“十五”期间，按照1999年中共中央、国务院《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》的要求，以推进技术开发类科研机构向企业化转制为突破口,科研机构管理体制改革工作全面展开，经过五年多的努力，科研机构管理体制改革取得重要突破，为新时期推进建设中国特色国家创新体系奠定了坚实的基础。
按照中央和国务院的要求，从1999年开始应用开发类院所实施企业化转制改革，到2002年前后，中央级370多家、地方近800多家应用开发类院所先后完成了企业注册。应用开发类科研机构通过转为科技型企业或进入企业等方式实现企业化转制，从政府部门直属事业单位转变为直接参与市场竞争的企业，从事业单位运行模式转变为企业运行机制，在体制和机制上打破了过去计划经济背景下形成的隶属部门管理、游离于企业之外的局面，从体制和机制上确立了应用开发研究的市场导向，充分运用市场机制促进了技术创新和成果转化。
五年多来转制院所改革与发展的实践表明，中央和国务院做出的这一重大改革决策方向是正确的，实践是成功的。绝大部分院所实现了平稳过渡，呈现出良好的发展势头。主要改革成效体现在以下三个方面：
1、管理体制和运行机制发生了根本转变，进一步确立了技术开发的市场导向。技术开发类科研机构通过转为科技型企业、进入企业集团或转为科技中介等方式实施企业化转制，在体制和机制上从过去政府管理的事业单位转变为独立参与市场竞争的企业法人，科研开发从过去依靠政府给项目转变为主动面向市场找项目，科技评价从过去单纯重成果水平向成果水平与市场效益并重转变。通过几年的努力，大部分转制院所已基本建立起科技型企业的运行制度，据2005年对原中央属263家转制科研机构的调查统计，85%以上的院所建立了企业会计制度和全员劳动合同制度，90%以上的院所加入了企业社会保障体系。在转企的同时推进了改制，以产权多元化和规范法人治理结构为重点加快建立现代企业制度。目前大部分中央级转制院所对下属企业实行了公司制，已有18家转制科研机构的骨干企业成功上市。江苏、浙江、宁夏、重庆、青岛、沈阳、武汉、广州、杭州等地，转制院所全面完成了股份制改造，初步建立起现代企业制度，为科技产业发展注入了极大的活力。
2、技术创新能力持续增强，在行业技术进步继续发挥着骨干作用。转制院所将增强持续创新能力作为在市场竞争中生存和发展的根本，科研经费投入不断增加，创新能力持续增强。据对263家转制院所统计，2004年全年科技投入35.8亿元，比2000年增加了21%。转制院所通过竞争承担国家科技计划项目，在完成国家重大科技创新任务方面发挥着重要作用，2004年获得来自政府的科技经费11亿元，比2000年增长30%。通过面向行业企业开展技术服务，对行业科技进步的辐射带动作用不断增强，2004年获得来自行业企业的科技收入71亿，比2000年增长了60.5%。转制科研机构还从市场收益中拿出一部分资金投入科研开发，2004年自筹投入研发费用7.3亿元，比1999年增长了45%。2004年，263家开发类科研院所的专利申报数增长22.06%，获得专利1150件，比上年增长42.68%，其中发明专利授权数增长57.74%，呈可喜的增长态势。随着用人机制的转变和自我发展能力的增强，科研机构的人才状况逐步好转，特别是近两年引进了很多高层次的科技人才。2004年263家转制院所共引进本科以上人才5750名，另外公开招聘1492人，而同年本科以上人才流出为3242人，人才素质和能力在流动中逐步提升，促进了创新能力的提高。
3、科技产业规模和效益大幅度提高，形成一批具有市场竞争力的科技企业或企业集团。转制前各科研院所也兴办了一些科技产业，但受事业单位体制的制约，科技产业做不大，“小富即安”的现象比较普遍。企业化转制后，通过调整产业结构和规范管理制度，科研院所产业发展速度明显加快，成本管理加强，效益大幅度上升。据统计，2004年263个院所实现总收入450亿元，比2000年增长95%；2004年实现利润31.5亿元，是2000年的2.3倍。中央级转制院所中，2004年有近百家总收入超过1亿元，有近10家转制院所收入超过20亿元。
实践证明，推进开发类院所企业化转制，在体制和机制上促进了科技与经济的紧密结合，有效地增强了技术创新能力，有力地加速了科技成果转化与产业化，也加快了以市场为导向、以企业为主体、产学研结合的技术创新体系建设的进程。
部门属社会公益类科研机构分类改革全面实施，已经进入阶段性验收阶段
国务院农业、林业、水利、气象、卫生、环保、地质、海洋、地震等20个部门所属公益类科研机构有265家，人员总编制近8万。自上世纪80年代以来，社会公益类科研机构开始进行改革探索，但与应用类科研机构相比，公益类科研机构的改革力度较小，机制陈旧、学科结构老化、人员队伍固化等问题仍然比较严重，改革滞后制约了这类机构的创新能力发挥。
为此，自2001年开始，社会公益类科研机构进行了分类改革。改革的基本思路是：一是对主要从事基础性、公益性研究的科研机构，在调整结构、转变机制和优化队伍的基础上，国家财政给予重点投入和稳定支持。二是支持具备条件的科研院所与大学联合或转为其他事业单位，加强联合和优势互补。三是积极支持具有面向市场能力的院所向企业化转制，对该类院所实行保留原有事业费、继续承担国家科研任务、给予税收优惠等扶持政策，鼓励其面向市场从事科技成果转化和推广服务。
到2004年底，20个部门所属科研机构分类改革方案全部批复，改革到位后总体上将形成100个左右的重点公益类院所、1.5万人左右的精干研究队伍。2004年10月14日，中国气象局率先通过科技部、财政部和中央编办组织的科研机构改革阶段性评估验收。之后，水利部、国土资源部、国家林业局、国家测绘局、中国地震局等部门所属科研院所相继完成阶段性改革任务，通过了改革联合验收。社会公益类科研机构改革取得了重要的阶段性成果，从已经通过验收的6个部门所属科研机构看，经过此次改革，在以下4个方面发生了明显的变化：
1、学科和人员结构得到优化。公益类院所学科多年未作调整，陈旧老化问题比较突出。在此次改革中，各院所按照强化国家目标和突出学科优势的原则，加强了重点学科、淘汰落后学科和扶植新兴学科，学科结构大为优化，管理队伍更加精干，科研能力明显提升。据不完全统计，已经通过验收的6个部门所属36个非营利性机构，在此次改革中调整了85个学科方向，新设了一批新兴学科。在组织结构调整上，按照高效、精干原则大幅度压缩职能部门和人员，36个非营利性机构三年来职能处室撤并1/3以上，行政管理人员由2001年的1374人，减少到2003年的604人，仅占非营利性机构总编制的11.5%。科技人才层次明显提高，人才结构日趋合理。目前36个非营利性科研机构聘任上岗的4072个科技人员中，具有硕士以上学历的科研人员1638名，占上岗人员的40.2%，45岁以下中青年科研人员2884名，占上岗人员的70.8%，这两个比例均比改革前提高了30%以上。
2、运行机制更加灵活高效。建立“开放、流动、竞争、协作”的新机制，是此次改革的核心任务。各院所通过改革人事和分配制度，全面推行了全员聘用制，实行按需设岗，按岗聘用，固定岗位和流动岗位相结合，收入分配向骨干岗位倾斜，新的运行机制初具雏形。据统计，在此次改革中，36个院所公开面向社会聘用科研人员达4072名，通过客座人员、访问学者、博士后等方式吸引流动人员1345名，近三年录用博士124名，硕士169名，从海外引进人才161人。新录用人员全部实行了人事代理制度，人事档案关系实行社会化管理，与单位签订聘用合同。改革分配制度后，加大岗位工资比例，适度拉开收入差距，骨干科研人员的收入有了明显提高。科技合作交流水平不断提高。各院所普遍建立了重点实验室、重大仪器设备、资源数据库面向全社会开放和共享机制，改变了过去封闭运行的局面，科研机构对社会的科技服务能力得到增强。
3、科研投入不足的局面有所改观。长期以来，社会公益类科研机构投入严重不足，设施装备老化、短缺的情况比较普遍。此次改革，国家加大了改革的配套投入，将改革后重点院所人均事业费由过去的不足2万元提高到4万元，通过改革验收的院所达到5万元。据统计近4年国家财政累计增加事业费投入达15亿元。改革后通过竞争承担科研经费数量大幅增加。2003年6部门的36个非营利性机构共承担纵向项目经费总额达4.86亿元，比2001年增长了50.4%；承担横向课题经费达3.1亿元，比2001年增长41%。科研基础条件也有较大改善，近三年36个科研机构增加了2.1亿元的科研仪器设备，基本建设经费从2001年的1.7亿元，增加到2003年的2.4亿元。
4、科技创新能力增强，科技产出明显增加。机制转变和投入增加，有力地促进了公益类科研机构创新能力的提高，近几年科技产出数量和质量都有了大幅度的提高。2003年6部门36个非营利性机构申请专利79个，是2001年的2.1倍。2003年在国外主要检索工具收录的杂志发表论文467篇，比2001年增长了67%。2003年在国内核心期刊物发表论文2259篇，比2001年增长33%。在读研究生从2001年的644人，增加到2003年的1056人。取得了一批在国内外有较大影响和应用前景的科研成果。如气科院的数值预报模型、地科院的大陆科学钻探工程、中国水科院的西北地区水资源合理配置研究、南京水科院的海河流域洪水资源安全利用关键技术研究、测绘院的数字城市三维地理空间技术体系等。
一些地方也参照部门属公益类院所的改革要求，结合实际情况，启动了地方公益类院所的改革工作，如宁夏、河北、广东、吉林、河南等地积极探索，取得了较大进展和初步成效。
宁夏农林科学院整体改革基本到位，体制改革中走在了地方农业院所改革的前头。该院的基本思路是整体推进分类改革，其中具有面向市场能力的6个研究所已于2002年整体转制为科技型企业，院作为非营利性科研机构，核定全额拨款编制388人，内设机构不具备独立事业法人资格；其余人员转入科技型企业和后勤企业。经过逐步调整，目前一个精干高效的非营利性科研机构和由其投资参股、控股的若干个科技型企业组成的新的宁夏农林科学院的框架初步形成。改革后的宁夏农科院科研经费较大幅度增长，科研实力有所增强。2003年科研经费1361万元，2004年为2259万元，分别是改革前2000年的2.7倍和4.5倍。近年来已引进、选育经自治区审定的农作物新品种25个。引育的优质专用玉米新品种，推广面积达219.76万亩，占全区玉米种植面积的83.2%，新选育出的大果枸杞新品系0105,鲜果千粒重较宁杞1号高35%，产量提高30%。
吉林农科院以内部调整和重组为重点的综合改革任务基本完成。改革后形成了“一院两体”，即在一个农科院的总体框架下，形成科技创新主体和科技产业化两个主体。两体间通过两条纽带联结：一是资产纽带，省政府授权农科院对其投入企业的国有资产享有出资人权益；二是技术纽带，创新主体向企业提供技术成果，企业将转化收益回报院和相关科技人员。在这一总体思路下，该院将原有的三级管理（院、所、课题组）转变为二级管理（院、课题组），人员按照研究岗、管理岗、工勤岗三类岗位聘用，管理人员大幅减少。“十五”期间全院年均承担各级各类科技项目约220项，其中国家级125项，比“九五”增加30%以上。以吉农公司为首的产业化主体，实行规范的企业化运作，5年来开发玉米新品种60多个，开发水稻品种40多个，豆类品种30多个，累计增产粮食550亿斤。
江苏、浙江、湖南、四川、天津等地农科院在内部分配和用人制度等方面积极推进改革。江苏、浙江等地结合区域特点和发展需求，调整研究领域和重组内部机构，在强化粮食等大宗农作物科技研发的同时，拓展了农业生态、农产品加工、食品安全等研究领域。同时改革用人机制，推进聘用制，改革分配和奖励制度，研发能力和为农服务能力都得到了提升。如浙江省农科院近5年共有64个品种通过国家和省级审定，获专利与品种权22项，每年组织5000多人次到农村基层开展科技咨询。江苏省农科院品种授权从2001年1个增加到2005年的16个。湖南农科院自2000年以来有89个农作物新品种通过省级以上鉴定，6项国家科技奖，居省级农科院前列。四川省农科院“十五”期间培育农作物新品种168个，国家审定品种19个，专利授权25个。浙江、江苏省对农业科技投入也有较大增加，浙江省农科院人均事业费由2000年的2.16万元增加到2005年的5.55万元，科研经费增长了3倍。江苏省农科院人均事业经费由2001年的1.56万元增加到2005年的3.11万元，2005年研究经费为6800万元，比2001年翻了一番。
改革配套政策不断完善，为科研院所改革和发展创造了有利条件
党中央、国务院对深化科技体制改革工作给予高度重视和充分肯定，各有关部门和地方给予了大力支持和紧密配合，在积极推进改革的过程中，不断完善改革配套政策，努力为科研机构顺利实施改革、加快成果转化和高新技术产业发展创造环境。自1999年以来，在国务院的领导下，围绕科研机构向企业化转制和分类改革，科技部与有关部门做了大量的协调工作，先后制定出台了30多个改革配套文件，涉及到经费投入、人事管理、社会保障、资产处置、产权改革以及股权激励等诸多方面，有力地支持了院所的改革与发展。
近几年，随着改革进程的推进，配套政策也不断完善。比如，为妥善解决转制前离退休人员的养老待遇问题，2002年劳动保障部会同科技部等部门制订了相关政策，妥善解决了这一问题。为了促进转制院所加快建立现代企业制度，2003年有关部门在充分调研的基础上出台了深化企业化转制科研机构产权制度改革的指导意见。为了支持转制院所进一步提高创新能力，2005年针对税收优惠接近期满的问题，经过协调明确将税收优惠期限再延长2年，支持转制院所积累资金投入研发条件建设。这些配套政策的制订和出台，不仅保障了改革已经在稳定中顺利推进，而且为转制院所增强创新能力、加快产业化发展创造了有利条件。
“十五”期间科技体制改革已经取得了重大进展，“十一五”时期，按照落实全国科学技术大会精神和《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020）》的要求，新时期深化科技体制改革工作，要以增强自主创新能力、建设创新型国家为目标，以体制机制创新为重点，加快建立中国特色国家创新体系，为增强自主创新能力、促进科技事业的大发展提供体系和制度保障。
围绕提高科技自主创新能力，探索具有中国特色的科技创新之路。我国“十五”期间不断深化科技体制改革，目前已有1200多家应用型科研机构转制为科技型企业。据263个中央部门属转制科研院所统计，2004年科技收入82亿，比2000年增长了55.4%；实现总收入450亿元、产品销售收入317亿元、利润31.5亿元，分别比2000年增长96%、133%和129%。
图为263个转制科研院所的效益状况
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