但恰恰是在征地过程中，农民的土地财产权益有可能受到集体性的侵害。无论是集体经济组织还是农民，都不愿意通过征地将集体土地转为国有。尤其是在发达地区，由于土地级差，地租的上升越来越明显，这种意愿更为强烈。因此，在城市征地的同时，各地也出现了各种自发的土地流转。
由于没有纳入统一土地市场，自发性的流转在一些地区也存在许多问题：如随意占用耕地出让、转让、出租用于非农建设，低价出让、转让和出租农村集体建设用地等。
广东省南海市农民探索出一条集体土地流转的新路——土地股份合作制。其基本做法可以归纳为两条：一是把土地功能划分为农田保护区、经济发展区和商住区；二是将集体财产、土地和农民承包权折价入股，在股权设置、股红分配和股权管理上制定出章程，一切经营活动按章办理，农民称之为“村宪法”。南海模式最为创新的一点，是在制度上保障了土地非农化后，集体组织成员对土地增值收益的分红权。
许多专家建议，更为现实的做法是，在法律和政策上作出调整，使集体土地进入市场合法化。也就是说，在农业用地经过批准已办理非农用地手续后，应允许除买卖以外的土地出租、转让。（《经济观察报》2003.8.4）
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