一任命制和聘任制并行，影响聘任制的深化改革和质量。在目前实施的高校聘任制中，专业技术人员及处以下教职工实行聘任制，而校领导班子成员实行的是由上级党组织部门的任命制，这一高校的核心关键部门的成员实际上游离于高校全员聘任制之外，又居于其上。从机制和概念上讲，这种人事制度的矛盾，会导致高校的全员聘任制名不副实。
二在聘任机制和操作过程中，有突出行政系列的作用，漠视或贬低教学及专业技术系列作用的倾向，其结果使高校行政系列客观上成为高校教育事业的主体，而教学及专业技术系列反而成了附属品，颠倒了国家发展高教事业中对高校各系列的客观定位及各类人员的主次关系。
三在分配制度方面，突出官本位。校级领导津贴过高，上级部门对之缺少监督制约。收入向各级行政领导倾斜，专业人员的收入相对过低。这也与聘任制的精神及高校发展的基本要求相悖。
四由于校级领导不实行聘任制，而聘任制又是以行政为主体进行层层操作，这种机制对于以教学科研为中心任务的高校来说，明显带有行政部门和企业的做法，缺少本部门应有的民主气氛，对学术研究自由的环境也带来一定的消极后果。这种体制与国家教育实体的性质矛盾，使有的校领导缺乏自律精神和自知之明，领导形式家长化，其权力私有化，领导班子“衙门化”、官僚化，校长成为国立高校中工作的民营校长或者民营企业主。这种状态是高校事业的腐蚀剂，它可以削弱高校的开拓和进取精神，腐蚀教职工的思想观念，还可以造成一些高校领导层的腐败，绝不能等闲视之。
