吉林省农科院在1999-2005年间，通过“一院两体”改革，大力创建东北创新中心。
1998年中央农村工作会议明确指出我国农业已经进入了新的发展阶段，一是农业发展目标发生了变化，农业已由过去长期追求产量增加转向注重质量效益；二是农产品供求关系发生了变化，已由过去长时间的卖方市场转入买方市场；三是
吉林农科院在重组科研机构时，大幅度调整科研方向，突出加强了优质农畜产品高产技术研究；突出加强了拓宽农业研究领域、延长产业链，增加技术附加值的研究；突出加强了环境、资源及农业可持续研究领域。同时，注重现代对农业和“三农”服务技术研究，加强信息服务能力建设。经过重组调整，撤销了5个研究所，改组了5个研究所（中心）和1个分院。研究所由原来15个减少到11个，即农业环境与资源研究中心、大豆研究中心、生物技术研究中心、农业经济与信息服务中心、农产品加工研究中心、畜牧分院、玉米研究所、水稻研究所、植物保护研究所、作物研究所、果树研究所。同时进行了人员分流，编制减少30%。
从2003年开始，新组建的研究所改变过去以身份管理为基本内容的用人制度，全院取消干部、工人的界定，实施技术职称评聘分离，实行岗位管理，部门职能也作了较大调整。将全院岗位确定为三类：即创新岗、管理岗和工勤岗。确定了岗位待遇、上岗条件。实行全院人员聘任上岗制度。目前，全院有编制1000人，其中创新岗位编制750人，管理岗100人，工勤岗150人。
建立新的科技创新岗位、管理岗位考核评价体系，实行激励机制和末位淘汰制度，能上能下，取消职称、职务终身制。考核不合格，高技术职称人员可以低聘，对有能力、有水平人员，低职可以高聘，并实行动态管理。营造适宜科技创新的环境和氛围，确保科技人员有用武之地，无后顾之忧。
在分配制度上，科研创新岗实行“三级九等”新的级别分配制度，即一级、二级、三级研究员，一级、二级、三级副研究员，一级、二级、三级助理研究员。完全实行评聘分开，未聘、解聘不享受岗位薪酬。管理人员实行职员制，即二至六级职员。工勤人员按技术级别享受岗位薪酬待遇。三类人员实行有岗有薪，无岗无薪的管理办法。
同时，加大对科研一线的支持力度，主要是大幅度提高科研人员工资待遇，一级研究员（一级专家）年薪10万元。品种技术转让后可按规定比例提成。如一位育种专家2004年一个品种转让后就提成45万元。加大投入，确保科技人员从事科研的时间和精力，确保科技人员从事科技创新活动不受影响。
2004年3月，吉林省人民政府与中国农业科学院签署协议，依托吉林农科院共建中国农业科技东北创新中心（简称“东北创新中心”），为建设国家农业科技创新体系进行积极探索。这一中心定位于东北，是东北科技创新体系的核心，是国家农业科技创新体系的重要组成部分。东北创新中心要紧紧围绕“创新”实现多种功能：科技资源整合与聚集；良种及优质农产品供给；农业技术的集成；技术推广与产业化示范；会展博览及市场交易；多渠道、全方位信息服务；多层次的科技人才培训；品质检测和环境监控。目前，这一中心正在加紧建设中。
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