在海关知识产权保护工作中，南京海关发现存在着五大难点问题，影响了海关对侵权案件的查获和处理，具体表现包括：
一是企业对知识产权申报存在理解误区。主要是：部分企业认为应该向海关申报的知识产权仅限于企业的自有品牌，对国外客户指定贴牌加工所使用的品牌不用向海关申报也不涉及侵权问题；部分企业
二是知识产权备案内容变更不及时，影响海关知识产权保护工作。
三是外贸公司不负责任造成侵权行为发生，但事后往往宣称不知情，海关举证困难。
四是侵权货物查获存在难点。由于出口货物多为免税，通关速度快，侵权商品制造厂家分布较广，难以查处，海关较难发现真正的制假者。
五是权利人对海关查获知识产权案件消极配合甚至不配合。有的权利人对海关知识产权保护的重要性认识不到位，存在着多一事不如少一事的心理。
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