在第二次鸦片战争中，历经雍正、乾隆、嘉庆、道光、咸丰五朝约150年修建、享誉世界的园林建筑圆明园，于1860年10月遭英法联军抢劫和焚毁，留给中国人的是一片废墟和是否修复的难题。太平天国起义被镇压后的次年即第一次争论发生在同治七年（1868年）平定东西捻军之后。满洲御史德泰在慈禧宠监安德海的授意下，根据内务府库守贵祥的建议，首次奏请修复圆明园。奕等人当即强烈反对，称“前明加饷派饷，以至民怨沸腾，国事不可复问，我列祖列宗屡次引为殷鉴”，德泰所奏“拟按户亩鳞次收捐”的筹款方法更会“动摇邦本”，要求慈禧下令惩治倡言修园者（《清穆宗实录》卷二百四十）。其实，首次修园的真正动力在慈禧，安德海、德泰等不过是迎合主子之意，故此次修园计划虽很快夭折，但慈禧的修园意图已昭然若揭，“上欲行之，下必趋之”，各有盘算的机构或个人便极力促成此事，内务府即为其中之一。
按清制，宫中工程均由内务府会同工部兴造，其中工部营缮司承担施工，内务府营造司负责监修。工部营缮司必须打通内务府这一关节，否则即使材良工巧，营造司在监修时也会投否决票。圆明园被毁后，内务府因可借营造之机行贪污侵吞之私，所以就千方百计地怂恿修复。只是鉴于首次修园奏折夭折，内务府才一度不敢擅动。但当他们发现同治帝“不喜读书，狎近宦竖”时，觉得机会来了――借万人之上的君王之口修园，反对派要阻止就有一定难度。所以，同治“亲政”不久，内务府堂郎中贵宝、文锡和侍读学士王庆祺等便轮番向同治帝进言修园。已经亲政的同治帝自然知道“修理园?，出西朝之意”，且鉴于慈禧“归政”之后并不放权，有时甚至调折亲阅，故也想为慈禧等安排一处游乐之地，以转移其兴趣而少过问政事，于是佯称“自御极以来，未奉两宫皇太后在园居住，于心实有未安”（吴相湘：《晚清宫廷实纪》）。这样，内务府和同治帝联手，在同治十二年（1873年）开启了关于修园的第二次造势，而且是先开工后讨论。
户部侍郎桂清掌管内务府，熟知朝廷财政状况，力陈园不可修，同治帝怒而撤其职，并于同年九月二十八日发布朱谕，称“现当库款支绌之时，若遽照旧修理，动用部储之款，诚恐不敷”，姑先“择要兴修”，款项则由“王公以下京外大小官员量力报效”（吴相湘：《晚清宫廷实纪》）。慈禧亦对修园表现出相当的热情，甚至亲自绘制工程图纸。朱谕一发，群臣纷纷表示反对，意见主要是：1、当时内忧外患迭现，国家财政紧张，并非太平享乐之时；2、自修园以来，同治帝时常临视工程，学业、朝政渐有松弛迹象。但由于同治帝一意主修，恭亲王奕也被迫转向支持，率先报效了二万两工银。按照慈禧重修圆明园的设想和计划，至少“非一两千万莫办”，（李宗侗、刘凤翰：《李鸿藻先生年谱》，上册，第206、212页），而直到同治十三年四月二日，即修园上谕发布半年之后，总捐款数还不足30万两，因而报捐的钱犹如杯水车薪，给修园工程出了一道难题。
在料款俱缺的情况下，内务府官员病急乱投医，对一位提出报效价值30万两木材资助修园的候补知府李光昭不详查底细，奏请朝廷予以重任，结果酿成一起巨大的诈骗案。李光昭手中并无木材，为赚取报销银两，打着“奉旨采办”的旗号，私刻衔章“奉旨采运圆明园木值李”，先后到四川、两湖等地招摇撞骗不成，便南走香港购买洋木，与法商议定木材价值为洋银五万四千余元，而在内务府报销时谎称值银三十余万两，后来又拿不出银子支付法商，“与洋人结讼”。经李鸿章查实，李光昭诈骗案曝光，上至同治帝下至群臣皆惊愕不已。恭亲王奕、醇亲王奕及其他御前大臣、军机大臣共10余人遂借此机会，联衔上折，从内外时艰出发，力陈停修。同治帝只得同意停止园工，然又称此事本“为承太后欢，故不敢自擅，允为转奏”（陈义杰点校：《翁同?日记》，中华书局1989年版，第2册，第1060页）。清议派领袖李鸿藻立即直陈慈禧；同时，御史陈彝、孙凤翔也先后上折，参奏内务府大臣及司员在李光昭案件中应负责任。慈禧、同治帝均觉得停止园工是大势所趋，但仍心有不甘，终以“改修三海”为条件，停止修复圆明园。
三海即慈禧归政后颐养之地南海、中海、北海。中法战争结束后的1885年6月，慈禧即发布懿旨勘修三海。据统计，从光绪十一年（1885年）四月起至光绪二十一年（1895年）四月止的十年中，整个三海大修工程的经费总额约为600万两，其中从海军衙门经费中挪用436.5万两（叶志和、唐益年：《光绪朝三海工程与北洋海军》，《历史档案》，1986年第1期）。
除兴修三海之外，还有修缮颐和园工程，颐和园原名清漪园，与圆明园同时被毁。光绪十四年二月初一日，以光绪帝的名义发布上谕，改清漪园为颐和园，取“颐养冲和”之意，并下令“殿宇一切，亦量加葺治，以备慈舆临幸”（《清德宗实录》卷二五二）。问题是钱从何来？这时，由于主张节用的恭亲王奕遭罢黜，而一味迎合慈禧的醇亲王奕开始操持大权，奕掌控的海军衙门就成了慈禧的新内务府。此时奕不仅同意挪用军费，还授意李鸿章以海军衙门筹款以备急需的名义，分别向两江、两广、湖广、四川、江苏等地督抚勒捐，共计银两260万两，得息40万两，同时海军衙门收到各省的海防捐银157.8万两，这些钱都用到了修园工程上。更为严重的是，奕还挪用海军经费正款修园，从1888年开始至1894年七年间，每年挪用30万两，共210万两。至于慈禧到底挪用了多少海军经费，众说不一。有人说3000万两，有的说2000万两，有的说8000万两。因颐和园工程档案已被销毁，准确数字很难求得，但款额甚巨则是事实。而且，为修颐和园和筹办慈禧六十大寿，在光绪十四年（1888年）北洋水师正式成军之后，清政府就停止海军新购军舰和更新设备。据统计，北洋海军的7艘主力战舰的购置费为778万两，这样算来，颐和园工程和三海工程总共挪用的海军经费大概可建好几支北洋舰队，数字确实惊人。
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