中国学术的现代时期，是在二十世纪初开始的，刘梦溪先生认为大致是以严复１８９８年发表的《论治学治事宜分二途》、梁启超１９０２年发表的《论学术之势力左右世界》和《新史学》，还有王国维１９０４年发表的《红楼梦评论》这些论著为标志的。而谈到中国现代学术的展开，自然不能忽视新起的大学教育以及以此作为背景的现代学术研究机构。现代学术研究机构的出现，不单表明学术研究可作为一种独立的固定的职业，而且从中也可看出学术观念的转变，学术方法的更新，以及史料范围的扩充。与幕府或类似四库馆之类的官方机构相比，它是中国历史上前所未有的新形式。
言其新，是因为中国现代学术研究机构的创设是受欧美启发的，譬如１９１３年至１９１４年间，马相伯、章太炎、梁启超共同发起函夏考文苑，是想效仿法国法兰西学院（Ｌ’Ａｃａｄｅｍｉａ Ｆｒａｎｃａｉｓｅ）而立，目的是集合优秀学者，在京师设立一“上不属政府下不属地方”的学术机构，以提振学风，但此计划并未能实现。北京大学研究所国学门的创办，据蔡元培说，是“仿德、美两国大学之Ｓｅｍｉｎａｒ办法，攻一种专门知识之所”（见陈以爱著《中国现代学术研究机构的兴起：以北京大学研究所国学门为中心的探讨（１９２２—１９２７》）。稍后著名的清华学校研究院，以及傅斯年的大手笔中山大学语言历史研究所和中央研究院历史语言研究所这对“体质厥异的双胞胎”（杜正胜语），也是欧风催化的结果。１９２８年１月成立的哈佛燕京学社受西方影响的痕迹就更加明显，在哈佛、燕大协商筹备的期间，哈佛方面一直在强调“用西方的方法对中国文化的精神进行调查研究、保存和灌输”，而与哈佛燕京学社有密切联系的，如齐鲁大学国学研究所、金陵大学中国文化研究所、华西协合大学中国文化研究所也基本上是沿着它指示的路径前行的。像这类的学术研究机构，还可以举出不少，如中央研究院的其他研究所，北平研究院，其他大学的文科研究所等，皆是中国现代学术史研究者值得细加探究的。谢泳先生在《魁阁：中国现代学术集团的雏形》一文中，曾引述卡文迪什实验室（Ｃａｐｅｎｄｉｓｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）的成功经验来阐明魁阁（即费孝通领导的云南大学——燕京大学社会学实地调查工作站［１９４０－ｌ９４５］）的文化精神，称这种机构在于能高标准严要求地选择教授和指导，能知人善任并在平等竞争中选择人才，支持各种创造性人才，善于选择研究课题并能形成思想活跃、自由创造气氛的高水平科学共同体，更基本的一点是还有相当的资金保障，这种机制无疑是与中国学术现代化要求相契合的，但是随着它的兴起与发展，这种移植入中土、形式很西化的研究院有没有暗地里发生一些变化，或者说是被中国化了呢？
倘若追源溯流，新兴的研究院尤其是大学的研究院，在精神是可能与中国的书院更有相近之处，这一点胡适在《书院制度史略》（１９２３年）早已言及。但传统书院在摇身一变而成为新学堂的过程中，自身的一些特点，如“努力自濯磨，相与陶情淑性，饬纪明伦”等等，在西学的冲刷下逐渐暗淡下来，而看重的却是知识与技能的学习。事实上书院在当时可能的确有点不合时宜，故而早就受到一些人的质疑，如铸铁庵在光绪十八年十二月发表的《设文会以广见议》一文中，就批评书院无裨于国计民生，无益于安内攘外（见《万国公报文选》第５４８页）。然而理想化的讲习图景并没有从读书人的头脑中消散，当研究院这一与书院有神似之处的载体出现之际，他们就琢磨在其中融合一些旧日的精华。《清华学校研究院章程》（１９２５年）中就明示“本院略仿旧日书院及英国大学制度：研究之法，注重个人自修，教授专任指导，其分组不以分科，而以教授个人为主，期使学员与教授关系异常密切”。抗战胜利后，胡适发表了《争取学术独立的十年计划》（１９４７年），引起较强烈的反响，有不少人为此出谋划策。当时中央大学教授沈玉彦就给胡适写信，说中央研究院至今未负起教育责任，有硕学鸿儒而乏传习之人，倘“能如旧时之书院任人入内诵习，必可使此旧制度在全世界中放一异彩”（《胡适遗稿及秘藏书信》第２８册）。“历史记忆”的重现，很可能是在印证他们对外部世界的一种印象，即西方文明是趋向物质的，东方文明是趋向精神的，西方的教育偏重职业教育，中国的教育偏重人文教育，只有中西调和方能渐臻佳境。因而他们强调在大学或大学研究院的教学中，要做好学问，更要学会作人。研究院的形式和道尔顿制教育的关系，梁启超看得很清楚，而他说“我到清华学校当教授，当然有我的相当抱负而来的，我颇想在这新的机关之中，参合着旧的精神”，“科学不但应用于求智识，还要用来做自己人格修养的工具”，是“要斟酌于两者之间”。人格修养并不全是从纸上得来的，对教授而言，他们在日常生活中的“师范”意义显得尤为重要。胡适说“书院之废，实在是吾中国一大不幸事。一千年来学者自动的研究精神，将不复现于今日”。找寻自动的研究精神当然是首要之事，而他们要在研究院这一新形制中融合书院讲学的遗意，恐怕也是看中其中的“从游之乐”，即“大鱼尾随，是从游也。从游既久，其濡染观摩之效，自不求而至，不为而成”（梅贻琦《大学一解》）。如此回视《清华学校研究院章程》中“期使学员与教授关系异常密切”，其厚意也就不难理解了。
钱穆尝言，中国传统教育是情意教育，师弟子实如同学，“《小戴礼记》言：‘敬业乐群’师弟子共成一群，共治一业，以敬以乐”（《中国现代学术论衡》第１６０页），在群的水平线上，在耳濡目染的过程中，“人格上的感化”就像春雨一样润物细无声。梁启超对此颇为看重，“诸同学每天看我的起居谈笑，各种种琐屑的生活，或者也可以供我同学们相当暗示或模范”。据说他还爱唱《桃花扇》中的“哀江南”，第一期研究生二十余人均聆一二，在那雄浑悲壮的歌声中，学生们想来必定会血气为之动荡，有所感、有所悟吧。在研究院期间，粱启超还把在万木草堂追随康有为时，每逢春秋佳日、十五月夜，师生漫游粤秀山麓等处，畅所欲言的经验，推行于清华的研究院。吴其昌对此事有精简的记录：
先生每于暑期将近时，约同学诸君作北海之游，俯仰咏啸于快雪浴兰之堂，亦往往邀名师讲学期间。去年夏，宝山张君劢先生因事来京，为诸同学讲宋贤名理，盖穆然有鹅湖、鹿洞之遗风（见《梁启超年谱长编》第１１３８—１１３９页）
严耕望回忆钱穆四十年代初在成都乡间齐鲁大学国学研究所讲习时，也有类似的叙述，可见《治史三书》及《国史馆馆刊》（复刊第十七期），此从后者：
赖家院僻处乡野田畴间，竹树小溪环之，为读书佳境。研究员、助理员十余人，各自钻研。穆主政期间，每周六举行讨论会，每月一出旅行。乡居多暇，夕阳餐后，常提杖散步，诸生尾随，徜徉村野绿茵草坪间，或坐或卧，看晴空飞鸟、白云幻化，随意漫谈，诸生亦随意叩问，了无拘束。
以上两段文字均出自学生之手，大可留意。导师为学生授业解惑固然很重要，但能让学生受到人格上的光辉，感受到一种大气象，或许更能让学生回味。宋儒程颢从周敦颐请益后，尝说“自再见周茂叔后，吟风弄月以归，有吾与点也之意”。此种意象绵绵不断地再现，可见此中大有真意，不能不让人注意它的源头，即《论语·先进》中所言：
子曰：“何伤乎，亦各言其志也”。曰：“莫春者，春服既成，冠者五六人，童子六七人，浴乎沂，风乎舞雩，咏而归”。夫子喟然叹曰：“吾与点也！”
朱熹注云：“其（曾点）胸次悠然，直与天地万物上下同流，各得其所妙，隐然自见于言外。视三子之规规于事为之末者，其气象不侔矣，故夫子叹息而深许之。”这种源远流长的教育精神，在今天看来似乎有些迂阔，但它教人从大处着眼、不急功近利、追求自得的精神生活，对今天大生产式的大学教育（包括研究生教育）不无启示，而梁启超七十余年前在“北海谈话记”中所归纳的两点，即“作人的方法”和“做学问的方法”，读来仍然新透。古语云：“经师易得，人师难求。”当我们在津津有味地品读老大学中的学人旧事时，也在暗示现实生活中某种精神资源的匮乏。陈平原先生对此深有感叹：“我们这一代教授，是否经得住学生们挑剔的目光，是否还能为学生提供精神乃至审美的享受，实在没有把握。”（《北大精神及其他》第１８８页）另一方面，我们这些学生身上恐怕也难得有曾点的遗风余韵。面对此情此景，说句自我安慰的话，那就是时代使然。但我还是不甘心，难道师生间永远找不回“徜徉山水之间，俯仰吟啸无限春风舞雩之乐”吗？
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