近年来，对于傅斯年的研究渐多，评价也渐趋公允，傅斯年的有关论著也时有出版，这是可喜可贺之事。
１９９８年８月，浙江人民出版社出版了“史家随笔丛书”第一辑（共５种），其中就有傅斯年的《出入史门》（吕文浩选编）。
该书收傅斯年的短文４０篇，“大体上有三类文章。一种是直接与史有关的史学短文；一种是对中国传统学术思想、民族性的反思；一种是有关社会、政治、文化的时论，主要选纵论古今，能表现出史家眼光、史学智慧的篇什”（选编者卷首语）。其中的《论伯希和教授》一文，是傅斯年为伯希和的辩护词，其史事错误与感情用事之处较多，与傅氏一贯重视史料，以史料为依据，并大力提倡史料即史学的宗旨大相径庭。故特予以说明，以见傅斯年的另一面。
自１８４０年鸦片战争以来，伴随着帝国主义对中国的军事侵略，各国考察家也纷纷拥入中国西北地区，将中国的许多文物古籍劫掠而去，其中影响最大的当推敦煌文书的被盗劫，而最大的盗劫者又推英国的斯坦因和法国的伯希和。国人对于这一悲痛的伤心史时刻铭记。
１９３５年初，国民政府决定次年将故宫博物院等公私方面收藏的古物运往英国伦敦，举办中国艺术国际展览会。当时成立了一个委员会，专门选择运英展览的古物，伯希和也被推为选择委员。对此，当时学术界的一些爱国志士强烈反对，１９３５年１月２０日，《北平晨报》刊登了一批学者联名发表的《我国学术界反对古物运英展览》的公开信，在此公开信上签名者有王力、李碧芸、林徽音、侯宗濂、陈之迈、陈岱孙、赵诏雄、朱君之、沈性仁、金岳霖、秦宣夫、沈有鼎、陈铨、熊佛西、朱自清、周培源、金岳荣、蒲薛凤、张荫麟、张真如、刘信芳、李健吾、时振纲、姚鸿翥、梁思成、李濂、张奚若、杨景任。
这一公开信不仅反对将古物运英展览，而且也涉及到了担任选择委员的伯希和。公开信中说：伯希和“向与英人斯坦因至甘肃敦煌，行贿当地道士，发掘古室，盗取无数唐代以前之古物，至今犹封存巴黎国家图书馆与英伦博物馆中，不知凡几。前岁斯坦因卷土重来，举国上下监视其行动，一时彼竟无所措其手足。今若欢迎伯希和参加此项挑选工作，不免前后歧视，自贬其尊严。英国之推此人来华，或有用意”。这一公开信发表后，傅斯年即撰文代伯希和辩解，辩解词就是这篇《论伯希和教授》。
傅斯年在《论伯希和教授》中说：“王力先生等宣言之第三点，所说显与事实不合，一查伯君或斯坦因博士之著作，或一询当时学部经管员司便可知之……先是敦煌千佛岩寺之道士已于若干时前发现石窟，但未识其重要，伯君行经此地见而大诧异之，犹未取之去也。离敦煌后，路遇斯坦因，告以此事。斯坦因急忙一人独向千佛岩寺中贿买道士，约以‘暂借’作第一次之选择，捆载而去，此印度及伦敦所藏此项卷子之由来。及伯君再至，选三千五百余卷载之东来，将此事告之学部。当时中国政府一面许其出境，一面派人攫取其数倍之存余，此一提取乃更成浩劫。”
这几句辩解，显与事实不符。
第一，伯希和并没有先至千佛洞“犹未取之”，“再至”时才窃取敦煌文书的。众所周知，斯坦因于１９０７年至敦煌，用欺骗、引诱之手段窃去许多敦煌经卷。１９０８年３月，伯希和首次来敦煌，用同样手段骗取千佛洞藏经数千卷。关于伯希和在敦煌的详细活动及挑选经卷的经过，可参阅伯希和的《敦煌石室访书记》长文，汉译文载《国立北平图书馆馆刊》第９卷第５号。
第二，斯坦因来中国西北考察时，虽得到了中国政府的同意，也得到了一些官僚士绅的帮助，但其盗窃敦煌遗书，并没有“暂借”一说，也没有这一方面的有关文字，不知傅斯年先生此说有何为据？
第三，伯希和劫去的敦煌文献共７０００余卷，其中包括汉文２７４７件，藏文３１７５件，梵文１３件，焉耆——龟兹语近１０００件，于阗文７５件，粟特文３０件，回鹘文３９３件，西夏文２１１件，西伯来文１件。并非傅斯年所说“三千五百余卷”。当然，由于条件的限制，傅斯年先生不可能对伯希和所劫敦煌遗书的数量十分清楚。但说“三千五百余卷”，显然是少多了。１９４６年，为悼念伯希和逝世，翁独健先生的《伯希和教授》一文就直说是“五千卷”，更接近于事实。
最后，傅斯年就伯希和与敦煌文书的关系还特别申明：“论伯君与敦煌卷子之关系，应详察当时之经过与责任，未便与斯坦因氏混为一谈，此为事实与公道之问题。”斯坦因、伯希和对敦煌卷子之窃取，其手段、目的完全一样，不知怎样才能将其区分，不要“混为一谈”，“事实与公道”到底如何﹖我认为傅斯年替伯希和的辩解，太感情用事了，根本就不注意“事实与公道”。
傅斯年还说：“总之敦煌宝藏，闻于中国政府及学人，由于伯君至北京之报告，而伯君载三千五百卷以出境，责任之大半在当时中国之政府”。如果说，由于中国的贫穷落后，沦为半殖民地半封建社会，无法阻挡外国侵略者对中国的军事、经济、文化侵略，还有一定的道理。但傅斯年并非指此，他所说的“责任之大半在当时中国之政府，”则是指中国政府允许伯希和将大批的敦煌文书携带出境，这又与事实相差甚远。
伯希和于１９０８年３月得到敦煌宝藏后，并没有立即告诉中国学人。而是取道兰州、西安、郑州，于１９０８年１０月５日抵达北京，在此将敦煌遗书运往巴黎。然后南下上海、无锡，１２月中旬返回河内。次年５月，伯希和再次来华购书，经上海、南京、天津，于８月中旬抵达北京。伯希和此行，也并未打算将敦煌宝藏之事告诉中国学人，但当其准备回国之际，敦煌得宝之风开始传播。伯希和不得已才告诉了中国学者，并出示了其“行箧尚存秘籍数种”。这已是１９０９年９月之事了，比伯希和盗宝的１９０８年３月，已过去了一年半，怎能说是中国政府“许其出境”呢？
傅斯年为了替伯希和辩解，感情用事之处甚多，如他为了说明伯希和对中国人民的友好，曾这样写道：“前年伯君来中国时，吾曾叩以游中国后将至日本否。伯君云：‘日本固多吾之友，日本近来东方学工作固有可观，吾此次东来，日本固请吾顺道一游，然自沈阳事变之后，日本人之行为吾甚不满，不欲于此时见之也’。吾继叩以将往大连晤罗振玉否。伯君答云：‘吾亦不欲见之’。果然海道来，海道往，未经日本及东北。伯君感情如何，既非中国人，自不关我事，惟既来中国取如此之态度，实为正当，较之吾国人士，长城战血未干，遽然东渡攀交，如董康及其他者，高明多矣。”
自“九·一八”事变之后，国人对日本之痛恨非常自然，爱国热情也随之高涨。但傅斯年以其与伯希和的答问来肯定伯希和对中国人的“感情”，似有些牵强。
在《论伯希和教授》的最后傅斯年说：“吾知签名诸公，实由爱国心所驱使，偶为感情带于事实之外，其词虽有遗憾，其本意亦甚可佩，细味吾言，或不以为谬乎。”
实际上，傅斯年的这篇短文，以“感情带于事实之外”之处甚多，使人甚感“遗憾”。由此，使我们从一个侧面看到了傅斯年的另一面，即也有不看重史料，不以事实为据，而以感情用事的时候。可见，不论何人，要真正做到言行一致，尤其是一贯的一致，是多么的困难。
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