事发后，巴拉望省非法入境委员会向当地法院对这两艘渔船和船上总计38名渔民提出起诉。当时，较早前被扣留的122名中国渔民官司仍未了结，法院决定将两案一并审理。按照菲法律，偷渔罪的量刑为没收渔船和渔获，每艘船科罚金10万美元。中国使馆明确表示尊重菲律宾法律，但呼吁司法机关从快解决，不要久拖不决。同时希望菲方从两国友好关系大局以及人道主义角度出发，妥善处理此次涉外案件。在我方努力下，检察官同意轻判请求。2003年7月17日，法庭判决没收所有渔船及渔获，每条船处罚金10万美元，判渔民每人监禁10个月（当时羁押时间已满10个月）。我方律师提出渔民的船只已被没收，没有经济来源，只能筹集30万比索的罚金，得到法院认可。但巴拉望省政府又出面索取渔民在关押期间的所谓“伙食费”。我方通过各种渠道与省长协商，菲司法部也出面调停，省长最终同意接受渔民向巴拉望省政府“捐款”30万比索，并将于7月22日放人。
谁知菲移民局又横插一杠，声称渔民同时犯有非法入境罪，罚款总计250万比索，并于7月22日晚派了几名海军陆战队员到渔民下榻的旅店，阻止我使馆官员带领渔民离开。经多方努力，23日上午9点，移民局方面提出每个渔民至少要罚1万比索，总计38万，我方同意缴纳，陆战队员才不再阻拦。到了机场，我方人员又遭到当地环保组织100多人的阻拦。
7月24日晨，在公主港市市长海戈顿的大力协助下，我领事馆官员带领渔民早早离开宾馆，临时改乘宿务太平洋公司班机到达马尼拉。7月25日晨，使馆方面指派朱桃英总领事等人护送渔民前往马尼拉国际机场，送走了这38名特殊身份的同胞。临行时，渔民们紧握使馆官员的手，双眼泪汪汪地说不出话来，眼神中充满了懊悔和感激。他们纷纷表示，今后再也不会到这里捕鱼了。
据了解，这些渔民早已知道来这里捕鱼是违法的。使馆方面呼吁国内渔民不要为利益所驱动，不要轻信居心不良者的蛊惑；政府有关部门也要加强渔业管理以及对渔民的教育，从根源上杜绝这种现象。此类事件频频发生，也会影响到中国渔民自身的合法利益。例如，中国渔民在海上遇险，需要正常避难时，当地人就会把他们和偷鱼者混为一谈。在经济日益全球化的今天，中国比以往任何时候都需要树立积极、良好的国际形象。（《参考消息》2003.7.29）
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