评选者的出发点固然是好的，但对此持怀疑态度的专家和学者不在少数，他们认为内地搞这样一个评选，其中存在很多模糊性和不可比性。
第一，城市是一个指代不明的概念，本身是无所谓廉洁不廉洁的。如果硬要认定一个城市的廉洁程度，也只能考察这个城市各级官员的廉洁状况。评选的参数和指标也很难订，比如看是否存在贪污受贿，其信息是很难完备的。另外，异地犯罪怎么考察，异地联合犯罪又如何考察？“最廉洁城市”这种说法明显带有地域决定论的色彩。
第二，“最廉洁城市排行榜”的评选很可能会使各城市领导者的反腐积极性受到损害。按常理，应该是没有发现贪官、没有违纪行为的城市荣膺桂冠，这样那些反腐成果最大的城市无疑是最不廉洁的城市了，因为反腐成果都是不廉洁的铁证。而既然没有反腐成果的城市就等于最廉洁城市，恐怕只有傻子才对腐败行为深挖细查。
上海财经大学人文学院院长张雄认为，中国内地如果真要评选廉洁城市，必须考虑五点：一是城市公务员队伍的总体经济犯罪率；二是跟这个城市相关的，发生在异地的经济犯罪数量；三是有无廉政方面的文化建设；四是公务员内部的自评；五是老百姓的平均打分，抽样调查，是否信息公开、议政民主，政府是否有对公务员防腐败的有利措施。（《社会科学报》2003.12.4）
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