――最早从肝癌组织中分离和鉴定了肝癌高表达基因MXR7/GPC3,在肝癌的基础研究与临床应用上获得突破；
――首次报道在中国肝癌患者中，MXR7基因呈现高水平表达。2005年，MXR7被世界医学界公认为最具应用前景的肝癌早期诊断血清学筛查指标；
――发现了免疫抑制性受体SIRPa和癌蛋白P28在肝癌发生发
――经过8年研究，采用甲胎蛋白+MXR7联合血清检测研究，使肝癌的早期诊断准确率在原来的基础上提高了15%；
――进行的肿瘤磷酸化网络调控的前沿研究，为研究磷酸酶在肿瘤中的负调控机制提供了依据，成果获得2006年度国家自然科学二等奖……
“我要求学生成为全面发展的人”
王红阳始终把打造一流的科研团队作为科研成果的人才支撑。10年来，她从国内外多方引进人才，先后培养了29名硕士、18名博士和博士后，打造了一支年轻的、高素质的人才队伍。
“学生们都很怕我，”王红阳说，“在学术和技术操作方面我对他们要求很严，犯错的男学生也有哭着离开我办公室的。”博士生陈瑶说：“我的每篇论文都被王院士反复修改过，甚至改得面目全非。不过，这还算好的，经常有人被退回重写。”
因为工作忙，王红阳有时不能集中大量的时间指导学生，便利用小讲座、周汇报、定期抽查实验记录的机会，培养学生们的严谨学风和科学思维。她还利用学术交流的机会，经常邀请国内外知名学者给学生讲课。2001年，杨振宁教授兴致勃勃地参观了王红阳的实验室后这样说道：“这是一流的实验室，希望将来能介绍学生到这里做研究。”
王红阳认为，高水平的研究成果离不开一流的团队，而一个团队最不可缺少的就是理解与合作。
在春节或圣诞节到来之前，王红阳会要求中心的每人做一个拿手菜，拿到会议室进行自助式会餐。几十个带着地方特色的菜肴和点心一字排开，场面热闹而壮观。王红阳说，这样能丰富大家单调的生活，让大家加深了解的同时，记住劳动的辛苦和快乐。
每年年底，王红阳的生物信号转导研究中心都会评选出一个“最佳合作奖”，评上的最佳合作者戴大红花，讲获奖感言，并由王红阳亲自宣读颁奖词。她希望大家明白竞争很激烈，合作更重要，并学会多为他人着想、善与别人合作。
除了用心良苦的教育启发，王红阳还对学生倾注着慈母般的爱。
实验的连续性经常让同学们错过吃饭时间。有一次，她看到一个家属来送饭，顿时心生愧疚。第二天，她就开始给学生们订工作餐，还去买了电冰箱、微波炉、洗衣机给大家使用。
鄢和新在攻读硕士学位期间，展现出了在生物信号转导研究方面的特长和才华，爱才的王红阳便想把他留下来。但鄢和新的原单位坚决不同意放人。王红阳一次次做工作，前后用了3年时间，终于把鄢和新“挖”了过来。在这3年里，她用自己并不宽裕的津贴给鄢和新发奖金，直到鄢和新正式调入。之后，王红阳又忙着为鄢和新借住房、调待遇，全力保障鄢和新能够做研究不分心。现在，鄢和新已经成为科室的学术骨干，每年都有高质量的论文发表，并以第二作者获得了国家自然科学二等奖。
这几年，王红阳的学生中有2人入选上海市科技启明星人才计划，1人获上海市“曙光人才”计划资助，2人获“明治乳业生命科学奖”，2人获“谈家桢生命科学奖”。
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