吐鲁番学的兴起与吐鲁番出土文献紧密相连。吐鲁番出土文献在许多方面的价值不逊于敦煌文献。首先,吐鲁番文献的发掘早于敦煌文献。从1898年开始,俄国探险队在吐鲁番古寺庙遗址劫走古写本经卷,后来,德、英、日等国学者也来此带走了大批汉文和民族文字的写本文书;而敦煌文献的大量发现是在1900年左右;其次,吐鲁番文献的时代上限与下限都超过敦煌文献,绵延的时间更长。在吐鲁番文献中,最早者为吐峪沟寺庙遗址所出写有“元康六年(296年)三月十八日写已”题记的《诸佛要集经》残卷(现藏日本),最晚者是元代的文书,如高昌古城所出《至元十七年(1280年)善斌卖身契》三种。整个盆地所出也以十六国至高昌国和唐前期的文献为主,而敦煌文献中出土的纪年最早的社会文书是《西凉建初十二年(416年)正月敦煌郡敦煌县西宕乡高昌里籍》(现藏伦敦,编号为S.113)。另外,吐鲁番出土文献在内容上比敦煌文献更加丰富多彩,因为它能补充敦煌文献中北朝隋唐世俗文书的不足,同时还为吐鲁番本地保存了连续的档案记录,它在这一方面的价值可能相同于或者高于敦煌文献。
吐鲁番地区早期的居民是车师人。公元317年,汉人张轨在吐鲁番正式设立郡县,行政同中原划一。之后,吐鲁番地区又先后接受过前凉、前秦、后凉、段氏北凉、西凉、沮渠氏北凉、阚爽政权、沮渠氏北凉流亡政权的统治。公元460年,柔然攻灭北凉残余政权,立汉人阚伯周为高昌王,从此进入高昌王国时期。高昌国前后经过九代十王,直到唐朝建立西州,延续至公元8世纪末,一直是由汉族官员在这里进行着有效的治理,因而出现了大批用汉文书写的官私文书。公元840年,回鹘人进入吐鲁番,高昌回鹘自唐代后期创建,以高昌和北庭为活动中心,在东部天山立国400多年,创造了辉煌灿烂的佛教摩尼教回鹘文化。以吐鲁番为代表的西域地区,是人类四大文明即中华文明、印度文明、伊斯兰文明、古希腊罗马文明汇聚的地方。也是世界上古代宗教最为活跃的地方。因而,在吐鲁番出土文书中有大量非汉文文献,包括梵、?卢、粟特、突厥、于阗、龟兹、焉耆、波斯、叙利亚、吐蕃、回鹘、西夏、蒙古等民族的文字与文献。它们同汉文文书一样,是人类不同种类的文明在吐鲁番留下的鲜活见证。
吐鲁番出土文书保留了大量的民间私契、书信、诉状,以及基层官吏、官兵、官府往来的行政、经济、军事文书、案卷、户籍、账簿,还有儒、道、佛以及其他宗教经典,其数量要超过敦煌藏经洞所出同时期的社会世俗文书,因而可以更加生动地再现世俗文化;这些文书大多是千年以前的写本,没有经过后人的改动,真实可信,甚至可以用来校勘传世文献,具有不可估量的学术价值,是千余年来丝绸之路上各族人民留给我们的宝贵文化遗产。