与许多读书人一样，方孝孺青年时才华横溢，抱负远大，刚刚20岁，就以“明王道、致太平”为己任。这与自古以来士大夫的修身齐家治国平天下的主张是一致的。明太祖朱元璋时，他被授予教授一职，从此，方孝孺踏上了他仕途的风雨不归之路。
朱元璋死后，其孙明惠帝即位。方孝孺迎来了他仕途生涯最辉煌的时刻，他被擢升为“侍讲学士”。有时朝堂议事，惠帝干脆坐在影壁后面，让方孝孺代替他批答各种文件。方孝孺有取之不尽用之不竭的智慧，惠帝把国事几乎全部交给了这位德才兼备的人。不但治国安民上依赖他，连军事上也唯他之马首是瞻。燕王朱棣起兵造反，朝廷方面时而诏抚，时而讨伐，时而割地求和，这些举措，几乎都是他这个书生在远隔万里的京城运筹帷幄的。
很快，人们尝到了他方孝孺种下的果子，当然也包括他自己。在几次他设计的方案都成了马后炮之后，燕王朱棣带兵渡过了长江天险，打进了南京城。这时，有人劝惠帝转移到别的地方躲一躲，方孝孺坚决反对。他说：“一国之君应当以社稷为重，不成功，便成仁，以身殉国是人君的天职”。《明史·方孝孺传》说惠帝这一次也听从了他，燕兵入城，惠帝自焚而死。《明史·惠帝纪》则另有一说，即惠帝从地道里逃走，一路化装成僧人，到过广西、云南等地，最后落脚在江苏吴县鼋山普济寺，做了和尚。
早在燕王朱棣发兵北平之时，就有人向他恳求：您若攻下南京，方孝孺必不肯降，您千万不要杀他。当燕王夺取了皇位，就派人把方孝孺从狱中请来。对他说：“你是文化名人，起草诏告天下我已称帝的诏书，非劳驾你这位大手笔不可。”说完早有人奉上笔墨纸砚，方孝孺把笔摔在地上，大声说：“你这逆臣贼子，休想叫我写什么诏书！”此时此刻，成祖变成了一只发怒的狮子，他早忘记了那个忠告而下令：“杀了这个不开窍的东西！”颇可称道的是，方孝孺临死还慷慨激昂地吟了一首绝命词，可惜他只活了46岁。
对于惠帝的逃走一说，我是宁信其有，不信其无的。云南武定县西南狮子山正续寺有一副楹联：“僧为帝，帝亦为僧。数十载衣钵相传，正觉依然皇觉旧；叔负侄，侄不负叔。八千里芒鞋徒步，狮山更比燕山高。”上联说惠帝之祖父朱元璋先做僧人后做皇帝，惠帝则先做皇帝后做僧人，这也许是造化同他们爷孙开的一个玩笑吧。下联说惠帝这位小辈人连江山都舍得让掉，他是对得起明成祖这位叔父的。
对方孝孺这位靠孔孟学说吃饭，也靠同一学说为精神支柱的一介书生来说，除了杀身成仁，似乎已无路可走了。一直有人以为，方孝孺舍生取义，才留下千古英名；如果他一念之差写了诏书，就会遗臭万年。对此我无法苟同，其一，方孝孺就是写了诏书，看不出有什么直接的损害人民的后果。而他不写，因此被杀的就有数百人之多，连他的学生都跟着倒了霉。相传成祖威胁他说：“不写就灭你九族。”方孝孺说：“灭十族也不写。”成祖就在九族之上，又添上他的学生凑数。其二，方孝孺如果接着为成祖做事，也许算不上失节，因他不是投靠了异族与敌国，就连服务对象的姓氏都没有改变。
那么，方孝孺果真有一副担得起修齐治平的臂膀吗？我看未必。燕王朱棣造反，他方孝孺是有时间、有实力化解的，但他这个导演愣是把大明江山拱手送给了成祖。百无一用是书生，说的也许就是他这样死守规则的读书人。也许方孝孺以为，他的慨然赴死一定会成为后世的样板，是放之四海而皆准的。没想到他的死如同纤尘入水，片雪投汤。更没有想到最该以身殉国的明惠帝却使了个金蝉脱壳，先在宫中放了一把火，然后混出京城，隐姓埋名，苟延残喘。这是不是他方孝孺的悲哀呢？
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