事实上，今人对李贽思想的了解并不那么充分，还有许多地方并不十分清楚。譬如人们都晓得李贽是一位怪杰，若要进一步追问他因何成为怪
《李贽思想演变史》在研究方法上有两点新颖之处。以往的论著多是对李贽思想做静态的共时性的分类研究，诸如其心学思想是什么，文学思想如何。而在论述中，只要是李贽的东西便都可以拿来作为证据，不管它是南京北京抑或姚安麻城，不管它是李贽三十岁还是七十岁。许建平教授的新著则是对李贽思想做历史的动态的描述，意在探讨李贽于何时何地，接受何种思想，发生了怎样的变化。论证时，对所用材料的时间、地点必须做出说明，不能将南京的材料说成姚安，也不能把三十岁的话放入七十岁的时段。他这样做的目的在于展示出伊斯兰教、儒学、心学、佛教、老庄思想一步步影响这位思想家的过程，展示出其思想来源、生成动力、流动状态，还一个动态的鲜活的李贽。从而成为迄今为止，第一部研究李贽思想变化过程的思想史著作，也是中国思想家中不多见的个人思想史著作，为“更加科学地研究历史人物，提供了成功的范例”。
二是以史为根基，以论为中心，史论结合。若写哲学家个人的思想史，必须弄清两个事实：作家生平经历事实；传主的著述事实。关于前者，许建平教授花费6年时间搜集资料疏理分辨，写出了近30万言的《李卓吾传》（东方出版社2004年版）；关于后者，著者用很大的精力考辨李贽著述的年代，弄清每篇（部）论著的系年，写出了《李贽著述编年考》。以此为基础，依年阅读，梳理，提炼、分析、论述，展示出李贽思想演变的六大时期十二个阶段。这两种方法，在此前的李贽思想研究中是从未有过的。
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