第三军医大学近年坚持“以质量取胜，以特色取胜”的办学思想，大力培养打赢未来局部战争的新型军事医学人才。近3届毕业学员的调查显示，部队满意率达97%。
二十三年的坚守
1986年，面对军队院校调整缩编和学校人才“东南飞”问题，时任三医大校长兼党委书记的程天民院士
瞄准未来布局
据三医大校长王登高介绍，为把“两个取胜”的办学思想落到实处，学校始终瞄准未来战争需要，紧紧扭住学科、师资两个关键进行战略布局。
他们培养适应未来战争需要的军事医学人才。在加强传统烧伤救治学、防原医学、野战外科学等传统军事医学学科建设的基础上，三医大以高新武器损伤特点与救治研究、高新武器生物效应与防治研究以及野战卫生装备研究等领域为重点，调整30多个科室的研究方向和研究重点，创建军事作业医学、高原军事医学、高新武器损伤防护学等19个新学科，形成由36个学科构成的军事医学学科群，建成“创伤、烧伤与复合伤国家重点实验室”、轨道式生物撞击实验室、高新武器生物效应与防护实验室等一批军事医学技术平台，构建了完整的军事医学创新体系。据最新统计，该校70%以上国家军队重点学科和重点实验室都分布在军事医学领域，70%以上领军人才集中在军事医学领域，获取的6个国家科技进步一等奖，70%以上是军事医学科研成果。
他们建设高素质的师资队伍。三医大论证出台个性化人才培养工程，计划用5年时间，培养10名左右的高层次领军人才，50名左右的学科带头人，100名左右的优秀青年苗子。
面向部队教学
为促进学员把学到的知识转化为实际救治能力，三医大建立战创伤救治训练基地、创伤护理示范基地等7个全军唯一的实践训练平台，还通过组织学员开展军事医学综合演习、下连当兵锻炼、社区卫生实践、本科生论坛、第二课堂科研、创新实验设计活动等办法，在理论与实践、院校与部队、军校与社会、军事与专业、平时与战时的“五个结合”中，不断提高学员军事医学知识综合应用能力。据不完全统计，三医大毕业生近年来在部队战备、训练、演习、抢险救灾等非战争重大军事行动中表现突出的有200多人，分别荣立一、二、三等功，被授予“昆仑卫士”等荣誉称号。
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