康熙年间，西方医术陆续传入中国，但未能产生大的影响，因为当时中国崇尚传统的古典医学，距科学研究尚远，不能接受此种科学。当时甚至一些中国学者对西方传教士南怀仁《穷理学书》中的一句话“一切知识记忆不在于心，而在头脑之内”耿耿于怀，表示不可理解。但康熙皇帝却爱好西方医学及解剖学，先后征召传教士乌尔
当时已有不少西洋药物传入中国。康熙曾患疟疾，服西洋金鸡纳霜而愈，这使他对西药愈发感兴趣。据记载：“上（康熙皇帝）留心医理，熟谙药性，曾谕臣等云：……方书所载汤头甚多，若一方可疗一病，何用屡易！西洋有一种树皮名金鸡勒，以治疟疾，一服即愈，只在对症也。”康熙也曾将金鸡纳霜赏赐给臣子医治疟疾。
据图理琛的《异域录》记载，康熙令俄罗斯商人科密萨尔传达俄罗斯朝廷，请其派送外科良医来华。后俄罗斯将瑞典医生兰给（DeLange）荐于中国。兰给于康熙五十四年来京，住留三年后返回俄国。康熙五十八年，兰给又以参赞身份随俄使伊斯迈罗夫东来，留数载。由此可知，康熙时期，除传教士介绍的西方医生外，还有俄罗斯派来的医生。当时康熙帝对西方医学的关注可见一斑。
康熙年间，在西方医术传入中国的同时，中国医术也传到了西方。例如，传教士邓玉函将医学研究不可缺少的重要资料――《本草纲目》译成西文传入西方。中国医术传入西方，当以此书为始。
康熙帝年少时因得天花不死而登帝位，所以对种痘之术特别留意。清初设有查痘章京――管理旗人痘疹及内城居民痘疹迁移的官员，说明当时对痘疹传染已知采取隔离预防的办法。康熙中期又将种痘之术推行到北方各地。康熙晚年回忆这件事时说：“尝记初种痘时，年老人尚以为怪，朕坚意为之，遂全此千万人之生者，岂偶然耶？”由于热心科学的康熙竭力提倡，东北的满族人和草原上的蒙古族人都种上了人痘。俄罗斯知有此医术，特遣人来中国学习，该医术开始传入国外。
1717年，英国驻土耳其公使蒙塔古的夫人在丈夫的驻在国学会了人痘接种术，随后将其带回英国。不久，人痘又从英伦三岛传往欧洲各国。法国哲学家伏尔泰在谈到人痘接种术时曾称赞：“我听说一百年来，中国人就有了这种习惯，这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”
白晋，西方传教士（法国人），1688年初由南怀仁推荐来京，与张诚(法国天主教传教士)一起担任康熙皇帝的侍讲，讲授天文历法、医学、化学、药学等西洋科学知识。资料图片
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