大革命失败后,朱克靖和朱德等一同争取第三军官兵参加南昌起义。南昌起义后,任第九军党代表。在起义部队南下失败后,朱克靖同党组织失去联系,先后在北京,天津、桂林、南昌等地坚持革命活动。
1937年冬,朱克靖恢复了党的组织关系。1938年1月,被任命为新四军政治部顾问兼直属战地服务团团长,负责宣传、民运工作。1940年春,朱克靖被任命为新四军联络部部长,负责统战工作。7月,受陈毅之托争取苏北地方实力派李明扬、李长江与新四军合作,使二李保持中立,为新四军攻占黄桥、打乱国民党顽固派的进攻部署、建立苏皖抗日根据地作出了重要贡献。
1941年至1944年,朱克靖先后担任苏北参议会副议长,苏中三分区行政专员公署专员。1944年12月底,随粟裕率领的新四军由苏中渡江南下,任苏浙行政公署主任。1945年冬,随新四军北上山东。1946年1月,任新四军兼山东军区秘书长、联络部部长,策动国民党淮海绥靖公署长官郝鹏举率部起义。郝鹏举部被改编为我华中民主联军后,朱克靖被任命为该部政治委员,领导对这支部队的改编和民主改造。
全国内战爆发后,郝鹏举于1947年1月率部叛变革命,朱克靖被叛军逮捕,并被押往南京。国民党反动当局对朱克靖软硬兼施,劝降利诱,严刑拷打,均遭到他的坚决拒绝。1947年10月,朱克靖被国民党反动当局秘密杀害于南京郊外。(新华社北京2月28日电)