一是处理好竞争性支持与稳定、延续支持的关系。基础研究只有第一，没有第二。科学基金采用的竞争性同行评议机制，是国际上激励创新的通行做法。同时，我们必须看到，基础研究需要长期稳定支持才能厚积薄发。因此，我们要在适度竞争的基础上，对一定的资助对象采取适当的延续、稳定支持模式，鼓励科学家长期执著于一个方向潜心研究、矢志不渝攻克难关，不要花费过多时间撰写申请，应付竞争。日本专家角南笃认为，中国科技发展要创造能够脚踏实地搞研究的氛围，在适度的竞争和适度的稳定感之间找到平衡，这应是我们需要认真考虑的。
二要处理好全面均衡布局与重点部署的关系。全面均衡布局与重点部署的关系，是科学发展中面和点的关系。没有面上的部署，就不会有点上的突破。在国家创新体系总体布局中，科学基金承担了支持学科均衡协调发展的重要职责，这是我们服务创新型国家建设的重要着力点之一。我们在为国家重大科技专项和科技计划实施提供人才和项目储备的同时，还必须从推进基础研究发展的总体要求出发，在前沿领域加强重点部署，坚持有限目标，实行稳定支持，促进集成升华，推动跨越发展。
三要处理好支持非共识创新与依靠专家共识判断的关系。依靠专家的共识判断是科学民主决策的重要途径。但也要注意到，一些原创的思想，有可能经过专家评审系统的层层筛选，其中具有创新思想的锋芒容易被磨掉，从而倾向于支持保守的研究。然而，我们不能因此而否定同行评议的作用，不能因此而否定依靠专家的机制。如果撇开专家，完全靠管理人员来甄别和支持非共识创新，公正性、科学性都会受到科技界质疑。支持非共识创新是世界科技管理的难题，解放思想，就是要知难而进，积极思考创新机制，探索行之有效的措施。
四是处理好营造宽松环境与加强绩效管理与评价的关系。营造宽松环境，鼓励科学家自由探索，特别要宽容失败。基础研究具有探索性，先定的百分之百的成功不符合科学规律。新修订的《中华人民共和国科学技术进步法》提出，承担探索性强、风险高的科学技术研究开发项目的科学技术人员，原始记录证明其已经履行勤勉尽责义务仍不能完成的，要予以宽容。我们要坚持营造宽松环境，宽容创新挫折。同时我们也必须认识到，科学基金是国家财政性经费，从对纳税人负责的要求出发，必须加强绩效管理与评估，提高经费使用的效率和效益。正确处理二者的关系，就是要做到科学评估，充分尊重基础研究的特点和规律，强调针对科学基金管理的整体性评估，淡化针对科学家个人的单一项目评估，实现保障科学家探索自由与履行社会责任的有机统一。
五是处理好管理的共性和个性、普遍性和特殊性的关系。共性寓于个性，个性体现共性，任何事物都是共性与个性的辩证统一。科学管理有普遍、一般的规律，也需要尊重个性，因时、因地制宜。科学基金有统一的资助机制和模式，也应当有根据学科领域特点而有所不同的资助管理方式。解放思想，需要我们开动脑筋，研究科学管理的共性与个性的辩证关系，在尊重个性特点和基础上探讨共性规律，思考和实行适合不同学科领域发展的新模式，从而真正推动我国基础研究事业实现科学发展。
六是处理好依靠委内外专家与规范、约束专家行为的关系。科学基金管理队伍和我们依靠的评审专家队伍总体素质是好的。同时应当看到，我国社会处在转型期，各种不良风气也会从方方面面施加影响，从而增强了职业道德风险。要防范职业道德风险，就必须有明确的规范约束。我们必须首先强调坚持加强自身队伍建设。在这次学习实践活动中，我们设立了职业道德规范研究和文化建设调研课题，目的就是努力实现用法规来管理，用文化来熏陶，用规范来约束。同时，我们在加强宣传教育和引导的同时，也要注重防范评审专家职业道德风险，抓紧制定评审专家管理办法。
面向未来，我国基础研究发展面临的形势是好的，科学基金的责任更加重大，任务更加繁重。我们要紧密团结在以胡锦涛同志为总书记的党中央周围，高举中国特色社会主义伟大旗帜，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻党的十七大和十七届三中全会精神，积极探索，勇于实践，切实开展好深入学习实践科学发展观活动，努力把对科学发展观的认识转化为促进发展的科学思路，转化为管好用好科学基金的机制和措施，转化为推进自主创新的实际能力，为建设创新型国家作出应有的贡献。
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