作为中国载人航天工程第二步目标的开端，神舟六号飞船有三大历史任务。
第一大任务是继续攻克载人航天的基本技术。
中国载人航天工程在第一阶段里通过发射四艘无人飞船和一艘载人飞船，成功解决和考核了发射、在轨飞行和返回等技术。但载人航天是当今世界技术最复杂、难度最大的巨型航天工程，每一
神舟六号的第二大任务是继续进行空间科学实验。
太空的高真空和微重力环境，是科学实验的宝库，可以进行地面上无法或难以进行的科学实验，生产地面上难以生产的材料、工业产品和药物。
与其他空间科学实验不一样的是，神舟六号上进行的实验将是中国第一次有人参与的空间科学实验。科学实验中，人的作用是任何机器无法取代的，有人参与，就会有更多发现。
神舟六号的第三大任务，则是继续考核和完善工程其他系统的性能。
神舟一号到五号飞行都成功了，但成功并不意味着成熟，每一次飞行都有所完善改进，工程总体及其七大系统就是这样逐渐实现性能优化的。例如，神舟五号飞行中发现的火箭上升段振动较大的问题，又成为第六枚火箭的一个主要改进点。
像前5次飞行一样,神舟六号也具有考核各系统、发现问题从而进一步完善工程性能的作用,这是将来神舟七号、八号成功的基础。
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