1995年，于丹加盟北京师范大学艺术系（现为艺术与传媒学院），开始从事高校影视教学与研究工作。除了教授影视专业课程之外，作为中国古代文学硕士毕业生，她担任了该系中国古典文学的教学工作，一般在大一下学期为新生开设。
从2000年开始，于丹先后担任中央电视台“百家讲坛”等近50个电视栏目的策划。一
于丹的讲座和根据讲座内容整理而成的图书引起了海内外观众和读者的积极反响。电视讲座在观众的强烈要求下多次重播，根据数据显示，自2006年11月26日上市首发至今，《于丹〈论语〉心得》销售量已达300万册左右。同时，《于丹〈庄子〉心得》首印即达100万册。
于丹多次出席各种活动，激发人们对经典的热爱。2007年年初，于丹将包括《〈论语〉心得》在内的90本图书捐给了设在北京新闻出版局的“带一本好书回家”捐书点，她希望这些图书能够帮助农村的孩子开启未来之路；3月29日，于丹应邀为国家乒乓球队举行了一次讲座，她联系乒乓球比赛的特点和国手们的实际情况，将《论语》中的故事和哲理与队员们在现实生活中遇到的问题融会贯通；4月4日，她来到北京市监狱管理局清河监管分局前进监狱，做了一场题为“发现心灵，道德人生”的讲座，希望服刑人员明白孔子所说的“过而不改是为过”的道理；4月30日，于丹和《明亡清兴六十年》作者阎崇年前往台湾，与读者面对面接触，台湾《联合报》报道开篇第一句是――“台湾读者有福了。”
对于这些，于丹冷静应对：“希望大家能记住我做的事，忘记我这个人，为‘国学热’降降温，因为国学需要的是温暖，而不是火热。”
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