从研究的内容来看，无论是自然科学还是社会科学，都分为基础研究和应用研究两大类。因此，哲学社会科学创新体系也应包括两个方面：一是基础研究创新体系，二是应用研究创新体系。应用研究基于基础研究，如果没有基础研究的创新体系，也就没有应用研究的创新体系。因此，基础研究创新体系是建立哲学社会科学创新体系
理论创新是以马克思主义为指导，构建适合研究和分析中国社会与文化的新的理论体系。所谓理论，也就是关于人类社会发展和变迁的具有普遍意义的原理、规律或法则。哲学社会科学理论又可分为两类：一种是宏观的理论，即涵盖人类社会文化各方面的理论，如进化理论、传播理论、功能理论、结构理论等；另一种是微观的理论，即关于某一方面或某一部分的理论，如婚姻家庭理论、人口理论、文明起源理论、国际关系理论等。
观点创新即提出与前人不同的观点。中国的人文学科如史学、文学、语言学较重视新观点的提出。有些历史问题或重大历史事件的考证和新观点的提出同样具有重要的意义，如夏商周断代工程关于武王伐纣日期的确定，为商朝与周朝的断代起到了关键的作用。
方法创新即提出与前人不同的研究方法，并运用于自己的研究中。在西方国家，研究方法多种多样，如结构分析法、功能分析法、统计学分析法等。在中国，王国维的“古史二重证据法”，即文献资料与考古资料相结合进行研究的方法；傅斯年的“语言文字比较的考据法”，即历史学与语言学结合起来进行研究；陈寅恪的诗文互证考据法，即用历史的材料笺证诗文，又从诗文的材料中考订历史的真相；顾颉刚为首的疑古派的所谓“层累地造成的中国古史”的方法等等,这些方法都对当时的史学界起到了重大影响，有些方法至今仍为史学界所继承和发扬。
在三类创新中，理论创新最为重要。没有理论上的创新，就不可能建立具有中国特色的哲学社会科学创新体系。因为：其一，理论具有认识事物本质的功能，理论使知识体系简约化和系统化。根据理论，可以从表象看本质，从特殊性认识普遍性，也可以从普遍性中了解特殊性；其二，理论具有解释或分析的功能，即根据理论对存在或已经发生的事物、现象作出说明，并把研究内容纳入理论模型框架之中；其三，理论具有预测的功能，即根据理论推测某种事物或现象的发展趋势或对尚未发生的事物或现象作出预测；其四，理论具有指导的功能，即具有指导工作或指导研究的功能。
理论创新的意义之重大是不言而喻的。首先，哲学社会科学理论是随着时代的发展而发展的。它与自然科学的原理、法则有所不同，各种自然现象从古至今不会发生太大的变化，而人类社会则是随着时代而不断变迁的。人类已进入信息化时代，一些旧的理论已无法解释日新月异的当代世界，也无法预测瞬息万变的未来世界。因此，以马克思主义为指导，建立具有中国特色的哲学社会科学理论体系，以解释当代千变万化的各种现象和预测未来的世界，是哲学社会科学研究的重要任务之一。
其次，理论是学术思想的最高形式。每一个时代都有其不同的学术思想。在中国历史上，不同的时代都有作为时代性标志的学术思想，如先秦诸子学、两汉经学、魏晋玄学、隋唐佛学、宋明理学、清代汉学等。我们正处在变革的时代，哲学社会科学理应在新世纪创立具有时代标志的学术体系，为中国学术作出新的贡献。
第三，创立新理论，提升中国学术思想的水平，有助于复兴中华文化。学术思想是一个国家或民族文化的精髓，是其最重要的精神财富之一。学术思想是否发达，是衡量一个国家或民族文化是否发达的标志。中国文化在历史上之所以发达，与繁荣的学术思想是分不开的。在世界四大文明古国中，每一种文化均有其发达的学术思想为之奠基，其中尤以中国的学术思想最为发达并绵延不断。梁启超曾说：“学术思想之在一国，犹人之有精神也。而政事、法律、风俗及历史上种种之现象，则其形质也。故欲觇其国文野强弱之程度如何，必于学术思想焉求之。”王国维也说：“无论古今东西，其国民之文化苟达一定程度者，无不有一种之哲学。而所谓哲学家者，亦无不受到国民之尊敬，而国民亦以是为轻重。”并强调：“提倡最高之学术，国家最大之名誉也。”陈寅恪也认为，学术的兴替“实系吾民族精神上生死一大事者”。三位国学大师都把学术提到至高无尚的地位。因此，建立21世纪中国哲学社会科学理论新体系，丰富和发展中国学术思想，不仅是学术界的事情，而且是关系到能否复兴中华文化的大事。
如何进行理论创新？如何构建哲学社会科学创新体系？这是当前迫切需要研究的重大问题。任何科学创新都不可能凭空产生，不可能建立在空中楼阁之上，只有在继承前人的研究成果之上才有可能。建立哲学社会科学创新体系也一样，必须充分吸收国内外哲学社会科学的研究成果，并与当代中国的实践相结合。我国著名科学家、人工合成胰岛素的主要发明人、中国科学院院士邹承鲁谈到自然科学创新与继承的关系时指出：“每进入一个新领域，都必须首先充分掌握本领域前人已经取得的成果，从前人正反两方面结果的基础上前进创新。”牛顿自认为，他之所以看得更远，是因为站在了巨人的肩膀上。自然科学如此，哲学社会科学更是如此。只有在前人的基础上进行深入的探索和研究，才可能有所突破，有所发明，有所创新。
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