入秦的第三年,秦孝公即任商鞅为左庶长,命他实行变法。商鞅变法是一场艰巨的斗争,变法还未付诸实践,即遭到甘龙、杜挚等旧贵族的反对,双方展开激烈的辩论。变法的过程中,又遇到了太子师傅唆使太子犯法的故意破坏行为。最终商鞅秉公执法,对太子师傅公子虔、公孙贾分别施以劓刑和黥刑。商鞅相秦十年,“宗室贵戚多怨望者”(《史记・商君列传》)。名士赵良劝商鞅激流勇退,归还孝公赏赐的十五座都邑,到乡野躬耕劳作。赵良还直言不讳地提醒商鞅:你的变法招致积怨太多,四面树敌,“亡可翘足而待”。事实上,商鞅本人对此也很早就有着清醒的认识,并做好了思想准备。商鞅每次外出前,都要“后车十数,从车载甲,多力而骈胁者为骖乘,持矛而操?戟者旁车而趋”,在严密护卫下方才出行。而为了确保变法措施的持续贯彻,商鞅不肯听从赵良的好意,依然坚持同反对变法势力作不屈的斗争,置个人生死于不顾。一心改革的商鞅“法令至行,公平无私,罚不讳强大,赏不私亲近”(《战国策・秦策一》),完全不给自己留退路,这无疑为他后来的人生悲剧埋下伏笔。但是他的努力没有白费,在他生前,即已看到变法所带来的可喜成果,“秦人富强,天子致胙于孝公,诸侯毕贺。”(《史记・商君列传》)
不久,孝公卒,太子立,是为秦惠王。公子虔之徒诬告商鞅谋反,于是惠王下令缉拿商鞅。商鞅被迫逃亡到边境,想投宿馆驿,却被主人以“商君之法,舍人无验者坐之”予以回绝。英雄末路,这位叱咤秦国政坛的风云人物,竟然落得作茧自缚的可悲结局。其后他转而赴魏,魏国不仅拒其入境,还逼迫他返回秦国。无奈之下,商鞅发商、於十五邑兵,连同其私徒属,约七、八万人,北进击韩,图谋到韩国西部去。但是在秦军的进攻下,寡不敌众,兵败被诛于渑池。
为了实现自己的政治理想,商鞅执着地践行变法措施,堪称我国古史上首位获得巨大成功的改革家和一位为改革而献出热血与生命的斗士。与同为卫人的改革家吴起相比,商鞅幸运地遇到了坚决支持他变法的秦孝公,但不幸的是,他和吴起一样结局悲惨,于秦孝公身后遭到政敌的诬陷与杀戮。真正的改革家,常常是坚持公平与正义的斗士,在个人利益与国家命运、社稷前途两难选择的时候,总是大公无私地选择后者,而置个人安危于不顾。正如林则徐所说:“苟利国家生死以,岂因祸福避趋之。”商鞅推行了战国时期最成功的变法运动,但却落得惨遭车裂的下场。这对于商鞅个人来说,当然是十分不幸的;然而对于秦国的发展来说,商鞅苦心经营的变法成果无法抹杀,其身虽死,其法未败,乃至“秦妇人婴儿皆言商君之法”(《战国策・秦策一》)。当秦王政“振长策而御宇内,吞二周而亡诸侯,履至尊而制六合”(《过秦论》语)的时候,商鞅大概也会为此含笑九泉吧。