些年，学院紧紧围绕军事斗争准备需求，采取了一些超常措施，不断加强针对性和使命性教学，使教学内容进一步贴近部队作战任务需要、贴近武器装备发展、贴近部队训练实际、贴近培训对象特点，为工程兵部队培养和输送了一大批急需人才。一是强化了先进军事理论的教学。重点是在中级培训层次进行了新军事变革教学和当代局部战争案例教学，同时进行了“两个根本性转变”教学、党的三代领导核心军事思想系统化教学、高技术条件下人民战争教学、国家安全战略与军事斗争准备教学等。二是强化了专业课教学。即在深入进行基本作战样式教学的基础上，进一步加强具体作战样式的教学。同时，针对高技术局部战争特点和我军实际，在教、学双方广泛开展了相关课题的研究和教学；三是强化了使命性课题的实践性教学。如近两年的中级指挥专业网上演练课题教学，学院就组织了各专业方向的专家在优化演练方案、充实演练内容、改进演练方法和塑造逼真演练环境等方面下了不少功夫。
形成了将最新科研成果转化为教学内容的新机制。学院十分注重学习和借鉴地方高等教育产、学、研相结合的成功经验，坚持科研工作为“打得赢”服务，坚持科研工作为教学服务，不断探索和完善科研成果推广、应用的有效形式和途径，努力做到边研究、边运用、边完善。首先，完善了学院内部成果推广转化机制。重点是协调好机关、系（部）、教研室和教员在成果转化中的关系，疏通转化渠道，使成果转化工作真正落实到了实处。在成果转化过程中，不断将那些已经成熟的科研成果及时地充实到教材和相关的课程（题）教学中，使其尽快转化为教学内容。同时将那些还未定性或争议比较大的学术问题及时充实到讲座课和选修课中，让学员带着问题学习，并参与一些热点、难点问题的研究和解决。其次，强化了学院与部队、兄弟院校和科研院所相结合的成果推广转化机制。学院从需求和效益出发，采取走出走和请进来的方法，不断向友邻单位了解和汲取与学院各专业有关的最新科研动态，并将了解掌握到的最新科研成果及时充实到教学内容中去。目前，该项工作在学院已逐步走向制度化。此外，学院还着眼工程兵机械化、信息化建设需求和部队“科技练兵”的需要，充分发挥自身优势，直接将取得的科研成果面向部队开展服务，积极主动地为工程兵部队建设和军事斗争准备提供强有力的科技支持。
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