审计署发布了2006年审计公告，发现的主要问题是：
国家发改委：至2005年底，发改委共有国债资金234.54亿元没有安排下达或投入使用，占当年可安排国债投资的20.1％。
教育部：2002年5月至2005年6月，教育部大学英语四、六级考试委员会集中各考点上交的考试费2.3
民政部：民政部福彩中心于1996年5月存入某财务公司一年期定期存款5000万元。因该公司已进入破产清算，上述存款本息面临损失风险。福彩中心向海南省某公司投资500万元也面临损失风险。
财政部：财政部报告2005年度中央预算执行情况时，未报告一项基金收支情况。该项基金2004年底结余21.12亿元，2005年结余23.61亿元。
铁道部：铁道部北京铁路局动用铁路资金1.64亿元建设别墅式酒店。
信息产业部：2001至2005年，信息产业部所属28家通信管理局取得办公用房租金收入1.05亿元，其中3629万元发给职工。
文化部：自1996年起，文化部文化市场发展中心受文化部委托，在未报经有关部门审核批准的情况下，向音像企业收取音像制品统一防伪标识费用，截至2005年底，累计收费1.08亿元。
国家体育总局：2000年2月，国家体育总局用2787.4万元彩票公益金建立奥运争光和全民健身专项基金，未经批准，将上述资金用于股票投资。
国家林业局：2000至2003年，国家林业局下属世界银行贷款项目管理中心累计挪用国家造林项目还贷准备金5.67亿元，分别借给北京中林绿业世界银行贷款项目管理中心、北京燕维森科技有限公司等8家单位。
国家邮政局：邮政储汇局未经银监会批准，分别于2004年3月和5月运用邮政储蓄资金向某基金管理有限公司认购南方现金增利基金10亿元和南方避险增值基金10亿元。
三峡工程建设委员会办公室：2004年，三峡办以“所属培训中心建设”为由向三峡总公司申请、取得了三峡工程建设资金1000万元，再以预付培训费的形式出借给密云云湖度假村。 （《羊城晚报》9.12）
