近年来，随着市场经济的发展，中央政府机构中的部门利益问题日益突出。在决策或履行职能过程中，有些部门过多从本部门利益出发，影响了决策的战略性、全局性和前瞻性，损害了社会公正与大众利益。
部门利益最大化
部门利益是指行政部门偏离公共利益导向，追求部门局
部门利益法定化
中央机构广泛存在借法律规章来巩固、谋取部门利益的现象。如通过“职权法定”、“行为法定”与“程序法定”使部门利益法定化。有些政府部门利用政策资源优势，在制定有关法律草案时，千方百计为部门争权力、争利益，借法律来巩固部门利益，获取法律执行权，进而获得相应的机构设置权和财权。
部门利益国家化
部门代表政府行使行政权力，本应维护国家利益。但是，在现行体制下，有些政府部门在制定决策过程中，为积极巩固、谋取本部门利益，将部门意志（其实往往是部门领导或小团体意志）上升为国家意志，或将国家意志歪曲为部门意志，以部门利益取代国家利益，借维护国家利益之名，强化行业管理之由，行谋取部门利益之实，使部门利益出现比较严重的国家化倾向。
部门利益国际化
有的中央机构打着“与国际接轨”的旗号，利用增进对外交往、加强对外合作等时机，以“接受国际惯例”、“提高国际资源控制力”等为借口，挟洋以自重，巩固、谋取部门利益；有的中央机构的部门利益与境外集团商业利益的交织正日趋紧密，在一些重大涉外政策上，有时甚至不顾国家、民族利益，成为境外利益集团的代言人。
增大国家经济政治风险
长期以来，先部门利益后国家利益，重部门利益轻国家利益，以部门利益取代国家利益，甚至为部门利益而不惜牺牲、损害国家利益等行为，影响社会经济的健康发展，增大国家的经济风险。
人民政府职能部门如果不代表人民利益，而是代表集团或个人利益，损害大众利益，必然损害政府的公信力与权威，损害党与政府在人民中的形象。部门利益使一些改革片面追求经济效益、严重偏离社会公正方向，威胁社会稳定与和谐。 （《?望》2006年第40期）
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