目前，对学术期刊学术质量的评价标准，缺乏科学性、规范性、公允性、统一性。这已对学术期刊健康发展、学术研究正常开展构成了或多或少的误导，产生了程度不同的负面影响。
如有的地方主要根据办刊部门的行政级别等非学术因素，将全国学术期刊人为地划分为国家级重点、国家级、省部级、地市级或一级期刊（
时下较流行的主要还是采用文献计量法。其具体指标为：总被引频次，影响因子，即年指标，权威数据库或文摘刊物等的收录数，平均引文率，参考文献量，普赖斯引文指数，信息密度，是否核心期刊，期刊获奖数，论文获奖数，国际论文比，基金论文比，等等。这些数据基本上属于期刊的外在因素、表面现象，并不表明期刊质量的内在因素，不能直接证明其学术价值的高低，充其量也只能作为间接的参考系数，次要的评价指标。而且，在某种意义上说，将影响因子权重看得过大，被引或引文频次过多，超过一定数量，则既易造成重复研究之弊，也不利于促进原创性科研成果的开掘。由此可见，曾由国内几所大学的图书馆等部门，运用文献计量学理论，主要根据期刊的引文率、转载率、文摘率等指标而确定的“核心期刊”，也不能作为判断学术期刊学术水平高低、划分级别的评价依据。而且，确定“核心期刊”的本意是为了揭示学科领域论文分布规模，便于检索或选择馆藏的需要，并非是为了对期刊学术水准给予评价。对此，已有不少人士提出质疑。
根据新闻出版管理部门有关负责人的说明还得知，迄今为止，我国新闻出版管理部门尚未从各类学术期刊的学术水平这一角度制定过标准，这是由于衡量学科众多的学术期刊的学术水准是一件非常复杂、难度非常大的工作，不是新闻出版管理部门可以简单地作出评价的。1992年国家科委、中共中央宣传部、新闻出版署共同发布了《科学技术期刊质量要求》，1995年新闻出版署发布了《社会科学期刊质量管理标准》，这两个文件是新闻出版管理部门从管理的角度对自然科学期刊的5大类、社会科学期刊的7大类期刊进行质量监管的依据。这两个标准中，虽然对学术理论类期刊的业务标准有要求，但都是一些原则性的，不能仅以此作为判断期刊学术水平高低的标准。此外，原国家科委和新闻出版署分别发布的《五大类科技期刊质量要求及评估标准》、《社会科学期刊质量标准及评估办法》，实事求是地说，其中对于学术质量的评估标准也存在着过于粗略笼统、不够全面具体等欠缺。由此可见，现在有些部门在评价学术期刊学术质量时，一味机械地依照这几个文件的抽象原则及相当笼统、粗略的标准要求，也很难说是科学、合理、准确的。
鉴于此，已有不少业内人士在对上述标准提出异议的同时，积极探讨新的评价准则。近几年虽有少量的新评价体系出台，但尚未得到普遍的认同与应有的重视，也尚未真正推广应用，其效果如何更需实践验证。本文认为，对学术期刊学术价值的评价应紧扣三个要素：1、创新性，学术论文应有新观点、新方法、新材料等。其研究应是取得了实质性进展，结论可靠，而非低水平的重复论证；2、实用性，学术论文应能够针对各种尚需解决的理论或现实问题，能在一定程度上提出可解决问题的新方法、新观点、新结论等；3、科学性，学术论文应体现真理性，传承先进文化，杜绝谬误、伪科学等一切非先进文化。抓住了这三个要素，就抓住了问题的实质与关键。相应地，建立科学、合理的新评价指标的依据应为：所刊论文对解决重要理论和实践问题所作出的贡献；被有关决策部门参考采纳；在工作实践中的应用度；对科学文化增殖的体现度；对人们思想观念的影响度；对社会生产发展的干预度；直接或间接所带来的社会效益、经济效益的大小；等等。同时，在研究、制定这些新评价指标时，注意分别设立直接指标、间接指标的多方位评价体系，注重定性与定量评价标准的细化与有机结合，还应考虑时间（发表时段等）与空间（评价机构范围等）方面的制约因素，由此建立科学的评价机制。可以肯定，通过科学、规范、公正、合理的评价标准的正确导向作用，激励机制所形成的积极杠杆效应，将能引导学术期刊的良性发展，促进其学术质量的不断提升。
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