1878年，美国基督教会在上海嘉定县南翔镇设立悦来书塾，后分男校（名为华英学堂）、女校（名为文洁女塾）。1901年两校迁到浙江湖州市马军巷，1906年再迁海岛（现湖州十二中所在地域），女校在西侧改称湖郡女塾，1927年更名湖郡女子中学。历经变迁，1998年原址学校更名为湖州十二中。
湖州十二中的校训延用了当年
东吴大学的校训。1927年在东吴大学第一任华人校长杨永清的建议下，采用孙中山先生所题的：“养天地正气法古今完人”为校训，并提出了“德智兼修，中西贯通，救世育贤良”的警世恒言。百年来，虽历经沧桑，东吴师生奋发图强，为民族强盛、国家兴旺作出了不朽的贡献。作为当年的东吴附中、今天的湖州十二中，一百多年来，几万学子出其怀抱，奔赴祖国和世界各地，奉献他们的才华。其中有，中共第一次党代会惟一的工作人员、第一次党代会代表李达的夫人王会梧，上世纪50年代骑自行车环球旅行世界第一人潘德明，著名的生物学专家、遗传学家、中科院院士谈家桢，微生物学家、病毒学家、中科院院士高尚荫，著名的小麦育种与栽培学家、农业与科技发展专家、工程院院士卢良恕，著名昆虫生理运动学家、中科院院士钦俊德，著名固体力学、地球动力学家、中科院院士王仁等，许多名人志士曾在此求学，校友遍及海内外。
孙中山所题校训。
建于1934年的“令源堂”，今“向上楼”。
书香满院。
